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[VMD] 求助:VMD做径向分布函数时候,selection输入错误

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我的体系中有Ca2+, SO42-,在.gro文件中SO42-名字是 SO  OS,在用VMD做径向分布函数时,selection提示错误

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发表于 Post on 2022-5-26 03:20:11 | 只看该作者 Only view this author
仔细看此文
直接写Ca2+显然不认
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html

resname 'CA2+':残基名是CA2+的原子(二价钙离子)。名字带正负号的也要用单引号括住以免转义

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-26 09:38:45 | 只看该作者 Only view this author
还是出错了,我在selected moleculer窗口 选择name  没有任何东西


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发表于 Post on 2022-5-30 06:07:37 | 只看该作者 Only view this author
小柏桐 发表于 2022-5-26 09:38
还是出错了,我在selected moleculer窗口 选择name  没有任何东西

估计是你载入trr之前没载入结构文件,此时程序根本都不知道体系里的原子名是什么
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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