求助VASP跑分子动力学的均方位移不线性

maokun_wu · 发表于 Post on 2020-11-10 09:13:07

请问各位老师，VASP跑分子动力学的均方位移不应该随着时间是线性变化吗？我跑出来怎么这个样？谢谢。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-11-10 10:24:51

你跑的该不会是退火吧。。。

maokun_wu · 发表于 Post on 2020-11-10 10:30:26

wzkchem5 发表于 2020-11-10 10:24
你跑的该不会是退火吧。。。

感谢您的回答，我是先把体系的温度从100K到350K，用了2ps，然后保持温度350K恒定，跑了10ps，上面的图是10ps的MSD，出来了这样的结果，这是不是扩散原子又回到了原点啊

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-11-10 10:39:07

maokun_wu 发表于 2020-11-10 10:30
感谢您的回答，我是先把体系的温度从100K到350K，用了2ps，然后保持温度350K恒定，跑了10ps，上面的图是1 ...

你确定恒定了10ps吗？
如果只是略微下降，可能还有其他解释，你这个几乎刚好下降到0了，感觉除了温度降到了0以外没有其他解释，不然不可能那么巧回到你开始的结构

maokun_wu · 发表于 Post on 2020-11-10 11:07:32

wzkchem5 发表于 2020-11-10 10:39
你确定恒定了10ps吗？
如果只是略微下降，可能还有其他解释，你这个几乎刚好下降到0了，感觉除了温度降 ...

再次感谢您的回答，我的参数设置是SMASS=0，TEBEN=350， TEEND=350，
看了OSZICAR中的温度基本在350K附近，

maokun_wu · 发表于 Post on 2020-11-10 11:17:41

wzkchem5 发表于 2020-11-10 10:39
你确定恒定了10ps吗？
如果只是略微下降，可能还有其他解释，你这个几乎刚好下降到0了，感觉除了温度降 ...

突然发现，10ps最后结构和初始结构变化有点大，按理说只是扩散粒子在骨架中运动，但是看着骨架变化有点大，有可能是这个原因吗？谢谢。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-11-10 12:00:17

maokun_wu 发表于 2020-11-10 11:17
突然发现，10ps最后结构和初始结构变化有点大，按理说只是扩散粒子在骨架中运动，但是看着骨架变化有点大 ...

变化大，MSD应该也大啊，不会反而变小啊
是不是你的MSD计算出了问题

maokun_wu · 发表于 Post on 2020-11-10 12:07:52

wzkchem5 发表于 2020-11-10 12:00
变化大，MSD应该也大啊，不会反而变小啊
是不是你的MSD计算出了问题

应该不会，我用的vaspkit，重复过LiGPS的文献，是没有问题的，但是换到自己的体系MSD就这样了，唉，太惆怅了

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-11-10 12:14:41

本帖最后由 wzkchem5 于 2020-11-10 13:50 编辑

maokun_wu 发表于 2020-11-10 12:07
应该不会，我用的vaspkit，重复过LiGPS的文献，是没有问题的，但是换到自己的体系MSD就这样了，唉，太惆 ...

这样，你试一下，如果跑20ps，MSD仍然是8ps的时候最大吗？

maokun_wu · 发表于 Post on 2020-11-10 12:21:33

wzkchem5 发表于 2020-11-10 12:14
这样，你试一下，如果跑5ps或20ps，MSD仍然是8ps的时候最大吗？

多谢多谢，我试试，然后和您说一下结果

k64_cc · 发表于 Post on 2020-11-10 13:15:01

10 ps的data，5 ps之后每个delta t能用到的data是递减的，越往后越不准。过了1/2 t之后的data就不用看了，你这个msd没毛病。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-11-10 13:18:18

k64_cc 发表于 2020-11-10 13:15
10 ps的data，5 ps之后每个delta t能用到的data是递减的，越往后越不准。过了1/2 t之后的data就不用看了， ...

那请问一下，MSD过了1/2 t以后只是均值漂移，噪音并没有增大，也是正常的吗？
如果只是因为可用的数据点变少，噪音应该也变大才对吧

k64_cc · 发表于 Post on 2020-11-10 13:27:14

本帖最后由 k64_cc 于 2020-11-10 13:28 编辑

wzkchem5 发表于 2020-11-10 13:18
那请问一下，MSD过了1/2 t以后只是均值漂移，噪音并没有增大，也是正常的吗？
如果只是因为可用的数据点 ...

dt>8 ps的部分其实只是开头2 ps和最后2 ps的位移差，data也过分少了，万一他体系里有个什么行为需要2 ps完成，那MSD长这样就完全不奇怪；或者他体系是个cage，粒子在8ps的时候撞墙弹回来，也可能搞成这样。说实话拿10 ps算MSD本身就不太稳当，小分子弛豫时间搞不好也就是这个量级，说不定10 ps全跑完都没能independent，多跑点吧还是……

maokun_wu · 发表于 Post on 2020-11-10 14:08:32

k64_cc 发表于 2020-11-10 13:27
dt>8 ps的部分其实只是开头2 ps和最后2 ps的位移差，data也过分少了，万一他体系里有个什么行为需要2 ps ...

感谢您的回答，看到过莫一非老师关于AIMD的文献，基本时间超过70%由于统计误差就不准了，我先算一下20ps的，然后把结果贴出来大家看看，感谢感谢

maokun_wu · 发表于 Post on 2020-11-10 14:37:35

k64_cc 发表于 2020-11-10 13:27
dt>8 ps的部分其实只是开头2 ps和最后2 ps的位移差，data也过分少了，万一他体系里有个什么行为需要2 ps ...

我刚看了下10ps下跑的结构，基本过了5ps骨架就发生了较大变化，但是本征骨架下也就是没有扩散离子的时候结构是没问题的，想请问一下，这种情况是MD跑的问题还是说可能有了扩散粒子骨架不稳定？

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