IGMH分析：求助前期团簇结构优化遇到问题？

ngaoo · 发表于 Post on 2024-7-9 10:42:34

本帖最后由 ngaoo 于 2024-7-9 12:02 编辑

      体系：蛋白-配体（有机小分子）体系，140个原子。分析体系的弱相互作用
      团簇结构：配体以及与配体距离小于5埃的残基的侧链和alpha碳
博文597里说截断处的骨架alpha碳应该被冻结，并且应加氢饱和。
博文597提到了边界的原子进行冻结
1.
      学生在gaussview中进行加氢操作，只能给全部原子加氢，请问老师截断处的骨架alpha碳怎么加氢？
2.
      边界处的原子应该怎么选取，是距离配体分子最远的那个原子要进行冻结还是距离最远的分子整体冻结？

然后学生没有对边界原子进行冻结，没有对截断处骨架碳冻结、加氢饱和，可以对整个体系进行结构优化吗？
3.
      跳过冻结后进行了结构优化
3.1：    #p opt B3LYP/6-311G** em=gd3bj这个方法计算弱相互作用时，出现报错，应该怎么处理？
      这是out文件末尾：
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done:  E(UB3LYP) =  -3993.04519082    A.U. after  129 cycles
         NFock=128  Conv=0.35D-05    -V/T= 2.0025
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.5000 <S**2>= 7.4046 S= 2.2667
<L.S>= 0.000000000000E+00
KE= 3.983200563466D+03 PE=-3.250030179385D+04 EE= 1.295541054404D+04
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation    7.4046, after 23.3228
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in E:\G16\G16\G16W\l502.exe at Tue Jul 09 08:18:06 2024.
Job cpu time:    0 days 16 hours  0 minutes 42.0 seconds.
Elapsed time:    0 days 16 hours  0 minutes 37.3 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF= 2571 Int=    0 D2E=    0 Chk=    84 Scr=    1
3.2：学生又换了这个方法       #p M06-2X/6-311G** em=gd3bj opt，
报错说输入行错误，请老师看这个方法和基组相比上面的是否好点？错的地方请老师纠正
报错： %chk=D:\9.15fen-zi\Water\12.chk -------------------------------
#p M06-2X/6-311G** em=gd3bj opt
-------------------------------
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
#p M06-2X/6-311G** em=gd3bj opt
      '
Last state= "GCL"
TCursr=    3918 LCursr=       7
Error termination via Lnk1e in E:\G16\G16\G16W\l1.exe at Tue Jul 09 12:00:31 2024.
Elapsed time:    0 days  0 hours  0 minutes  0.1 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    6 Int=    0 D2E=    0 Chk=    1 Scr=    1

cokie · 发表于 Post on 2024-7-9 12:05:47

本帖最后由 cokie 于 2024-7-9 12:32 编辑

边界当然要冻结，你可以近似理解为优化过程中你的蛋白残基/边界几乎是不会动的，或者说你可以不冻结明确和你有机小分子有相互作用的几个原子，其他的边界原子都冻结。你用这个限制性优化的方法做就行（http://bbs.keinsci.com/thread-9022-1-1.html）
加氢的话，以C原子为例，Gview里在“element fragment”的界面中，选C（SP3杂化的那种），选中后，找你要饱和的C原子，点一下，H自然就加上去了。
3.1 就是没收敛呗，方法不用变，你饱和+冻结之后就没啥问题了。
3.2 gaussian里不能直接用ωB97M-V这个泛函（http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 75&page=1#pid227815），优化没必要加弥散函数，另外em=gd3bj不是每个泛函都能用，所以3.2这个方法就别再试了。之前sob老师也给了一篇博文，大概是B3LYP-D3适合优化弱相互作用体系，你可以在公社里找找，你就用3.1的泛函+基组+限制性优化就可以了。
（在编辑的过程中，看到你改了3.2用的方法，并加上了报错内容：这次报错是因为M06-2X这个泛函只支持0阻尼，也就是你不能加BJ阻尼，写EM=GD3就行）

ngaoo · 发表于 Post on 2024-7-9 12:16:28

cokie 发表于 2024-7-9 12:05
边界当然要冻结，你可以近似理解为优化过程中你的蛋白残疾/边界几乎是不会动的，或者说你可以不冻结明确和 ...

老师，我现在的问题是不知道具体哪几个原子会与有机小分子作用，那这个时候我应该怎么冻结哪些原子

ngaoo · 发表于 Post on 2024-7-9 12:23:01

cokie 发表于 2024-7-9 12:05
边界当然要冻结，你可以近似理解为优化过程中你的蛋白残疾/边界几乎是不会动的，或者说你可以不冻结明确和 ...

在我选中的团簇中，所有的alpha碳都要加上氢进行饱和吗？已经饱和的alpha碳需要加氢吗？同时所有的alpha碳都要进行冻结吗（博文里提到了截断处的alpha碳要冻结并加氢）？麻烦老师解答下，谢谢老师

cokie · 发表于 Post on 2024-7-9 12:31:33

ngaoo 发表于 2024-7-9 12:23
在我选中的团簇中，所有的alpha碳都要加上氢进行饱和吗？已经饱和的alpha碳需要加氢吗？同时所有的alpha ...

597里有提到，“饱和并冻结alpha碳”，饱和就是这个C是sp几杂化的，你就按sp几来饱和，如果sp3杂化的碳上面已经连了4根键，你当然不需要再一次用H饱和它。
在597里所提到的alpha碳，就是指和骨架相连的被截断的C，所以你就只冻结alpha碳就行，其他都不需要冻结直接优化。

ngaoo · 发表于 Post on 2024-7-9 14:06:55

本帖最后由 ngaoo 于 2024-7-9 14:10 编辑

cokie 发表于 2024-7-9 12:31
597里有提到，“饱和并冻结alpha碳”，饱和就是这个C是sp几杂化的，你就按sp几来饱和，如果sp3杂化的碳上 ...

老师，sob老师博文中提到的边界的原子可以理解成截断处的骨架alpha碳原子，所以我只要把我的体系里面的未饱和的c原子冻结并让他加氢饱和就可以进行后面的优化了，对吧？
那刚才您提到的边界的原子冻结，学生具体不知道需要冻结哪些边界上的原子

cokie · 发表于 Post on 2024-7-9 19:03:03

ngaoo 发表于 2024-7-9 14:06
老师，sob老师博文中提到的边界的原子可以理解成截断处的骨架alpha碳原子，所以我只要把我的体系里面的 ...

边界就是你为了抠出一个团簇，而截断的C-C键上的原子

ngaoo · 发表于 Post on 2024-7-9 19:47:29

本帖最后由 ngaoo 于 2024-7-9 19:56 编辑

cokie 发表于 2024-7-9 19:03
边界就是你为了抠出一个团簇，而截断的C-C键上的原子

好的，谢谢老师
加氢后，原pdb文件里alpha碳的pdb名字由CA变成了CB，那我相应后续的冻结就冻结CB原子吗？

把加氢饱和后的结构再保存成gjf文件后，进行后面的结构优化，对吗？

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