deform计算聚合物应力应变出现问题

liuxdhs

使用MD模拟计算应力应变有两种方式，一种是采用velocity，一种是采用deform方式因此，我想使用deform的命令计算聚合物的应力应变之间的关系
应变是通过(L-L0)/L0计算，而应力则是Pres-zz(bar转换成MPa应除10)
但在模拟的过程中，盒子剧烈抖动，因此Pres-zz也呈现出不规则的抖动，特征是聚合物的弹性变形区，屈服点等不存在
下面是mdp文件和计算出来的应力应变值，请问这种问题需要怎么解决呢？

DwyaneWan

换成Berendsen试一下。 另外你给的是x和y 方向上的deformation, z方向不会有规整的curve的吧。

liuxdhs

DwyaneWan 发表于 2022-10-28 02:34
换成Berendsen试一下。 另外你给的是x和y 方向上的deformation, z方向不会有规整的curve的吧。

你好，感谢回复。这是压缩的过程，已经理解，非常感谢！

liuxdhs

x，y方向计算出来的Pxx，Pyy如下图。

牧生

liuxdhs 发表于 2022-10-29 15:17
x，y方向计算出来的Pxx，Pyy如下图。

我有一个疑问，纵坐标达到了上百MPa，如此大的应力才发生形变，这个如何理解啊。

Sui1999

您好，可以分享一下修改后的mdp文件吗，主要是compressibility和defrom那两行。

herbrex

您好 我现在正在寻找如何分析deform过程中应力的方法 能请教一下吗 有相关文献吗？

foging

liuxdhs 发表于 2022-10-29 15:17
x，y方向计算出来的Pxx，Pyy如下图。

你好，我也遇到这个情况。请问后来是怎么做出这个pxx和pyy曲线的呀，我输出三个方向的pressure都是不规则抖动

liuxdhs

Sui1999 发表于 2023-8-9 10:02
您好，可以分享一下修改后的mdp文件吗，主要是compressibility和defrom那两行。

compressibility = 0 0 6.5e-5 6.5e-5 6.5e-5 6.5e-5
deform = -0.003 -0.003 0 0 0 0

liuxdhs

牧生 发表于 2023-1-15 10:13
我有一个疑问，纵坐标达到了上百MPa，如此大的应力才发生形变，这个如何理解啊。

我觉得这是跟力场跟控压有关的。这是全原子模型，力场占据了非常重要的因素。
我最近做bead-spring model，改变bond coeff的k值，stree也会随之变化。

liuxdhs

herbrex 发表于 2024-3-6 13:09
您好 我现在正在寻找如何分析deform过程中应力的方法 能请教一下吗 有相关文献吗？

可以直接google，deform，molecular dynamics simulation, your materials。会有很多

liuxdhs

foging 发表于 2024-3-10 19:39
你好，我也遇到这个情况。请问后来是怎么做出这个pxx和pyy曲线的呀，我输出三个方向的pressure都是不规则 ...

gmx energy，把所有数据导出来，画一下，然后你就知道哪个是你的曲线了。

tangwenke

你好  为什么我算出来的应力是负值呢

liuxdhs

tangwenke 发表于 2024-11-17 21:58
你好  为什么我算出来的应力是负值呢

deform的设置可能出现问题，方向上。
可参考以下mdp设置。
Pcoupl     = Berendsen
pcoupltype = anisotropic
tau_p = 2.0
ref_p = 100.0 100.0 0 0 0 0
compressibility = 0 0 4.5e-5 0 0 0

deform = -0.005 -0.005 0 0 0 0
deform-init-flow = yes

tangwenke

liuxdhs 发表于 2024-11-18 09:34
deform的设置可能出现问题，方向上。
可参考以下mdp设置。
Pcoupl     = Berendsen

如果设置负值  不就是变成压缩了吗