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[Molclus] 在用genmer生成初始构型时,genmer找不到.xyz文件

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l老师,我想请教一下我的路径应该怎么写才是正确的,现在显示找不到.xyz文件,现在写的是当前路径,显示找不到文件;用示例中的路径写法examples/Sorbitol.xyz,genmer会闪退打不开找不到文件的情况:



闪退的情况:



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发表于 Post on 2021-7-12 23:09:50 | 只看该作者 Only view this author
路径没必要加双引号
Windows下目录分隔符用\
仔细一个字符一个字符检查路径。这都是计算机使用常识问题,和genmer本身毫无直接关系。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-13 10:51:43 | 只看该作者 Only view this author
嗯嗯,是我把原子个数数错了才闪退的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-13 11:07:49 | 只看该作者 Only view this author
还有我把genmer生成的trail.xyz文件拖入VMD查看,看不到Fe是什么原因呢,只能看到山梨糖醇 ,我想查找山梨糖醇和铁的螯合构象,生成50个可以吗,之后再用高斯进行结构优化?

202107131103464281..png (38.98 KB, 下载次数 Times of downloads: 38)

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发表于 Post on 2021-7-13 16:05:33 | 只看该作者 Only view this author
小七丫 发表于 2021-7-13 11:07
还有我把genmer生成的trail.xyz文件拖入VMD查看,看不到Fe是什么原因呢,只能看到山梨糖醇,我想查找山梨糖 ...

明明能看见。眼睛或屏幕不好就开放大镜


line方式显示当然不便于观看单个原子。用CPK

50个可以
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-15 09:06:20 | 只看该作者 Only view this author
是我不够仔细了,谢谢老师

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