怎么通过最小重复单元生成晶胞

14xlliu

大家好，我想请教一下，怎么通过晶胞的最小重复单元生成不同晶胞参数（如晶体边长）的单个晶胞呢？（目的是为了获得小一点的晶胞来进行计算）
如果通过MS的rebuild crystal来修改参数，它们的原子间的键长会相应的增加或减少相应的倍数，而原子个数没发生改变。

zhou

自己写一个，晶胞基矢用原胞基矢线性组合表示，然后对原子位置坐标变换

14xlliu

zhou 发表于 2016-3-31 12:59
自己写一个，晶胞基矢用原胞基矢线性组合表示，然后对原子位置坐标变换

不是很懂，可以详细说明一下吗，谢谢。

zhou

14xlliu 发表于 2016-3-31 16:06
不是很懂，可以详细说明一下吗，谢谢。

不知道你要的是不是这个。晶体中每个原子的笛卡尔坐标可以写成分数坐标乘以晶胞的基矢，换一个晶胞就是换了个基矢，可以通过坐标变换得到新基矢下的分数坐标，取那些坐标小于1的原子就可以了呀。比如面心立方晶体，原胞的基矢是a/2(1,0,1),a/2(1,1,0),a/2(0,1,1)，原子A的分数坐标是(1,0,0)，你想换成基矢是a(1,0,0),a(0,1,0),a(0,0,1)的大晶胞，A的分数坐标就变成(1/2,0,1/2)。

14xlliu

zhou 发表于 2016-3-31 17:38
不知道你要的是不是这个。晶体中每个原子的笛卡尔坐标可以写成分数坐标乘以晶胞的基矢，换一个晶胞就是换 ...

我把晶体结构以mol2格式保存后，用高斯打开获取它的笛卡尔坐标，用cartes转化自己要的相应晶胞边长的分数坐标，把获得的晶胞放在MS上面显示，得出的结构是不合理的。