求助：蛋白质pdb文件尾部结晶水与离子残基问题

wwl

各位大佬老师，我想请教一个让我疑惑的问题。1. 在处理蛋白质的pdb文件时，很多时候是需要删除掉结晶水的，但是又有说法是在一些特殊的场合，结晶水是不能删除的，我不明白什么情况下需要删除结晶水，什么情况下不能删除结晶水，这方面很模糊。

2. 有些蛋白质pdb文件尾部会出现一些离子，例如硝酸根离子等，这种离子在蛋白质中起到了什么作用呢？它们应不应该和结晶水一样被删除掉呢？如果不能删除，删除掉以后会有什么影响吗？
以上是我想请教的问题。希望各位大佬能够不吝赐教，非常感谢。

八月的雨季

结晶水涉及重要配位的一般不要删，删了后在后续MD模拟过程中就很难还原了，那些离子一般都是实验条件所需加的，没什么影响

wwl

八月的雨季 发表于 2021-7-28 13:39
结晶水涉及重要配位的一般不要删，删了后在后续MD模拟过程中就很难还原了，那些离子一般都是实验条件所需加 ...

嗯嗯，多谢大佬的回复，非常感谢。我还是有一点不明白，结晶水有这么多，怎么判断这里面的水分子哪些涉及到重要配位的呢？

八月的雨季

wwl 发表于 2021-7-28 15:05
嗯嗯，多谢大佬的回复，非常感谢。我还是有一点不明白，结晶水有这么多，怎么判断这里面的水分子哪些涉及 ...

你把报道这个结构的文章看透自然就知道哪些地方重要了啊

wwl

八月的雨季 发表于 2021-7-31 00:47
你把报道这个结构的文章看透自然就知道哪些地方重要了啊

嗯嗯，好的。非常感谢大佬

NicoleDH

八月的雨季 发表于 2021-7-28 13:39
结晶水涉及重要配位的一般不要删，删了后在后续MD模拟过程中就很难还原了，那些离子一般都是实验条件所需加 ...

你好，我的蛋白里面有两个水分子介导配体和蛋白的相互作用，这个水分子与配体形成了氢键，请问这种情况是不是应该保留？保留的话后面再加溶剂，感觉和溶剂就分不开了啊？请大佬老师给点建议，谢谢~