用MS统计通过孔的水分子数目以及水分子在通过孔时的密度，速度分布

菲儿菲儿

MS用NVT跑完动力学后，如何统计通过孔的水分子数目以及水分子在通过孔时的密度，速度分布。

mol

自带的命令实现不了，lz可以把轨迹转换一下，导入vmd写脚本处理

sobereva

这种事得自己写M$的perl脚本，具体实现看help

更好的做法是如2L所述，导出轨迹做法参考
将Material Studio的xtd轨迹文件导出为xyz轨迹文件的方法
http://sobereva.com/143
不过文中的做法不能直接导出速度信息，想导出的话需要修改脚本

菲儿菲儿

感谢两位老师，请帮我看下下面这个脚本可以用么？
set outfile [open ***.dat w];                                             
set nf [molinfo top get numframes]
   for { set i 1 } { $i<=$nf } { incr i 1} {
         set atom [atomselect top "该分子10A以内的水分子"]   
         $atom  frame  $i
         $atom  update   
         set com  [$atom num]
         puts $outfile "$i  $com"
         }
close $outfile，

顺利毕业发paper

菲儿菲儿 发表于 2020-4-28 18:26
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你好，请问您知道如何统计个数了吗？