rerun轨迹后使用g_energy计算相互作用能的问题

木林森

  老师好，用GROMACS计算一个周期性体系内水分子的相互作用能时mdp的设定是：

  我的体系是蒙脱石-KCl溶液体系：

我分别提取了红色矩形框内K（49个）、水分子（8579个）以及K和水分子的轨迹用来rerun。

1、计算K和水分子，mdp设定如第一张图

选择最后3ns的轨迹，选择32、33计算：


2、计算K离子

同样选择最后3ns的轨迹，选择1、3计算：


3、计算水分子

同样选择最后3ns的轨迹，选择1、3计算：


最后计算K离子和水分子的相互作用能为：

目前我算出的相互作用能很离谱（308582），请各位帮我看看是我哪里出了问题，谢谢。

mol

lz好，第一步不就算出来k-sol间的相互作用了吗，为什么还要进行后面两步呢？
另外截断距离应该尽量接近最短格子边长的一般

木林森

mol 发表于 2021-6-17 09:17
lz好，第一步不就算出来k-sol间的相互作用了吗，为什么还要进行后面两步呢？
另外截断距离应该尽量接近最 ...

我按照教程做的，第一步算的是离子和水整体的相互作用。
截断距离已经接近一半了。

wwl

木林森 发表于 2021-6-18 16:07
我按照教程做的，第一步算的是离子和水整体的相互作用。
截断距离已经接近一半了。

我记得计算相互作用能的时候，取的不是最前面那一列的值，而是最后面那一列的值吧。取完值以后还要除以钾离子或者水分子的数值以后才能使用，具体除哪个值，需要看你想要怎么讨论了。后两步的计算有什么意义吗？麻烦你把那篇文章的地址发一下给我看看

nianbin

你好。请问你的蒙脱石的力场怎么获得的

木林森

nianbin 发表于 2021-6-22 15:37
你好。请问你的蒙脱石的力场怎么获得的

clayff力场
Molecular Models of Hydroxide, Oxyhydroxide, and Clay Phases and the Development of a General Force Field