对切割的二氧化硅，Sobtop通过assign_AT读入自己添加的原子类型失败

nuanwen · 发表于 Post on 2024-5-16 10:19:35

本帖最后由 nuanwen 于 2024-7-21 09:27 编辑

请问老师：我用ms切割二氧化硅生成的改性的二氧化硅团簇表面，用氢原子饱和了表面，LJ_param.dat、bonded_param.dat、assign_AT.dat都已修改。将sio2放入sobtop，输入1、5之后显示 73 atoms do not have atom type currently，这是什么原因造成的

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-16 21:20:22

看清楚sobtop载入文件时对当前判断不出原子类型的原子是怎么判断成键的，去对照你写的assign_AT.dat判断规则
表面的氧显然得和内部的氧分别定义成不同原子类型
而且当前pdb文件没有CRYST1字段记录的晶胞信息，sobtop都没法判断跨盒子的键。如果你的体系就是周期性体系，不能叫团簇，要叫slab。如果就是个孤立存在的板状团簇，明显边缘的氧不可能就那么悬着

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[Sobtop] 对切割的二氧化硅，Sobtop通过assign_AT读入自己添加的原子类型失败

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