用gromacs计算蒸发焓气相真空时mdp文件设置求助

蕊蕊花儿杰杰 · 发表于 Post on 2021-8-6 09:59:34

我在用社长的方法计算蒸发焓时，参数文件自己设置时系统报错社长的方法

我在做气相中的模拟，前一步最小化我设置了小盒子，所以后面NVT我想不用周期性边界跑，系统报错。

我在气相模拟中用的mdp

系统报错

有老师知道怎么解决吗？感谢感谢。

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-6 10:02:11

你算凝聚相的时候用什么设置、多大的盒子，最好跑单分子的时候还用严格相同的设置，这样最有可比性。所以你就把原先的凝聚相盒子里只保留一个分子然后跑模拟即可。

k64_cc · 发表于 Post on 2021-8-6 11:00:51

先说明GMX版本。新版本GMX不支持非周期性边界条件。

蕊蕊花儿杰杰 · 发表于 Post on 2021-8-6 11:39:38

k64_cc 发表于 2021-8-6 11:00
先说明GMX版本。新版本GMX不支持非周期性边界条件。

我用的2020.4版本的GMX，是这样啊，感谢您的回复。

蕊蕊花儿杰杰 · 发表于 Post on 2021-8-6 11:43:33

sobereva 发表于 2021-8-6 10:02
你算凝聚相的时候用什么设置、多大的盒子，最好跑单分子的时候还用严格相同的设置，这样最有可比性。所以你 ...

感谢社长的回复。社长您指得是这个意思吗：盒子大小和凝聚相大小一样，只是保留单分子，那怎么保证是气相呢？不用设置真空吗？
还有您的方法里说的不是在很大的盒子里面运行nvt吗？同样的盒子大小对于单分子就是很大了吗？我跑液相的时候总共也就2000个分子，86埃的盒子大小，我用的是GMX2020.4版本的
感谢社长指点。

lyj714 · 发表于 Post on 2021-8-6 11:52:37

2020本来就已经完全移除了group，所以不支持非周期性体系。你只能用≤2019.6的版本去跑

蕊蕊花儿杰杰 · 发表于 Post on 2021-8-6 11:55:05

lyj714 发表于 2021-8-6 11:52
2020本来就已经完全移除了group，所以不支持非周期性体系。你只能用≤2019.6的版本去跑

谢谢可是我的凝聚相是在2020.4跑的，换版本跑气相的话，有没有影响啊？

k64_cc · 发表于 Post on 2021-8-6 15:17:18

蕊蕊花儿杰杰发表于 2021-8-6 11:55
谢谢可是我的凝聚相是在2020.4跑的，换版本跑气相的话，有没有影响啊？

你改用cutoff，然后让盒子够大就可以了

蕊蕊花儿杰杰 · 发表于 Post on 2021-8-6 15:32:57

k64_cc 发表于 2021-8-6 15:17
你改用cutoff，然后让盒子够大就可以了

好的，谢谢。您这个cutoff是cutoff-scheme=verlet吗？还有扩盒子使其无限大是在最小化之后吗？我试了下在最小化之前扩盒子，跑最小化的时候报错。

蕊蕊花儿杰杰 · 发表于 Post on 2021-8-6 15:45:53

sobereva 发表于 2021-8-6 10:02
你算凝聚相的时候用什么设置、多大的盒子，最好跑单分子的时候还用严格相同的设置，这样最有可比性。所以你 ...

社长，还有我的液相模拟顺序是Em最小化----nvt2纳秒-----npt20纳秒，那么我在模拟气相时，是用单分子em----扩盒子为无限大---------nvt22纳秒吗？谢谢社长。

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-8 01:50:48

蕊蕊花儿杰杰发表于 2021-8-6 11:43
感谢社长的回复。社长您指得是这个意思吗：盒子大小和凝聚相大小一样，只是保留单分子，那怎么保证是气 ...

只保留单分子，盒子尺寸又不变，剩下的不就是真空区

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-8 01:51:49

蕊蕊花儿杰杰发表于 2021-8-6 15:45
社长，还有我的液相模拟顺序是Em最小化----nvt2纳秒-----npt20纳秒，那么我在模拟气相时，是用单分子em-- ...

NVT 20 ns。用凝聚相NPT的平均盒子尺寸

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 用gromacs计算蒸发焓气相真空时mdp文件设置求助

浏览过的版块