pdb2gmx命令处理p450酶中1JPZ出错

大头攒毛

p450酶中1JPZ，已去掉其中的H20，HEM和N-palmitoylglycine，在执行pdb2gmx中，出现了原子缺失的问题：

问题如下：

OPLS-AA/L：

Fatal error:

Residue 1 named THR of a molecule in the input file was mapped to an entry in the topology database, but the atom OG1 used in that entry is not found in the input file. Perhaps your atom and/or residue naming needs to be fixed

GROMOS96 54A7：

Fatal error:

There were 23 missing atoms in molecule Protein_chain_A, if you want to use this incomplete topology anyhow, use the option -missing

AMBER03：

Fatal error:

Residue 1 named THR of a molecule in the input file was mapped to an entry in the topology database, but the atom CG2 used in that entry is not found in the input file. Perhaps your atom and/or residue naming needs to be fixed.

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麻烦问一下，我该怎么处理这种问题？

sobereva

残基缺重原子，用WHAT IF、pdbfixer等程序补上

大头攒毛

sober老师，我有个疑问，1jpz这个结构是PCSB PDB官网2001年公布的，这么多年过去了，有错误，为什么不及时更新呢？
下面是pdb文件，缺原子的残基挺多的，像这种情况，用程序补上后再计算，还有研究的意义吗？

Frozen-Penguin

大头攒毛 发表于 2022-6-17 16:37
sober老师，我有个疑问，1jpz这个结构是PCSB PDB官网2001年公布的，这么多年过去了，有错误，为什么不及时 ...

PDB数据库里的结构都是通过实验解出来的，由于实验环境的限制（例如X射线晶体衍射要求结晶，冷冻电镜要求冷冻等），观测到的结构很可能是不完整的，PDB文件反映的是实验中观测的结构，所以该缺就缺，不是错误，计算机模拟一般是模拟生理环境下的情况，与实验环境不同，所以应该补上缺失的部分。

大头攒毛

好的，谢谢了