求助—lammps压盒子的问题想达到目标密度如何将体系的压力降下来

Sasuke · 发表于 Post on 2021-7-9 10:40:15

用lammps模拟大分子链熔体，MS建好盒子以后用lammps跑，一开始密度没有到理想值，我就用NPT系综，压力设置5000个大气压，等密度压到理想值以后，再把压力设置1一个大气压时候密度又降下来了，请问怎么让体系密度在一个大气压下保持高压时候的密度呢？是需要再NVE系综模拟嘛？

get-it · 发表于 Post on 2021-7-9 20:02:40

怎么让体系密度在一个大气压下保持高压时候的密度呢

降温度

k64_cc · 发表于 Post on 2021-7-9 20:50:26

一般不是应该考虑下在该温度及压强下密度可能本来就不对吗

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-10 08:56:25

在当前的模拟条件下，要想保持你期望的密度用NVT，压力必然就会远超过1 atm；要是控制到1 atm，密度就必然下降。你的目的根本不可能实现

如果压浴维持1 atm的情况下密度和已知实验数据明显不符，大概率是力场或者模拟设置问题

Sasuke · 发表于 Post on 2021-7-16 22:01:16

sobereva 发表于 2021-7-10 08:56
在当前的模拟条件下，要想保持你期望的密度用NVT，压力必然就会远超过1 atm；要是控制到1 atm，密度就必然 ...

但是用gromacs时候相同的力场和温度以及压强密度就符合实验值

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-17 02:11:33

Sasuke 发表于 2021-7-16 22:01
但是用gromacs时候相同的力场和温度以及压强密度就符合实验值

没细节没法说。诸多细节设置可能严重影响可比性和合理性

gromacs看着合理就用gromacs就完了

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