计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 11570|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Material Studio] 求助:建立3nm的Fe3O4的团簇球,边界如何处理?

[复制链接 Copy URL]

12

帖子

0

威望

155

eV
积分
167

Level 3 能力者

各位大佬,我是新手,刚接触分子动力学,看了文献想自己建一个3nm的Fe3O4d的团簇球模拟一下,我是用了Material Studio中的nanocluster,然后选择球形+半径,建出模型,可是对于球体的边界不知道应该怎样处理,因为他是被截断的,有的Fe原子只和两个O原子相连,而原晶胞中是与4或6个O相连,请问我应该如何处理?另外将模型导出,再用gromacs处理前对模型需要进行什么处理吗?比如结构优化之类的。

1.png (338.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

1.png

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125140

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2021-5-3 04:00:15 | 只看该作者 Only view this author
GROMACS并不太适合跑这种体系,大概率没有合适的参数能用
表面原子的配位数本来就低于体相。先搜搜文献,看有没有人算这种体系,看是否提及对表面的特殊处理
结构优化用不着。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

12

帖子

0

威望

155

eV
积分
167

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-19 09:28:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-3 04:00
GROMACS并不太适合跑这种体系,大概率没有合适的参数能用
表面原子的配位数本来就低于体相。先搜搜文献, ...

好的,谢谢sob老师。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-20 23:59 , Processed in 0.163362 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list