gromacs中，运行pdb2gmx命令时报错，出现CG原子不匹配现象，该怎么解决？

xking · 发表于 Post on 2022-3-16 16:26:26

运行的是这条命令gmx_mpi pdb2gmx -f MAPK14_MOL004891_dockout.pdb -ignh -o ma4891.gro
然后报错Residue 7 named ARG of a molecule in the input file was mapped
to an entry in the topology database, but the atom CG used in
that entry is not found in the input file.，说7号残基里CG原子里没有使用到。
但是我的pdb文件里7号残基不是ARG，也没有CG原子，如图所示，不知道咋回事

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-17 04:05:50

注意看pdb里残基序号是否是从1开始连续排下去的，如果不是的话，屏幕上提示的7号残基可能不是你pdb文件里序号为7的残基

xking · 发表于 Post on 2022-3-17 10:31:43

sob老师，他说我这里拓扑库里面的ARG存在CG原子，但是我PDB文件里有一个ARG残基只有三个C原子CA，C，CB，没用到CG这个怎么办(因为我的蛋白质pdb中间断了三个残基)

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-3-18 10:48:12

可以用其他软件补全然后再pdb2gmx，比如ambertools的tleap

xking · 发表于 Post on 2022-3-19 16:30:48

Frozen-Penguin 发表于 2022-3-18 10:48
可以用其他软件补全然后再pdb2gmx，比如ambertools的tleap

好的，谢谢你，我去试试

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[GROMACS] gromacs中，运行pdb2gmx命令时报错，出现CG原子不匹配现象，该怎么解决？

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