怎样在gromacs里安装一个新的molecular simulation package？

15589655705 · 发表于 Post on 2021-11-10 08:57:01

本人模拟小白，gromacs文件夹里包含了很多命令，比如grompp，请问怎样安装一个新的命令或者说模拟包呢？

snljty · 发表于 Post on 2021-11-10 11:32:49

本帖最后由 snljty 于 2021-11-10 20:22 编辑

不需要，直接编译gromacs本身即可。看卢老师博文《GROMACS的安装方法（含全程视频演示）》http://bbs.keinsci.com/thread-11821-1-1.html
抱歉之前没看清你是要添加新的模块，抽时间回复。

15589655705 · 发表于 Post on 2021-11-10 19:20:54

snljty 发表于 2021-11-10 11:32
不需要，直接编译gromacs本身即可。看卢老师博文《GROMACS的安装方法（含全程视频演示）》http://bbs.keins ...

请问，我这里linux版和win版的gromacs都有，具体怎么把这段代码编译为GROMACS的内置模块呢，请您解答一下，谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-11 04:40:20

提供这个源代码的人应当写了安装方式说明才对，如果没写最好直接发邮件问作者，在这里谁也不清楚这包是怎么回事

15589655705 · 发表于 Post on 2021-11-11 09:07:57

sobereva 发表于 2021-11-11 04:40
提供这个源代码的人应当写了安装方式说明才对，如果没写最好直接发邮件问作者，在这里谁也不清楚这包是怎么 ...

老师请问这个说明有用吗？

lyj714 · 发表于 Post on 2021-11-11 17:00:53

本帖最后由 lyj714 于 2021-11-11 17:04 编辑

你可以看作者提供的g_temperature.cpp中有没有main函数，如果有，就表明这是个外置gromacs工具，直接编译的时候链接你系统上已经安装了的gromacs路径下的lib目录下的.so库就行了。注意你系统的gromacs版本一定要符合他给的版本要求。一般别人提供工具肯定有编译方式，就比如makefile文件

15589655705 · 发表于 Post on 2021-12-16 14:23:24

lyj714 发表于 2021-11-11 17:00
你可以看作者提供的g_temperature.cpp中有没有main函数，如果有，就表明这是个外置gromacs工具，直接编译的 ...

您好，我查了一下，这应该是内置工具吧，另外附上makefile内容和整个包的文件，请您看一下该怎么用，谢谢！

15589655705 · 发表于 Post on 2021-12-16 14:25:12

sobereva 发表于 2021-11-11 04:40
提供这个源代码的人应当写了安装方式说明才对，如果没写最好直接发邮件问作者，在这里谁也不清楚这包是怎么 ...

sober老师您好，我上传了所有的文件，麻烦您看下该怎么用这个包，谢谢！

15589655705 · 发表于 Post on 2021-12-16 14:26:19

snljty 发表于 2021-11-10 11:32
不需要，直接编译gromacs本身即可。看卢老师博文《GROMACS的安装方法（含全程视频演示）》http://bbs.keins ...

老师您好，我上传了所有的文件，请您看下这个包该怎么用呢谢谢！

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