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[GROMACS] 求助ATB生成的分子结构和拓扑文件的问题

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1.我在ATB中提交了一个沥青质的分子结构,但系统只是给我提供了相似的分子结构(分子中的单双键发生了变化),请问该怎么解决?(是可以自己修改结构和相应的拓扑文件,还是其他怎么做?)
2.ATB分子信息的MD文件里面提供的GROMACS和GROMOS96有什么区别,我想用GROMOS96-53a6,请问该选择哪一个?

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发表于 Post on 2021-6-19 12:18:40 | 只看该作者 Only view this author
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html


ATB得到的文件,最好使用ATB提供的修改力场gromos54a7_atb.ff
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发表于 Post on 2021-6-19 12:44:34 | 只看该作者 Only view this author
甭那么在意gview判断的成键类型,仔细看
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html

想用53A6干嘛,明明都是很老的GROMOS96。ATB上生成的拓扑文件用的力场是ATB开发者自己改的GROMOS96力场。GROMACS是程序,GROMOS96是力场的系列,完全不是并列关系
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-19 12:59:11 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2021-6-19 12:18
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414(http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html) ...

好的 谢谢您

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-19 12:59:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-19 12:44
甭那么在意gview判断的成键类型,仔细看
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414(http:/ ...

好的 谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-19 13:41:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-19 12:44
甭那么在意gview判断的成键类型,仔细看
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414(http:/ ...

老师,我还有一个问题,请问如我修改了ATB提供的分子的结构(单键改成双键,或双键改成单键之类的),则对应的ATB提供的拓扑文件也需要修改吗? 主要是修改拓扑文件的哪些地方?谢谢老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-19 17:15:16 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2021-6-19 12:18
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414(http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html) ...

您好,我看您提供的老师写的博文里面介绍的方法都是需要其他文件的,我只有一个ATB提供的pdb文件,请问有什么方法可以分析分子中原子间的成键类型吗?(双键还是单键)  谢谢您。

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发表于 Post on 2021-6-19 17:31:57 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 牧生 于 2021-6-19 17:33 编辑
ONTHEWAY 发表于 2021-6-19 17:15
您好,我看您提供的老师写的博文里面介绍的方法都是需要其他文件的,我只有一个ATB提供的pdb文件,请问有 ...

ATB会提供itp和pdb文件。。由于使用了联合原子力场,所以需要使用红框内的itp和pdb
至于单键双键,不要去纠结了。只要不是很复杂,很特殊的分子,对于常规分子,ATB给出什么就用什么,一般也不会有啥大问题





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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-19 23:06:25 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2021-6-19 17:31
ATB会提供itp和pdb文件。。由于使用了联合原子力场,所以需要使用红框内的itp和pdb
至于单键双键,不要 ...

好的,非常感谢您

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发表于 Post on 2021-6-20 17:51:09 | 只看该作者 Only view this author
ONTHEWAY 发表于 2021-6-19 13:41
老师,我还有一个问题,请问如我修改了ATB提供的分子的结构(单键改成双键,或双键改成单键之类的),则 ...

提供给ATB pdb作为输入文件的时候,ATB根本就不会从你提供的文件里读连接关系,怎么成键都是ATB根据坐标自行判断的,考虑初始结构里成键设置没有任何意义
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sobereva 发表于 2021-6-20 17:51
提供给ATB pdb作为输入文件的时候,ATB根本就不会从你提供的文件里读连接关系,怎么成键都是ATB根据坐标 ...

好的老师 谢谢您

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