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[GROMACS] 求助:npt下牵引时体系无限膨胀

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我在固液体系中做牵引时,用npt系综,只在z方向压力耦合,牵引速率设为0,下面的7层固体(命名为GRA)freeze,上面的一层绿色固体(命名为SLA)只在xy方向freeze,在z方向可自由移动,牵引方向也是只在z方向。GRA与SLA之间去除作用力;GRA与水之间是正常的LJ作用;SLA与水分子之间只有斥力,没有引力,即只有LJ中的C(12)项,没有C(6)项。体系初始构型如图1。出现以下奇异现象:(1)盒子随着时间迅速无限地向z方向膨胀,图2是mdp设置,图3是跑30万步时就已经膨胀了这么多。
(2)如果把SLA固体在xyz三个方向都冻结住,则体系正常,不会膨胀。
(3)不用牵引,仅仅在npt下跑,如果把SLA在三个方向冻结,体系正常;如果将SLA只冻结xy方向,也是无限膨胀。
(4)不是freeze的问题,我把freeze改为位置约束,结果类似。
(5)牵引时如果SLA固体与水分子之间改成正常的LJ势函数,既有斥力又有引力,则正常,如图4。
我的模拟体系需要GRA固体固定,SLA固体限定在不同的z坐标位置在npt下进行牵引,且SLA与水分子之间需要只有斥力。遇到上述情况,实在是难以解决,希望大神们帮帮忙,谢谢大家。
  另外,我如果先把SLA固定在我需要的不同位置下先npt,平衡后再在nvt下进行牵引速度为0的牵引,是不是也相当于是在npt下牵引的?



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2#
发表于 Post on 2021-6-30 22:49:49 | 只看该作者 Only view this author
请问解决了吗?

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