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[综合交流] 已解决:什么方法可以做到把特定组氨酸突变为质子化状态?

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本帖最后由 Kamala 于 2022-1-7 21:13 编辑

问题就是标题,谢谢大家答复!

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发表于 Post on 2022-1-6 21:45:11 | 只看该作者 Only view this author
用gview之类手画就行了,注意改一下原子名使之标准

也可以用https://www.playmolecule.com/proteinPrepare/



北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-1-7 10:23:31 | 只看该作者 Only view this author
如果是MD之类的建模的话可以用CHARMM-GUI

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发表于 Post on 2022-1-7 11:49:24 | 只看该作者 Only view this author
如果是使用gmx跑MD的话,pdb2gmx后面加个-his(-inter),进行手动选择即可。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-7 14:04:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-6 21:45
用gview之类手画就行了,注意改一下原子名使之标准

也可以用https://www.playmolecule.com/proteinPrepa ...

感恩!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-7 14:05:25 | 只看该作者 Only view this author
panernie 发表于 2022-1-7 11:49
如果是使用gmx跑MD的话,pdb2gmx后面加个-his(-inter),进行手动选择即可。

噢噢 好~

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-7 14:06:53 | 只看该作者 Only view this author
fhh2626 发表于 2022-1-7 10:23
如果是MD之类的建模的话可以用CHARMM-GUI

建模已经好了,想考查改变某个质子化状态对结合能的影响

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-7 14:45:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-6 21:45
用gview之类手画就行了,注意改一下原子名使之标准

也可以用https://www.playmolecule.com/proteinPrepa ...

sob 点击re-prepare protein后出现“can only convert an array of size 1 to a Python scalar”是哪里出问题了

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发表于 Post on 2022-1-7 22:06:08 | 只看该作者 Only view this author
Kamala 发表于 2022-1-7 14:45
sob 点击re-prepare protein后出现“can only convert an array of size 1 to a Python scalar”是哪里出 ...

我没遇见过,可以发邮件问开发者
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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