计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 9455|回复 Reply: 8
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Gaussian/gview] 求助,使用学校的计算平台使用gaussian计算分子的opt+freq出错

[复制链接 Copy URL]

5

帖子

0

威望

23

eV
积分
28

Level 2 能力者

  各位大佬好,最近需要用到gaussian计算分子的opt和fre,就需要使用学校的计算平台,但是学校的计算平台是linux,所以就需要先生成windows版的gif和log文件,然后再用ssh转换linux版本。以下是出错报告和gif及log文件,请你们帮我看看,弄了很多次了就是不行。我用这种方法计算了别的类似分子都可以,请问需要改什么参数呢。
出错报告
Entering Gaussian System, Link 0=g09
Input=SBN-C.gjf
Output=SBN-C.log
Initial command:
/share/apps/gaussian09.d01/g09/l1.exe "/share/tmp/Gau-13171.inp" -scrdir="/share/tmp/"
Entering Link 1 = /share/apps/gaussian09.d01/g09/l1.exe PID=     13172.

Copyright (c) 1988,1990,1992,1993,1995,1998,2003,2009,2013,
            Gaussian, Inc.  All Rights Reserved.

This is part of the Gaussian(R) 09 program.  It is based on
the Gaussian(R) 03 system (copyright 2003, Gaussian, Inc.),
the Gaussian(R) 98 system (copyright 1998, Gaussian, Inc.),
the Gaussian(R) 94 system (copyright 1995, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 92(TM) system (copyright 1992, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 90(TM) system (copyright 1990, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 88(TM) system (copyright 1988, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 86(TM) system (copyright 1986, Carnegie Mellon
University), and the Gaussian 82(TM) system (copyright 1983,
Carnegie Mellon University). Gaussian is a federally registered
trademark of Gaussian, Inc.

This software contains proprietary and confidential information,
including trade secrets, belonging to Gaussian, Inc.

This software is provided under written license and may be
used, copied, transmitted, or stored only in accord with that
written license.

The following legend is applicable only to US Government
contracts under FAR:

                    RESTRICTED RIGHTS LEGEND

Use, reproduction and disclosure by the US Government is
subject to restrictions as set forth in subparagraphs (a)
and (c) of the Commercial Computer Software - Restricted
Rights clause in FAR 52.227-19.

Gaussian, Inc.
340 Quinnipiac St., Bldg. 40, Wallingford CT 06492


---------------------------------------------------------------
Warning -- This program may not be used in any manner that
competes with the business of Gaussian, Inc. or will provide
assistance to any competitor of Gaussian, Inc.  The licensee
of this program is prohibited from giving any competitor of
Gaussian, Inc. access to this program.  By using this program,
the user acknowledges that Gaussian, Inc. is engaged in the
business of creating and licensing software in the field of
computational chemistry and represents and warrants to the
licensee that it is not a competitor of Gaussian, Inc. and that
it will not use this program in any manner prohibited above.
---------------------------------------------------------------


Cite this work as:
Gaussian 09, Revision D.01,
M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria,
M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci,
G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian,
A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada,
M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima,
Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. Montgomery, Jr.,
J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers,
K. N. Kudin, V. N. Staroverov, T. Keith, R. Kobayashi, J. Normand,
K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi,
M. Cossi, N. Rega, J. M. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross,
V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann,
O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski,
R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth,
P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels,
O. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski,
and D. J. Fox, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2013.

******************************************
Gaussian 09:  ES64L-G09RevD.01 24-Apr-2013
                 7-Jun-2021
******************************************
%nprocshared=8
Will use up to    8 processors via shared memory.
%mem=5GB
%chk=SBN-C.chk
-----------------------------------
# opt freq b3lyp/6-31g(d,p) sp test
-----------------------------------
Illegal IType or MSType generated by parse.
Error termination via Lnk1e in /share/apps/gaussian09.d01/g09/l1.exe at Mon Jun  7 09:32:04 2021.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes 12.9 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     12 Int=      0 D2E=      0 Chk=      2 Scr=      2

gif文件:
%nprocshared=8
%mem=5GB
%chk=SBN-C.chk
# opt freq b3lyp/6-31g(d,p) sp test

[No Title]

0 1
C                 -7.01065500   -2.39112300   -4.02517400
C                 -6.47595500   -3.63572300   -3.69267400
C                 -7.32435500   -4.70592300   -3.40887400
C                 -8.70735500   -4.53142300   -3.45747400
C                 -9.24205500   -3.28682300   -3.78987400
C                 -8.39365500   -2.21662300   -4.07377400
N                 -6.83909500   -5.83564000   -3.10718100
C                 -7.60911200   -6.80696900   -2.84960000
C                 -7.47110500   -7.50752500   -1.65140700
C                 -5.00708100   -7.02035300   -3.81107900
C                 -5.58381600   -5.99402700   -3.06306900
C                 -3.61973900   -7.15844100   -3.85249600
C                 -2.80903500   -6.27010900   -3.14585900
C                 -3.38576600   -5.24374500   -2.39794100
C                 -4.77310700   -5.10565700   -2.35652500
C                 -8.59550900   -7.17645300   -3.76393200
C                 -9.44397600   -8.24661100   -3.48007400
C                 -9.30590100   -8.94721000   -2.28194200
C                 -8.31950400   -8.57772600   -1.36760900
C                 -1.47919400   -6.40248000   -3.18547900
O                  0.91685000   -8.40901700   -4.59022300
C                  0.41738000   -7.52009000   -3.94245500
C                 -0.92638600   -7.38633300   -3.90242100
C                  0.64974200   -5.67583800   -2.54109800
C                  1.20255000   -6.65969100   -3.25804000
C                  0.85010100   -3.79795200   -1.11582500
C                  1.42677600   -4.82435600   -1.86377600
C                  1.66071100   -2.90956200   -0.40930200
C                  3.04813500   -3.04758900   -0.45070100
C                  3.62478800   -4.07403600   -1.19856500
C                  2.81417800   -4.96242600   -1.90508800
N                  3.78392100   -2.24122300    0.19050900
C                  3.26048300   -1.30956000    0.86931100
C                  3.65335500    0.01212700    0.65887000
C                  5.77038100   -2.46072700    1.33939900
C                  5.04314400   -2.36652100    0.15291600
C                  7.15774000   -2.59865300    1.29801600
C                  7.81794300   -2.64240400    0.07003900
C                  7.09070100   -2.54829500   -1.11642000
C                  5.70334200   -2.41036900   -1.07503700
C                  2.29094000   -1.60483800    1.82759000
C                  1.71421800   -0.57834400    2.57552900
C                  2.10715800    0.74330700    2.36515000
C                  3.07670100    1.03858500    1.40687200
C                  1.55443300    1.72721300    3.08208400
O                 -0.77313000    2.18272400    5.55503300
C                  0.06656100    2.43842000    4.72509200
C                  0.62507300    1.44421100    4.00065200
C                  1.37650200    4.00159700    3.60277700
C                  0.44714100    3.71859500    4.52134500
C                  2.72267800    5.56378100    2.44286500
C                  1.75313800    5.26850600    3.40114200
C                  3.11570900    6.88544800    2.23257300
C                  2.53913500    7.91195900    2.98060300
C                  1.56954300    7.61668900    3.93879400
C                  1.17651200    6.29502200    4.14908600
N                  2.89588800    9.11157500    2.78980500
C                  3.77595800    9.37955100    1.92007900
C                  4.90538500   10.11703200    2.27505000
C                  1.78619400   11.13187300    2.82338400
C                  2.37257200   10.04321500    3.46873200
C                  3.61609900    8.93729600    0.60693200
C                  4.58574000    9.23256300   -0.35136000
C                  5.71509900    9.97011500    0.00359100
C                  5.87495700   10.41237000    1.31673900
C                  1.20973000   12.15838000    3.57136500
C                  1.21961400   12.09622800    4.96483200
C                  1.80590000   11.00753900    5.61015900
C                  2.38236300    9.98103200    4.86217800
H                 -6.34162700   -1.54716300   -4.24907900
H                 -5.38526700   -3.77329100   -3.65426000
H                 -9.37638000   -5.37540500   -3.23364300
H                -10.33274400   -3.14922600   -3.82813900
H                 -8.81529300   -1.23505900   -4.33598200
H                 -6.69325000   -7.21605700   -0.93030500
H                 -5.64638100   -7.72088400   -4.36835100
H                 -3.16495000   -7.96787000   -4.44240400
H                 -2.74646600   -4.54316700   -1.84072900
H                 -5.22788800   -4.29618000   -1.76667600
H                 -8.70432100   -6.62392400   -4.70885100
H                -10.22193100   -8.53799100   -4.20110300
H                 -9.97495000   -9.79116900   -2.05809700
H                 -8.21064700   -9.13030600   -0.42272500
H                 -0.83989900   -5.70193300   -2.62822000
H                 -1.56568100   -8.08688000   -4.45967900
H                 -0.44436800   -5.56693200   -2.50850200
H                  2.29666000   -6.76859800   -3.29063700
H                 -0.24401300   -3.68910200   -1.08315100
H                  1.20587700   -2.10010300    0.18053000
H                  4.71889800   -4.18293500   -1.23118100
H                  3.26901500   -5.77192800   -2.49485800
H                  4.41790500    0.24497900   -0.09693600
H                  5.24976400   -2.42624700    2.30778300
H                  7.73122600   -2.67292400    2.23375000
H                  8.91207000   -2.75112100    0.03736800
H                  7.61130700   -2.58285000   -2.08480800
H                  5.12985300   -2.33617500   -2.01077600
H                  1.98112500   -2.64718500    1.99350200
H                  0.94955800   -0.81117100    3.33123100
H                  3.38656700    2.08092600    1.24101700
H                  1.86430600    2.76954700    2.91619100
H                  0.31520000    0.40187800    4.16654500
H                  1.83124900    3.19210100    3.01292900
H                 -0.00760600    4.52809200    5.11119300
H                  3.17735800    4.75429500    1.85295000
H                  3.88034400    7.11826200    1.47684200
H                  1.11480700    8.42618000    4.52865800
H                  0.41182200    6.06222200    4.90476600
H                  5.03148000   10.46571800    3.31067400
H                  1.77837300   11.18089300    1.72450500
H                  2.72538100    8.35567500    0.32704000
H                  4.45972800    8.88375300   -1.38695300
H                  6.47973700   10.20301900   -0.75210900
H                  6.76564100   10.99405400    1.59660700
H                  0.74731900   13.01692700    3.06237400
H                  0.76505200   12.90577900    5.55474800
H                  1.81365600   10.95847900    6.70903700
H                  2.84470600    9.12245000    5.37117300


log:
#BSUB -q qhpc2
#BSUB -app g09
#BSUB -e %J.err
#BSUB -o %J.out
#BSUB -n 8
#BSUB -R "span[hosts=1]"
g09 SBN-C.gjf



20

帖子

1

威望

510

eV
积分
550

Level 4 (黑子)

2#
发表于 Post on 2021-6-7 16:09:19 | 只看该作者 Only view this author
g09 执行之前加一个 dos2unix SBN-C.gjf,再试试

5

帖子

0

威望

23

eV
积分
28

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-7 16:13:57 | 只看该作者 Only view this author
jinnengzhi 发表于 2021-6-7 16:09
g09 执行之前加一个 dos2unix SBN-C.gjf,再试试

你的意思是在log文件中加入dos2unix SBN-C.gjf指令吗

3097

帖子

29

威望

1万

eV
积分
17221

Level 6 (一方通行)

4#
发表于 Post on 2021-6-7 16:23:34 | 只看该作者 Only view this author

20

帖子

1

威望

510

eV
积分
550

Level 4 (黑子)

5#
发表于 Post on 2021-6-7 16:26:34 | 只看该作者 Only view this author
就是提交脚本 你的log

1102

帖子

18

威望

6703

eV
积分
8165

Level 6 (一方通行)

計算化学の社畜

6#
发表于 Post on 2021-6-7 16:28:13 | 只看该作者 Only view this author
把 sp关键词去掉
Stand on the shoulders of giants

5

帖子

0

威望

23

eV
积分
28

Level 2 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-7 16:31:29 | 只看该作者 Only view this author
jinnengzhi 发表于 2021-6-7 16:26
就是提交脚本 你的log

这步我操作过了,就是通过SSH将脚本提交到系统中

5

帖子

0

威望

23

eV
积分
28

Level 2 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-7 16:36:13 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2021-6-7 16:23
http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html

好的谢谢 我会好好看看的

1万

帖子

0

威望

9859

eV
积分
22096

Level 6 (一方通行)

9#
发表于 Post on 2021-6-7 16:53:38 | 只看该作者 Only view this author
baobinghui 发表于 2021-6-7 09:31
这步我操作过了,就是通过SSH将脚本提交到系统中

他的意思是叫你把dos2unix SBN-C.gjf写到你用来提交任务的那个脚本里
并且必须在调用高斯那行之前
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-21 00:15 , Processed in 0.163663 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list