有机反应能量计算，需要搜索过渡态构象吗

jw227 · 发表于 Post on 2021-8-1 00:32:56

本帖最后由 jw227 于 2021-8-1 00:41 编辑

计算反应能垒，特别是对比反应立体选择性，需要搜索过渡态的构象吗，位置取向不同，得到不同构象过渡态，能量不一样，有差别，而且根据过渡态算出的起始反应物能量也有差别，那么一般画能垒图怎么画，是选择一种过渡态就可以了吗，是要找到全局最小的过渡态吗?如果选多种过渡态，起始产物又有差别，画图连线时，都以0计，忽略差别吗?如果选择一种过渡态，反应的两个反应物取向，和被对比反应的反应物取向，要一致吗?迷惑了，大家一般是怎么做的?
还有反应两步之间需要构象旋转才可发生，这种构象变化需不需要在能垒图上体现出来

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-1 10:20:29

要让能量折线图反映出反映实际发生的主过程。基于这点，从不同构象反应的势垒、反应物不同构象分布比例来判断怎么取
例如，分别计算不同过渡态构象对应的反应势垒，如果相差悬殊因此只有其中一个是主反应通道，取那个。如果势垒相差不大，而对应的反应物自由能相差大，当前反应温度下只有最低的那个占绝大部分比例，应当取反应物自由能最低的那条路径。

至于构象旋转过程，前后的极小点应当在图上体现，如果二者间变化很容易，可以不用给出过渡态、势垒这样的细节

jw227 · 发表于 Post on 2021-8-1 13:10:30

本帖最后由 jw227 于 2021-8-1 13:50 编辑

请问下老师，如果不对比能垒，只对比两个结构是否稳定，是不是只用结构的自由能就可以了,是用deltaG, 还是用G表示呢

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-1 14:41:14

jw227 发表于 2021-8-1 13:10
请问下老师，如果不对比能垒，只对比两个结构是否稳定，是不是只用结构的自由能就可以了,是用deltaG, 还是 ...

自己比较，用哪个都一样，但是放到文章正文里时不要直接把G的绝对数值给出，只有deltaG才有化学意义、才是读者感兴趣的

jw227 · 发表于 Post on 2021-8-1 21:04:55

谢谢老师

jw227 · 发表于 Post on 2021-8-4 15:11:37

本帖最后由 jw227 于 2021-8-4 15:18 编辑

sob老师，我遇到的情况是上一步产物就是下一步反应物，一样的东西，分别通过每步过渡态得出第一步的产物和第二步反应物，竟然相差6kcak/mol,两个化合物结构一样，就是有一个位置角度不同，第一步产物能量低，这种情况，需要列出这种构象转变吗?
另外，两个反应物分别计算再加和,和通过过渡态得到的反应物(由两个反应物组成)相差10kcal/mol,这种情况，在能垒曲线中，需要列出两个态吗?这些细节都列出来，是不是能垒曲线有些赘述，不知道，一般常规是怎么做的?

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-8-4 16:13:43

jw227 发表于 2021-8-4 08:11
sob老师，我遇到的情况是上一步产物就是下一步反应物，一样的东西，分别通过每步过渡态得出第一步的产物和 ...

最好都列出来，尤其是你已经把两个都算出来的情况下

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