判断聚乙二醇修饰的蛋白酶与底物对氧磷结合后的催化速率是否增加应该如何模拟？

YuniJ · 发表于 Post on 2023-12-15 10:27:40

本帖最后由 YuniJ 于 2023-12-23 15:45 编辑

研究问题：和原始OPH与底物结合相比，经过peg（聚乙二醇）修饰后的OPH（蛋白酶）与底物（对氧磷）结合后的催化速率是增加还是降低？
思路：把经过peg修饰后的OPH与底物结合的模拟结果与未经过修饰的OPH在相同条件下与底物结合的模拟结果进行对比
现有结构：聚合度为207的PEG结构（附件1，由薛定谔分子对接软件产生）、OPH单亚基的三维结构（附件2）、对氧磷（附件3，底物）
现有问题：
（1）没有聚乙二醇与OPH结合的结合体结构，不知道该怎么获得
（2）不知道该选择什么样的力场去构建PEG-OPH结合体-对氧磷的体系（如何产生所需要的拓扑文件？）
（3）如果解决了以上两个问题，力场参数该怎么确定？可以使用课程资料中file目录下的默认参数文件吗？（如附件4中的em.mdp）

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-15 21:37:15

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YuniJ · 发表于 Post on 2023-12-16 10:02:58

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sobereva · 发表于 Post on 2023-12-16 23:38:40

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YuniJ · 发表于 Post on 2023-12-17 09:32:08

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YuniJ · 发表于 Post on 2023-12-23 10:13:22

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sobereva · 发表于 Post on 2023-12-24 01:24:58

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YuniJ · 发表于 Post on 2024-3-5 19:00:39

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[GROMACS] 判断聚乙二醇修饰的蛋白酶与底物对氧磷结合后的催化速率是否增加应该如何模拟？