build 建立盒子与amorphous cell建立盒子区别

2833982824 · 发表于 Post on 2015-12-16 15:01:12

使用高斯优化过的两个分子，在MS中建立盒子后进行动力学之前必须进行优化，是对盒子优化吗？优化后盒子参数有变化。为什么要加盒子？通过build-crystal加的盒子与通过amorphous
cell加的盒子有何区别呢？搞不懂啊

sobereva · 发表于 Post on 2015-12-17 00:58:45

先去优化分子结构绝对不是必须的，动力学跑起来后会自发地根据力场进行调整结构。如果你在某处看到做动力学时要优化，那8成是指对你的整个体系结构进行优化，免得一开始的结构有不合理接触导致动力学崩溃。

不清楚你的目的是什么、打算跑什么体系。如果你是跑二聚体的动力学，那么既不需要加盒子，也不需要用ac，直接forcite跑就行了。

如果你是指跑两种分子组成的混合溶液，那么得用ac，这样一方面产生初始结构，另一方面加的盒子是紧密包围体系的。而build仅仅是加盒子，而没法产生初始结构。

2833982824 · 发表于 Post on 2015-12-19 20:52:31

谢谢您的回复！我的研究对象是两种小分子，暂时不考虑溶液体系，目的是研究这两种小分子稳定的结合构象。初始结构都有的。用AC不会建立，添加进分子去。使用build建立盒子后跑动力学能量如何也跑不平衡，实在是不知如何解决，期待老师和各位有这方面经验的牛人们指点迷津！谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2015-12-19 22:18:14

2833982824 发表于 2015-12-19 20:52
谢谢您的回复！我的研究对象是两种小分子，暂时不考虑溶液体系，目的是研究这两种小分子稳定的结合构象。初 ...

参考
genmer：生成团簇初始构型的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2369
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577

2833982824 · 发表于 Post on 2015-12-20 18:33:48

老师您好，如何产生traj.xyz文件，使用genmer程序输入
500
0.1
1
1
1
a.xyz
1
b.xyz
之后输入什么命令呢，按enter的话退出了

sobereva · 发表于 Post on 2015-12-21 03:19:05

2833982824 发表于 2015-12-20 18:33
老师您好，如何产生traj.xyz文件，使用genmer程序输入
500
0.1

帖子里有例子啊。
例子里很明确了，
1
a.xyz
...
前头得空一行

输出信息在程序界面里提示得很清楚了，仔细看

2833982824 · 发表于 Post on 2015-12-21 09:12:08

在输入结构信息前空一行，输入后也没有运行啊，有一个traj.xyz文件，里面显示好多水，但是我没有添加水啊，也没有那两个分子。

sobereva · 发表于 Post on 2015-12-21 09:51:57

2833982824 发表于 2015-12-21 09:12
在输入结构信息前空一行，输入后也没有运行啊，有一个traj.xyz文件，里面显示好多水，但是我没有添加水啊， ...

你得在genmer.ini里面写那些信息，而不是在genmer启动后写那些信息

2833982824 · 发表于 Post on 2015-12-21 10:38:00

恩，明白了，在genmer配置设置里进行修改，输入自己的文件，然后打开genmer应用程序，会自动运行。运行结果很快出来。接下来是要使用molclus进行分析吗？我的原子数目大于180个，是不能使用免费版的molclus吧？

sobereva · 发表于 Post on 2015-12-21 10:45:04

2833982824 发表于 2015-12-21 10:38
恩，明白了，在genmer配置设置里进行修改，输入自己的文件，然后打开genmer应用程序，会自动运行。运行结果 ...

对，是的

2833982824 · 发表于 Post on 2015-12-21 16:09:42

请问老师，除了使用molclus分析traj.xyz，还有其他软件可以分析吗？

sobereva · 发表于 Post on 2015-12-22 04:15:05

2833982824 发表于 2015-12-21 16:09
请问老师，除了使用molclus分析traj.xyz，还有其他软件可以分析吗？

不能
除非你仅仅是想分析genmer直接产生的traj.xyz里面的几何结构，但这没什么用

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