autodock vina分子对接计算出的结合能相较师哥之前做的一直偏高

zxfffff · 发表于 Post on 2026-1-13 19:47:39

本帖最后由 zxfffff 于 2026-1-14 14:01 编辑

师哥之前做的柠檬酸类和 fgf2 的分子对接计算出最小结合能是-7.91，我在做毕设结果算出来的结合能怎么调都达不到，最小是-4.6，我排查了电荷配置和盒子尺寸，盒子中心也大概设置了一下，可是计算结果还是不一样，附件是我做的各类文件集合的压缩包和师哥做的结果图，有没有大佬可以帮我看看是哪里出了问题

student0618 · 发表于 Post on 2026-1-13 20:04:56

结合模式有没有分别？前人是用autodock还是vina? 是Vinda的话，Vina版本有没有分别？各种参数如exhaustiveness ，num modes 等？

Vina版本的话，个人测试1.1 x 和1.2.x感觉差挺大的，1.2以上版本behaviour比老版本vina自己更像vina' fork smina。

zxfffff · 发表于 Post on 2026-1-14 14:00:36

student0618 发表于 2026-1-13 20:04
结合模式有没有分别？前人是用autodock还是vina? 是Vinda的话，Vina版本有没有分别？各种参数如exhaustiven ...

我用的是1.2的，可能是这里出问题了，我去试试，谢谢您

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[分子对接] autodock vina分子对接计算出的结合能相较师哥之前做的一直偏高

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