请教gromacs用gpu加速跑动力学，提交两个同样48核任务时为什么cpu会减半变成24核

Jerryluo

如题，任务一：nohup gmx mdrun -v -deffnm nvt -ntmpi 1 -ntomp 48 -gpu_id 0 -nb gpu -bonded gpu -pme gpu -pin on &
          任务二：nohup gmx mdrun -v -deffnm nvt -ntmpi 1 -ntomp 48 -gpu_id 1 -nb gpu -bonded gpu -pme gpu -pin on &
只提交一个任务就能48个核跑，这是什么原因，怎样才能让两个任务都是48个核跑。机子有2个cpu，每个64核，共256逻辑核心。

snljty

gmx mdrun -h搜pinoffset。看我之前的一个提问的主题贴。

Jerryluo

snljty 发表于 2022-2-26 21:44
gmx mdrun -h搜pinoffset。看我之前的一个提问的主题贴。

十分感谢~

Entropy.S.I

CPU0 & GPU 0：
-nt 48 -pin on -gpu_id 0 -update gpu
CPU1 & GPU 1：
-nt 48 -pin on -pinoffset 128 -gpu_id 1 -update gpu
如此，基本可以榨干任何GPU。也可以试试48改为64，估计提升不大，如果GPU不强，会起到反效果。