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[GROMACS] 使用charmm-gui生成配体分子的拓扑文件报错

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各位老师好,我现在想生成一个配体分子的拓扑文件,这个配体中包含Se原子(在一个五元环上),我在使用charmm-gui去生成拓扑文件时,报错:aromatic bond on Se not supported; skipped molecule,请问现在有什么办法解决这个问题吗?我不想改变配体的结构,且不能删掉Se原子,需要使用的力场为charmm36

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2#
发表于 Post on 2025-1-3 21:28:31 | 只看该作者 Only view this author
没有办法
sobtop产生GAFF结合UFF(后者提供Se的LJ参数)的拓扑文件就完了。没有什么理由非用CHARMM系力场不可
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-4 11:50:11 | 只看该作者 Only view this author
收到,谢谢老师

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