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[综合交流] 下载的pdb文件里面,如何加氢

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给dalao们倒茶

从PDB数据库里下载的pdb文件里缺少H原子,不知道如何加进去。尝试了一些方法,比如本论坛里的倒入GaussView中,但是并没有显示出H原子,采用软件DS加H是好使,但是感觉加完H原子的结构,有些奇怪(化学直觉告诉我有些地方不太合理),所以加完了我也不太相信,而且那么大的结构去用Gaussian优化也不现实。不知道各位老师有什么好的方法为pdb文件加氢原子?烦劳知道的老师,不吝惜赐教。
附件为下载的pdb文件。

1hbv.pdb

157.81 KB, 下载次数 Times of downloads: 11

淡泊以明志,宁静以致远。

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发表于 Post on 2016-2-3 18:29:52 | 只看该作者 Only view this author
我对这不是很懂,原先用hyperchem画分子结构保存时,似乎总涉及到氢的问题,现在我用它打开你的文件时,似乎都有氢啊,所以,你可以再保存一次,把氢加上。你试一下,不知是否行?

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978142355 + 3 谢谢,你的方法也很好
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-3 19:28:15 | 只看该作者 Only view this author
bomsaude 发表于 2016-2-3 18:29
我对这不是很懂,原先用hyperchem画分子结构保存时,似乎总涉及到氢的问题,现在我用它打开你的文件时,似 ...

确实是可以,谢谢。不过肽面并不是180度,所以还是有一些问题的,不知道这个问题您知不知道能不能有软件可以解决。
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发表于 Post on 2016-2-3 20:51:34 | 只看该作者 Only view this author
gview打开时把这个选上

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-3 22:07:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-2-3 20:51
gview打开时把这个选上

这个方法好使(PS:先前看见论坛里类似的,此功能也试了,但没选yes,以为if presents就可以),不过sob老师,还是同样的问题,肽面的二面角并不是180度,因此,GaussView加的H是不是并不太准确啊?
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发表于 Post on 2016-2-3 22:09:22 | 只看该作者 Only view this author
978142355 发表于 2016-2-3 22:07
这个方法好使(PS:先前看见论坛里类似的,此功能也试了,但没选yes,以为if presents就可以),不过sob ...

如果你的目的是做动力学,到时候一优化自动就平了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-4 10:04:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-2-3 22:09
如果你的目的是做动力学,到时候一优化自动就平了

是的,就是做动力学。谢谢sob老师指导。
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发表于 Post on 2021-7-17 16:23:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-2-3 20:51
gview打开时把这个选上

sob老师 我按照您的方法 选择了YES选项 但是还是没有自动加氢 应该怎么办?

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发表于 Post on 2021-7-17 18:31:20 | 只看该作者 Only view this author
zzxxcc 发表于 2021-7-17 16:23
sob老师 我按照您的方法 选择了YES选项 但是还是没有自动加氢 应该怎么办?

Tools - Atom list,然后Edit - Add hydrogens to all atoms
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发表于 Post on 2021-7-18 09:51:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-17 18:31
Tools - Atom list,然后Edit - Add hydrogens to all atoms

sob 老师,我按照这样来操作,还是没有加上H,该怎么办呢?

202107180950133570..png (147.88 KB, 下载次数 Times of downloads: 57)

202107180950133570..png

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发表于 Post on 2021-7-18 11:17:52 | 只看该作者 Only view this author
可以用药物设计软件(比如MOE、Sybyl、DS等软件)打开pdb,自动加氢、处理残基等问题。

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发表于 Post on 2021-7-18 14:08:45 | 只看该作者 Only view this author
zsu007 发表于 2021-7-18 11:17
可以用药物设计软件(比如MOE、Sybyl、DS等软件)打开pdb,自动加氢、处理残基等问题。

好的 谢谢!  我的mol2格式的文件拖到Gauss View里也是无法自动加氢,也可以用这几种方式来解决吗?

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发表于 Post on 2021-7-18 14:13:53 | 只看该作者 Only view this author
zzxxcc 发表于 2021-7-18 14:08
好的 谢谢!  我的mol2格式的文件拖到Gauss View里也是无法自动加氢,也可以用这几种方式来解决吗?

这些专业软件,都可以解决你面临的问题。

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发表于 Post on 2021-7-18 15:44:05 | 只看该作者 Only view this author
zsu007 发表于 2021-7-18 14:13
这些专业软件,都可以解决你面临的问题。

好的 谢谢!我之前在MS软件里自动加氢后拖进高斯,测量加氢的键长是1.53998,但是我需要的氢键键长是1.47,我应该怎么处理呢?

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发表于 Post on 2021-7-19 02:27:51 | 只看该作者 Only view this author
zzxxcc 发表于 2021-7-18 09:51
sob 老师,我按照这样来操作,还是没有加上H,该怎么办呢?

你这种体系程序根本不知道怎么加氢,什么程序加氢功能都不是万能的、碰见稀奇古怪的体系都能按你希望的方式加氢。只有成键方式普通的有机体系通常各个程序才能正常加氢。
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