公社群聊Q&A整理：2015.12.08 19 ~ 2015.12.12 06

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2015-12-14 15:50:27

本帖最后由 liyuanhe211 于 2015-12-14 15:52 编辑

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2015.12.08 19:41:05
Q:
老师用CASSCF 优化完结构算频率出错
[图片]
这个是什么情况呢？
A:
红框里提示得多明白
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2015.12.08 20:00:13
Q:
请教个问题，本人之前用B3LYP计算的分子间氢键、基组选用的6-31+g(d)。现在我想用wB97XD，然后比较两种算法的计算结果是否一致。请问wB97XD加哪个基组计算比较好呢？还用6-31+g(d)可以么
A:
6-311+G**
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2015.12.08 20:03:09
Q:
老师，算过渡态与反应物的能垒的时候，用TS的能量减去反应物A、B单独优化的能量和好呢？还是减去把A和B一起算的能量好呢？（放的距离远一些）@Sobereva
A:
减去放一起优化的能量
Q:
＠Sobereva，我们算的时候，老师都是让我们减去单独优化的能量
A:
以我为准
Q:
这有什么区别吗
那就是把A、B放的距离大一些，让他们不会对彼此相互影响对吗
两个放一起不是会有相互作用吗
A:
我说的是复合物，不是随便摆远
参考态是反应复合物
Q:
[图片] 老师你怎么看他这个说法
A:
莫名其妙
Q:
我们做的是气相反应
A:
算势垒都是减去反应复合物的，只要概念清晰，这是自然而然的，没有什么可讨论的
Q:
反应物之间能形成稳定的正负离子对之类的相互作用较强的结构，感觉确实减去一同优化的能量好点吧
A:
若算势垒的目的是代进TST公式算k的那种，若两个分子如果很快反应，来不及形成呆得住的复合物，应按照双分子反应来算k，此时算自由能垒是过渡态自由能减去两个单独分子的自由能；如果形成的复合物能短暂待住，则按照单分子反应来算，此时是过渡态自由能减去反应复合物自由能。
这根气不气相没关系
Q:
嗯嗯
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2015.12.08 21:50:24
Q:
在gaussian输入文件中，存在两种特殊类型的原子标记，用英文原文，一个叫做dummy atom，一个叫做ghost atom，至于怎么翻译成中文，没有确切的规定，按照starl在南开版的gaussian03中文用户手册中给出的，前者译为虚原子，后者译为空原子。这二者有显著的区别，建议明确地区分开：
dummy atom用于在使用z矩阵描述分子时给出正确的空间对称性，以及避免在优化过程中由于对称性限制造成的不必要的出错信息。一般标记为X。
ghost atom用于在计算BSSE过程中，提供其他片段的原子所在的位置以及其他片段原子所能提供的基函数。一般标
记为原子名称后加Bq，比如：C-Bq。
显然，用dummy atom时，这就是个不存在的原子，它仅提供为其他原子定位而使用，不提供任何波函数，不影响体系的优化以及能量计算。
而用ghost atom时，由于它提供这个原子原本能提供的基函数，因此，得到的MO的描述更加详细精确，得到的能量也就更低。
至于为什么提供更多的基函数，就会得到更精确的能量以及更低的能量，这就好比用更大的基组来描述波函数是一个道理。我们为了描述分子本身的MO因此编写了众多的量化软件，然而MO本身极难描述，因此科学家想出来用LCAO来描述，也
就是用原子轨道的线性组合来描述分子轨道，而原子轨道AO也不是那么好描述的，科学家就再用slater类型的轨道来近似描述AO，因而有了STO，当然为了描述更加准确，用多个STO来描述一个AO是最好的，但是STO也不好计算，所以在GAUSSIAN中，多数情况下都是用1个STO来描述1个AO。然而STO依然无法得到数学上的解析解，所以在涉及到积分的时候，除非用数字积分——而这不仅大大增加了计算量，也造成精度上的差异。所以科学家们再次祭出法宝，用gaussian类型的函数来模拟slater函数，也就产生了GTO(gaussian type orbitals)，而gaussian类型函数有明确的微积分的数学解析解，计算量极大地降低了。而用一个gaussian函数显然无法精确描述slater函数，因此就产生了用多个gaussian函数来模拟1个slater函数的算法，对于不同原子，AO自然不同，那么不同的原子就会有不同的大量的组合起来的gaussian函数组——也就是通常我们所说的基组，作为开始计算的初始猜测值。在优化过程中不断地调整gaussian函数的参数，以便得到能量最低的MO。而毕竟GTO不是MO，那么越多的GTO从理论上来说也就会得到更精确的MO。而在做BSSE校正前，假设分子的A片段用了500个基函数，分子B片段用了800个基函数，而整个分子用了1300个基函数，那么由于所用基函数个数不同，造成计算能量的精确度不同，在能量计算时会有由于精度而引起的微小差异，如果不做BSSE校正，就会把这部分的能量计算在分子片段A-B的相互作用能里面——通常这个作用能会比BSSE的校正值大很多，那么做不做BSSE校正也就无所谓了，而如果在分子间相互作用能如果比较小的情况下，这个误差很明显了，比如计算氢键作用时，BSSE就不能被忽略了。
以上为个人理解，还请各位专家指正。
转的。
你发表吧！
A:
/擦汗gaussian函数应当为 gauss函数
Q:
[表情] 不是我写的！转的！哈哈！
A:
这段话问题很多啊
要是出个量化试卷，这段话都可以成为挑错题了
Q:
我只看了下 X，Bq 部分
A:
[图片]
[图片]
[图片]
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2015.12.08 21:55:05
Q:
求群主ppt
A:
不给
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2015.12.08 21:59:34
Q:
那老师，我算的时候没有设定鬼原子，但是优化出来有，那么这个优化好的结构得重新优化么？@Sobereva
A:
看输入文件，肯定会有鬼原子的，不会无故冒出来
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2015.12.08 22:20:58
Q:
请问我想计算苯甲酸的紫外光谱但是计算值和实验值差别很大
#p cis(singlet,root=1,nstates=4) b3lyp/6-31g
结果是这样的
输入是这个 [图片]
苯甲酸的峰应该是在272和228两处的
A:
cis改成TD
基组用TZVP
看此文
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265
而且要用溶剂模型
Q:
改成这样#p TD(singlet,root=1,nstates=4) b3lyp/TZVP
A:
y
singlet,root=1,都可以省
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2015.12.08 22:50:49
Q:
请教sob老师 DMRG的方法在orca中可以直接调用吗
A:
没试过，貌似可以
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2015.12.08 22:50:49
A:
感觉你是要说shaw，但是他是搞动力学的
Q:
我想说……D.E.Shaw敲响了计算化学的丧钟
分子动力学shaw是想怎么玩就怎么玩，然后分子动力学，理论啥的再发展发展，量子化学就更“没什么用了”
A:
[图片]
Q:
尤其在“糊口”这种事上
A:
真懂量化的人一定不会这么说
Q:
我是怕量化最终沦落到差不多只是拟和参数的工具，为各种更完善的力场拟和参数
A:
力场终究仅仅是力场，还能拿力场算个紫外光谱？
Q:
现在肯定不行啊，激发态很复杂的
A:
永远都不行
基本知识不过关
Q:
这个是Shaw？
D.E.Shaw简介
1
D.E.Shaw 对冲基金是一家全球投资和技术发展企业，拥有1，300名杰出员工，在北美、欧洲和亚洲都设有办事处。成立以来，企业在金融创新、技术领先方面赢得了国际声誉。
D.E.Shaw Research/呲牙
【链接】科学家有了钱以后真是挺吓人的——DE.Shaw的
http://wallstreetcn.com/node/218780
这条新闻
其实我觉得sob老师也应该去炒股
A:
现在不是时候
Q:
量子计算机快出来了，做实验的死定了。。。
[图片]赚足几亿美元招募失业博士成立sob开发团队
少年好想法...
A:
对赚钱没兴趣...
Q:
Shaw 现在再也不用跪舔 NIH，NSF 的官员，去讨一点可怜的科研经费了。他想干什么就干什么
Sob赶快赚钱拯救我们
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.12.08 23:54:08
Q:
[图片]
请教各位老师 orca里面这么写的话用了多少内存？
A:
单位是MB
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2015.12.09 00:34:42
Q:
请教各位老师
orbital localization是什么？
[图片]
A:
轨道定域化。将原本离域的MO通过boys、pipek-mezey、NLMO之类的算法做酉变换转化成高定域的（分布在1~3中心）的轨道。
----------------------------------------------------
2015.12.09 01:23:21
Q:
在CASSCF的介绍里面看到这么一句：
Use localized orbitals, AOs or MOs (i.e. avoid to use SCF orbitals). Start with a MB representation to identify the character of the MOs and then expand tyo larger basis sets.
请问这个MB representation是什么？
A:
minimal basis
----------------------------------------------------
2015.12.09 03:40:48
Q:
一下提交了8个IRC，用Gaussian 09的默认算法，有7个都 “Maximum number of corrector steps exceded”，还得重新来IRC=LQA，感觉这个默认算法设置的是不是有点问题
A:
预感下个版本默认方法肯定会发生变更
出错几率太高，不符合高斯的易用风格
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2015.12.09 05:06:02
Q:
新的wiley网页真恶心
A:
然
不伦不类
跟风
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2015.12.09 05:13:42
Q:
刚刚看到文献中有图[图片]，我在想，可以通过什么方式说明轨道能级顺序。（方法一：NBO中2nd perturbation theory; 方法二， Mulutiwfn 中 CDA），这让我想起了之前自己练习时的一个例子，pdCl4, NBO 2nd perturbation 中不显示Cl的π-donnation, 然后用CHOOSE 指定孤电子对，还是得不到预期的结果；用Multiwfn 来做，显示不出Cl的π-donation作用。
你可以重复[图片]这个例子, 用sigma， pi相互作用来解释pt的d轨道能级顺序。
A:
NBO根本就不是干那个的
不是CDA的问题，是计算技巧的问题
更不是Multiwfn的问题
Q:
想听听您是怎么解决这个问题的？
A:
现在巨忙，没时间仔细看
Q:
好吧。我看到文献中中NBO的[图片]来说明轨道之间的相互左右。
A:
Orbital interaction diagram本身就是轨道相互作用图
有些细碎的东西，诸如原子孤立状态的轨道占据方式，d不是半满或全满，单独计算时就会导致d的分裂，这都需要考虑
----------------------------------------------------
2015.12.09 05:28:56
Q:
我是想通过片段轨道相互作用图，来说明复合物轨道能及图，这对与过渡金属d轨道能级，有很好的解释作用。
那在计算的时候，需要如何处理？
[图片]
A:
若原子组态能碰巧用半满或全满组态就用，以使得壳层里的简并不因为占据方式被破坏，或者用阳离子或阴离子状态凑这种情况。也有些更严格的方法，但目前和CDA的代码还不兼容或者需要额外折腾。
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2015.12.09 05:39:01
Q:
DOI: 10.1039/C5CP06600J
Grimme又搞了个新的双杂泛函，PWRB95
[图片]
A:
看了眼摘要，貌似也没什么显著精度提升
肯定流行不起来
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2015.12.09 18:10:16
Q:
sob老师关于AIM键的临界点处电子密度和ELF判断成键性质的帖子在哪儿~找不到了
A:
AIM键临界点处电子密度拉普拉斯值符号判断相互作用类型失败原因的图形分析
http://sobereva.com/161
AIM键临界点处电子密度拉普拉斯值符号判断相互作用类型失败原因的图形分析
http://sobereva.com/161
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2015.12.09 18:10:16
Q:
[图片]大侠们，请问这个是个什么软件。
免费的？
A:
如今已经几乎没什么市场的量化程序
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2015.12.09 18:10:16
Q:
想请教一下在计算溶剂化自由能的时候，加了SMD模型之后，溶剂化自由能不是直接输出的吗，我在结果文件中并没有找到这个值呢
我查了一下不是直接做个单点就能出来吗
好的，谢谢
A:
带溶剂模型的单点能减去不气相的单点能就是。根本就不会直接输出溶解自由能
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2015.12.09 18:10:16
Q:
双自由基的轨道能级有什么特点？
A:
因为解离之后是双自由基状态，是开壳层的
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
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2015.12.09 18:10:16
Q:
使用高斯09，revision B.01，PBE0方法，分别用SDD，Def2-TZVP和Def-SVPD，为什么前两种基组优化都能正常收敛，而第三种久久无法收敛呢？
A:
没有Def-SVPD，只有Def2-SVPD。不收敛看
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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2015.12.09 18:10:16
Q:
求教：高斯计算不同背景电荷的添加对那些结果会产生影响呢？
A:
对各种结果都会有影响
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2015.12.09 18:10:17
Q:
老师，您给出的计算荧光激发态寿命公式中的振子强度是只适用于高斯程序输出的吗？
A:
没这个限制
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2015.12.09 18:10:17
Q:
各位老师我计算作业的格式如下[图片]
计算时老出错，如下[图片]，请问这是什么原因？
超算老死，所以先在单机上试试
主要是def2-tzvp的原因，但改了好几种格式如def2tzvp，def2TZVP都不见效
这个可以
Gaussian 09, Revision A.02,
深圳超算
深圳超算是Gaussian 09, Revision D.01,
[图片]错误原因是这
好的
谢谢
你的意思是改为def2tzvvp
试试？
def2tzvpp
换是不行
你的意思是改为def2tzvp？@Elaine
A:
B01开始才能直接写def2TZVP
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2015.12.09 18:10:17
Q:
老师，请问高斯可以导入格点化的力场进行计算吗？
A:
不能
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2015.12.09 18:10:17
Q:
如果scan的时候L502报错可咋整？要是加xqc是不是得超级耗时间啊
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2015.12.09 18:10:17
Q:
multiwfn图形化弱相互作用时，三线态的fch出来的RDG散点图没有一个点是怎么回事呢？
A:
没具体文件不好说
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2015.12.09 18:10:17
Q:
你好！我想看看每个原子上的静电势大小，怎么出现了NaN？[图片]
A:
没输入文件不好说
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2015.12.09 18:40:33
Q:
老师，您好，我想请教一个问题[图片]图中吉布斯能垒=过渡态吉布斯能-中间体吉布斯能，从动力学上决定反应能否发生；而热力学上判断是看产物的吉布斯自由能-反应物的吉布斯自由能值得大小（小于0为放热）还是看产物焓变-反应物的焓变（小于0为放热）呢@Sobereva
焓一定不行
焓不能判断反应方向
A:
“产物的吉布斯自由能-反应物的吉布斯自由能值得大小（小于0为放热）”这句话明显是错的
吸热放热是看焓变
反应物和产物比例是看自由能变，一般习惯上把deltaG<0当成热力学上能发生
诸如吸热反应，deltaH>0，但deltaG<0
Q:
“反应物和产物比例是看自由能变”这个比例具体指什么老师？我不明白
浓度吗？
A:
deltaG=-RTLnK
是
----------------------------------------------------
2015.12.09 18:53:05
Q:
老师实验上的 E0-0 是不是电荷转移激发能？
A:
不是同类事物
Q:
老师那 E0-0 和计算值什么比较呢？
A:
就是基态振动基态与激发态振动基态的能量差
----------------------------------------------------
2015.12.09 18:54:36
Q:
老师高斯中输出的Rotatory Strengths (R) in cgs (10**-40 erg-esu-cm/Gauss)这个单位是不是10^-44esu^2cm^2?
这个erg是啥东东
A:
不是
Q:
那是10^-40esu^2cm^2吗？老师这个单位不会换算谢谢您
A:
转子强度和振子强度单位肯定不同
Q:
恩
高斯输出单位写着 in cgs (10**-40 erg-esu-cm/Gauss)，那我可以直接在文章中应该怎样才能正确表述这个单位，谢谢老师，不胜感激
A:
写cgs就完了
Q:
好的，谢谢老师，后面的10^-40这个是不是也不需要写，
A:
显然是
Q:
谢谢老师
A:
就光写cgs就行了。如果你写erg...那一大堆，则同时写10^-40
----------------------------------------------------
2015.12.09 18:55:18
Q:
老师，您刚才说溶解自由能直接就是加了溶剂模型的单点能减去气相下的单点能，不用做频率分析后用自由能做差吗
A:
不用
看着两个帖子
http://bbs.keinsci.com/thread-1855-1-1.html
http://bbs.keinsci.com/thread-1855-1-1.html
----------------------------------------------------
2015.12.09 18:59:36
Q:
现在POLYRATE 怎么需要密码啊？
[图片]
A:
从来都需要先注册
Q:
在哪注册啊？
A:
仔细看页面
Q:
[图片]
是这个license 申请吗
？
A:
不要把问号单独作为一个信息发送
群规里写着
[图片]
显然是
----------------------------------------------------
2015.12.09 19:04:29
Q:
高斯如何排队提交任务呢
就一台PC
A:
使用Gaussian时的几个实用脚本和命令
http://sobereva.com/258
Q:
比如要依次执行g09 < 1.gjf > 1.out、g09 < 2.gjf > 2.out、g09 < 3.gjf > 3.out，可以只输入一条命令，每条命令间用分号隔开：
g09 < 1.gjf > 1.out;g09 < 2.gjf > 2.out;g09 < 3.gjf > 3.out
这样之后，没法退出终端了呢
A:
能啊，nohup
Q:
不用加 &吗
A:
加
Q:
加了后，好像也不对劲
比如8个核，我要跑两个任务
其他任务排队
怎么操作呢
要做个排队系统？
A:
分两批提交
----------------------------------------------------
2015.12.09 19:37:33
Q:
老师，请问spiral.f90这个程序怎么可以输出邻接矩阵的本征值
A:
讨厌发大字报的人
Q:
老师，不好意思，我刚看到那个群规
A:
修改程序让之输出就完了
Q:
老师，我把write（*，*）eigvalarr修改了，但是不能输出
我把第一个*改成了具体的数字还是不能输出来
Sobereva老师，请问一下，在spiral程序中，我们没有DSYEV这个子程序，请问可以在哪找到这个子程序
A:
lapack
----------------------------------------------------
2015.12.09 20:59:08
Q:
RDG等值面上青色代表范德华力，绿色代表更强的吸引力是吧？
A:
否。青色说明吸引作用比色散作用更强一点
绿色是色散作用
Q:
绿色不是比青色更深吗？
A:
否，青是绿中带蓝。越蓝吸引作用越强
Q:
难道您说的青指的是靛蓝？
[图片]
我觉得左边的黑色圈里的颜色比右边的更接近蓝色。确实左边的Cu-Cu距离比右边的近了约0.2埃。
A:
左边的吸引作用更强
电子密度更大一点点
Q:
所以左边是青色，右边是绿色？
A:
恩
Q:
所以左边green，右边blue-green？
那这种颜色又要怎么称呼？
[图片]
A:
就是青
----------------------------------------------------
2015.12.09 21:00:43
Q:
问下，Multiwfn手册中的[图片],其中的C是啥意思？搜半天也没看到
A:
C就是代表charge的意思
Q:
往后搜到 [图片]？
还有的C代表系数
完全乱了
A:
完全不乱
谈及electron、hole的时候C都是实空间函数
本来介绍electron、hole的文字就不多
Q:
Sob老师，能不能在下个版本中将各个公式中的字符代表的意思具体点？
关键在于并不是从头看到尾，只会抠出一部分感兴趣的来读
A:
已经注明得很清楚了
----------------------------------------------------
2015.12.09 21:11:05
Q:
麻烦问一下，高斯算NBO电荷是出现“Failed in SchOr1 in NBStor.”错误，应该怎么解决？
A:
世界上没有NBO电荷
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
换NBO版本
----------------------------------------------------
2015.12.09 21:22:38
Q:
如果优化中加了int=ultrafine，应该怎么说明？
Int = ultrafine was used during the optimization to obtained the more accurate optimized geometry.
这样吗？
A:
可以
Q:
加了int=ultrafine可以不说明吗？
A:
没人会追究
----------------------------------------------------
2015.12.09 22:14:00
Q:
sob老师，再问一个
[图片]
如果电子空穴的中心距离近，那么其交叠应该很大啊？这里是否矛盾
A:
中心近不代表交叠大。想象里层和外层
----------------------------------------------------
2015.12.09 22:22:36
Q:
请问，multiwfn是否可以算三线态的弱相互作用呢？
A:
可
Q:
我用三线态fchk输入multiwfn时，出来的坐标一个点都没有是怎么回事呢？
A:
什么坐标？文件和操作步骤都给我。
----------------------------------------------------
2015.12.10 05:53:24
Q:
请教sob老师 correlating all electrons in a VTZ basis
里面的把所有电子都做关联是什么含义？这个是在CASCI的计算里面看到的一句话
A:
所有电子都纳入活性空间
Q:
哦哦那这样是不是达到理论极限了？
另外CAS-CI和CAS-SCF有什么区别吗？
理论极限是Full-CI吧
A:
如果所有的空轨道和占据轨道都纳入活性空间，CASCI就等同于FCI了。
Q:
似乎是带SCF的激发态轨道要优化
A:
CASSCF会同时对轨道做优化，CASCI不优化轨道
----------------------------------------------------
2015.12.10 17:48:37
Q:
求助优化频率时出现如下问题[图片]附上输入命令[图片]
拜托
[原创表情]
拜托[图片]
linux
[表情]
A:
硬盘没空间了。最简单解决方法：甭用MP2算频率
----------------------------------------------------
2015.12.10 17:48:37
Q:
请问那位同学，老师知道B3LYP-D3在计算中的关键词怎么输入吗？
A:
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
----------------------------------------------------
2015.12.10 17:48:37
Q:
弱弱地问一句，原子的电荷分布是否会影响原子的极化性大小？
A:
根本没有“极化性”这东西
----------------------------------------------------
2015.12.10 17:48:37
Q:
怎么捐赠论坛
A:
捐赠论坛的话在计算化学公社页面顶端有链接
----------------------------------------------------
2015.12.10 17:48:37
Q:
The scratch disk space on each node is /tmp/18240.1.all.q, with free space
Filesystem 1K-blocks Used Available Use% Mounted on
/dev/sda1 16126920 7186660 8121060 47% /
cannot enable coredumping: Operation not permitted
这是几个意思？
钙的最小基组是什么？为什么sto不包含 d轨道？
A:
极小基不包含极化函数，自然也就没有d
可以用
随便用个像样的基组，诸如6-31G*
自行把6-31G*的d极化挪到极小基上就完了
Q:
搞进去？极小基+6-31G*的极化？
为什么用大一点的基组，会找到两套轨道形状和d轨道或者p轨道相似的？
----------------------------------------------------
2015.12.10 17:48:37
Q:
各位大神
[表情]量化计算下求得的gibbs自由能是不是都是标准状态下的？
[图片]求大神解答我的困惑
A:
这取决于温度和压力设定
----------------------------------------------------
2015.12.10 17:48:37
Q:
不知哪位有beefly的MOLBO程序，给MOLPRO做NBO输入的
网上下载不到
A:
看群规，字号不得超过12号，我恨大字报。可以在计算化学公社PM beefly，程序是他写的
----------------------------------------------------
2015.12.10 17:48:37
Q:
[图片]请教算单个原子的单点超过最大循环仍不收敛？
[图片]这是输出错误信息怎么奇怪了
[图片]正确了不过sob老师估计看到我的循环次数会很无奈
单原子我不知哪个有用所以都加上了
A:
@々
没特殊必要时scf不要设conver=6
没特殊必要时scf不要设conver=6
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2015.12.10 17:48:37
Q:
Sob老师，怎么手册中的书籍重复不出来
比如手册是 [图片]
而Multiwfn输出 [图片]
除了第一个值相同外，其他均不同，请问这个是因为版本的差异吗？我用的是3.3.8版本
A:
当成一样的就完了，基本没差异
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2015.12.10 17:48:58
Q:
算激发态的单点能目前一般用哪些泛函 cam-b3lyp wl97xd 这一类的是不是比较老了
A:
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265
世界上没有wl97xd
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2015.12.10 17:50:58
Q:
请问，运行orca。已经安装了openmpi，提示以下错误，[图片]
怎么解决？
我安装的系统是debian 8.2，orca是3.0.3，openmpi是1.6.5.
A:
看看串行行不行，看看其它任务并行行不行。如果当前任务输入文件没毛病，其它任务都能并行，官方论坛问问
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2015.12.10 17:52:22
Q:
对镧系用m06合理吗？
A:
可以用
Q:
极小基不包含极化函数，自然也就没有d：那如果我要把Ca的d包含进去用什么基组呢？
A:
随便用个像样的基组，诸如6-31G*
Q:
我的目的是得到一套轨道做投影
A:
自行把6-31G*的d极化挪到极小基上就完了
Q:
就是把d极化直接复制过去？这样会不会破坏轨道的正则性？
A:
什么正则性？
自定义基组时候搞进去就完了
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2015.12.10 17:57:36
Q:
老师我看文献中有一种物质分解生成另两种物质，它的反应势能图中没有TS 反应物和产物之间是没有极值点，怎么理解这个现象难道是活化能为0？
A:
问作者
也许是作者偷懒没找出TS
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2015.12.10 21:02:31
Q:
输出wfnx文件，输入文件是不是这样写[图片]
A:
out=wfx
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2015.12.10 21:42:33
Q:
老师如果一个分子已经优化完成，频率也计算了。但是在最后计算 Axes restored to original set 时，出现[图片]，最后计算也Normal termination of Gaussian 09。如果用文件里的零点校正能，会有影响么
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
Q:
恩，谢谢老师
A:
如果没虚频，你的情况基本可以
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2015.12.10 22:53:11
Q:
请教诸位大侠，计算agstic bond 什么泛函比较好？
A:
B3LYP就可以
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2015.12.11 01:04:40
Q:
请教一个问题关于rigid scan的，我的分子是npropanol, 我用rigid scan扫描了OH group, for dihedral angle H-O-C-C from -180 degree to +180degree, step size 30 degree, then plot the torsion energy profile like this
[图片]
本来，这里有一个symmetry，the torsion energy profile from -180 degree to 0 degree should be mirror plain as 0 degree to +180degree. Single point energy of +60degree much higher than -60degree, weird,,,,
upload two files about AMOEBA force field and GDMA
最近两周一直在做amoeba，设置好parameter。目前做一些验证工作，对比force field 和MP2
这边AMOEBA是ren pengru and jay ponder做的
优势在于考虑极化，比如这个GDMA。对于我目前要做的体系，极化是很重要的方面。
GDMA有一套算法专门处理这个问题，把charge distribution around molecular 分解为 charge，dipole, quadrupole,,,,具体如何划分charge 到没一个atom，这个我不清楚，stone没有提到这个问题
群里面有用Tinker的吗？？
有的话，大家交流交流，我遇到一些问题，想不通
A:
你的结构本来就不对称。0度的结构明显没有Cs对称性
[图片]
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2015.12.11 17:16:41
Q:
请教各位老师，我准备计算两个乙醇分子之间的氢键能量大小。通过计算得到乙醇分子之间的结合能大小约为0.27eV，而通过multiwfn计算该处的BCP的势能密度算出氢键的大小为0.36eV. 通过对比发现，计算出来的氢键能量大小比他们之间的结合能要大，这样合理吗？
A:
靠势能密度估算本来就只是个近似。而且还有其它作用成分掺入相互作用能当中。
Q:
sob老师，就算是有其他的相互作用混入其中，得到的值应该是要小于等于分子间的结合能吧，还是说他们之间没什么关系？
A:
和一些计算细节有关系
算相互作用能时必须单体结构用复合物里的结构，并且相互作用几乎只能由那个键径所完全描述，这时氢键键能才能近似对应V/2
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2015.12.11 17:18:29
Q:
轨道上占的电子数特别少能说明什么问题，还属于占据轨道吗？0.09个电子的话
A:
不算占据轨道
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2015.12.11 17:18:29
Q:
您好！如您所说，计算了分子表面静电势的极大极小值。有一点想请教：分子A氮原子由于形成分子内氢键，N附近出现两个对称的负极值点，值为-13.04;类似的分子B氮原子由于未形成分子内氢键，N附近只出现一个负极值点，值为-34.60；那么前者*2<后者，说明前者N原子作为氢键受体，形成氢键能力较弱，可以这样比较吗？谢谢！
A:
实际上不应该考察形成分子内氢键后的极小点，而是应该考察形成之前的极小点，越小说明形成内氢键后越强
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2015.12.11 17:19:01
Q:
各位老师，零点能和基态振动能是不是同一个东西？
A:
零点振动能=振动基态的振动能
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2015.12.11 17:27:22
Q:
谢谢！ A分子的N这个分子内氢键是结构决定，肯定要形成；我想考察的是，A的N原子由于形成了分子内氢键，它再去形成分子间氢键的能力强弱（与B分子未形成分子内氢键的N相比）
A:
那就是形成-34.6负极值点的形成氢键会较强
Q:
我想问这个值具有加和性吗？
A:
不具有
这是强度量，不是广延量
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2015.12.11 23:15:00
Q:
源资太贵
上不起
A:
以后科音可能会办amber的班，会尽量让大家都上的起
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2015.12.11 23:41:40
Q:
你要是有空的话，能不能帮我看看我的问题，关于scan OH group in npropanol, torsion energy profile。
我发现构造AMOEBA的参数之后计算npropanol conformer have a different relative erergy as MP2,,,,我怀疑是torsion parameter的问题。我现在就想利用TORSFIT来拟合torsion parameter。
或者，sob有没有别的方法来拟合torsion parameter的？？
是的，Spartan可以做conformation的搜索，计算relative energy 等等
这个软件要花钱买
http://computational-chemistry.co.uk/Technical.cfm
[图片]
你说的是trial version吧，
A:
计算化学公社上有
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2015.12.12 00:43:50
Q:
各位大神
[图片]
这是咋了
scihub
A:
sci-hub的服务器正在从出版社的服务器上提取数据，等着就行了
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2015.12.12 00:44:11
A:
3-21G没有对应的赝势
Q:
那如果要投影到有赝势的基组应该怎么做？
有没有赝势的极小基？
A:
lanl1MB、lanl2MB
Q:
投影的时候赝势应该没影响吧，我把它投影的stuggart的赝势合理吗？
A:
投影不涉及赝势
如果被赝化的电子数都一样的两个赝势基组，这应该没问题
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2015.12.12 05:54:58
Q:
有个僵尸想吃化学研究生的脑子，就去店里买。到了店里，一看价签：无机化学研究生的脑子500元一斤，分析化学研究生的脑子 1000元一斤，有机化学研究生的脑子2000元一斤，计算化学研究生的脑子99999999元一斤。僵尸奇怪了，就问店员：“为什么计算化学研究生的脑子那么贵，是品质特别好吗？” 店员不耐烦的回答：“废话，你知道我们杀多少个计算化学研究生才凑够这一斤脑子的吗？”
A:
[图片]
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2015.12.12 06:17:15
Q:
高斯中是否有考虑弱相互作用的半经验方法？
谢谢
A:
没有能考虑色散的
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