为什么用NPT系综盒子压扁了

退休老干部

这是我跑完1微秒之后某一帧的图像，就很疑惑为什么会出现这种情况。用NPT系综的话，我知道盒子大小是会发生些变化，但不至于变化这么大吧？
下面是我跑md的参数：
integrator                       = md
dt                              = 0.001
nsteps                           = 1000000000 ;1us
nstlog                           = 10000
nstenergy                        = 10000
nstxout-compressed               = 5000

continuation                     = no
constraints                      = h-bonds
constraint-algorithm             = lincs

cutoff-scheme                    = Verlet
coulombtype                      = PME
rcoulomb                         = 1.0

vdwtype                          = Cut-off
DispCorr                         = EnerPres

comm-mode                        = Linear
nstcomm                          = 100
comm_grps                        = System

tinit                            = 0.000
nstxout                          = 25000
nstvout                          = 50000
compressed-x-precision   = 1000
compressed-x-grps        = SYSTEM

pbc                              = xyz
rlist                            = 1.0
fourierspacing                   = 0.12
pme_order                        = 4
ewald_geometry                   = 3d
ewald-rtol                       = 1e-5
ewald-rtol-lj                    = 1e-5
vdw-modifier                     = Potential-shift
rvdw-switch                     = 0.0
rvdw                             = 1.0

tcoupl                          = Nose-Hoover
tc_grps                         = Protein_GDP_PI Water_and_ions
tau_t                           = 1.0   1.0   
ref_t                           = 300 300

Pcoupl                           = Parrinello-Rahman
pcoupltype                       = semiisotropic
tau_p                           = 5.0
compressibility                 = 4.5e-5  4.5e-5
ref_p                           = 1.0     1.0

gen_vel                          = yes
gen-temp                         = 300
——————————————————————————————————————————————————————————————————--

请问各位大佬，问题出现在哪里？

sobereva

图看不清楚
应当把初始结构图也贴出来，并且MD前后的图把盒子边框都画出来

如果没有特殊情况，不要用半各项同性控压。如果当前就是个蛋白质在水里的模拟，没有任何理由不用常规的各项同性控压。而且在体系平衡之前，不要用PR压浴

退休老干部

sobereva 发表于 2021-6-1 03:54
图看不清楚
应当把初始结构图也贴出来，并且MD前后的图把盒子边框都画出来

好的，谢谢大佬，我先去按你说的去试试