计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 11996|回复 Reply: 13
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[CP2K] 求助:CP2K进行MgAl2O4(111)表面结够优化的参数设置是否合适

[复制链接 Copy URL]

538

帖子

2

威望

2592

eV
积分
3170

Level 5 (御坂)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
本帖最后由 风飞 于 2021-6-16 22:22 编辑

各位老师,     

    我想计算MgAl2O4(111)的缺陷对吸附的影响,于是我想先优化MgAl2O4(111)无缺陷的表面。


    使用Multiwfn获得的输入文件参数如下,想麻烦各位老师看看,参数设置是否合适?

     谢谢!









MgAl2O4-111-3.inp

17.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 55

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125127

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2021-6-16 00:31:25 | 只看该作者 Only view this author
冻结1..144不知道想要做什么,选的不是底层原子。

Z方向真空区没必要那么大,浪费时间

此体系没必要加D3。J. Chem. Theory Comput., 16, 5244 (2020)专门说了D3对于Mg2+、Al3+不合适
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

538

帖子

2

威望

2592

eV
积分
3170

Level 5 (御坂)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-16 13:35:59 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 风飞 于 2021-6-16 19:37 编辑
sobereva 发表于 2021-6-16 00:31
冻结1..144不知道想要做什么,选的不是底层原子。

Z方向真空区没必要那么大,浪费时间

老师,您好,1)我将我的原子安照Z排序后,想固定1-144号底层原子, 重新生成的输入文件输下:
MgAl2O4-111-3.inp (17.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)
2)对于Z轴真空方向,因为我后面要加入吸附分子(甲苯和水),我的真空层设置的是15埃左右,您看可以吗?

3)对于DFT-D3矫正, 因为在算水在表面的吸附构型时(H2O/MgAl2O4(111) ,会加上DFT-D3矫正,所以,我现在也加上了DFT-D3矫正,
     您的意思是说,在计算吸附能的时候,在计算MgAl2O4(111)时,不需要DFT-D3 ,在计算H2O/MgAl2O4(111) 构型时加上DFT-D3时,就可以是吗?



6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125127

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2021-6-17 11:43:03 | 只看该作者 Only view this author
风飞 发表于 2021-6-16 13:35
老师,您好,1)我将我的原子安照Z排序后,想固定1-144号底层原子, 重新生成的输入文件输下:

2)对 ...

2 可以

3 既然算吸附,应当都加
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

538

帖子

2

威望

2592

eV
积分
3170

Level 5 (御坂)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-17 13:46:02 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 风飞 于 2021-6-17 19:33 编辑
sobereva 发表于 2021-6-17 11:43
2 可以

3 既然算吸附,应当都加

老师,您好,对于我的体系, 原子个数在252-270个原子之间(Mg,Al O,C,H ,Ni) ,是否可以算是大体系,而使用LBFGS方法进行结构优化呢?我尝试用BFGS方法对MgAl2O4(111)表面进行结构优化,感觉有些吃力,跑了15h, 跑了94步,能量一直是处于震荡的状态,没有收敛的趋势(如下图所示),一些计算参数设置如下:
OPTIMIZER BFGS
BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH      
POTENTIAL GTH-PBE        
  TYPE DFTD3   
CUTOFF 400      
REL_CUTOFF 55
开了OT ,使用了 outer SCF  

我尝试使用LBFGS方法进行结构优化MgAl2O4(111) ,无DFT+D3, 跑了6h  , 跑了22步收敛,请问如果我的体系必须用BFGS方法进行结构优化,我可以先用LBFGS 方法跑,然后再用BFGS方法跑吗?
此外,有个疑问,我相同的输入文件,不同的服务器,一个是36核并行(E5-2686 v4 @ 2.30GHz),跑出来的能量是-4749.5948365830 ;一个用49核并行(8171M 3.0 GHz),跑出来的能量是-4759.5945961484  采用的都是interl编译器进行编译的, 请问这个合理吗?




6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125127

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2021-6-19 00:29:20 | 只看该作者 Only view this author
风飞 发表于 2021-6-17 13:46
老师,您好,对于我的体系, 原子个数在252-270个原子之间(Mg,Al O,C,H ,Ni) ,是否可以算是大体系, ...

直接用LBFGS的结果就行了,没必要再BFGS搞一次

把收敛限设更严然后再对比一次
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

538

帖子

2

威望

2592

eV
积分
3170

Level 5 (御坂)

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-19 11:15:13 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 风飞 于 2021-6-20 19:52 编辑
sobereva 发表于 2021-6-19 00:29
直接用LBFGS的结果就行了,没必要再BFGS搞一次

把收敛限设更严然后再对比一次

嗯, 好的 谢谢老师,我再去试试
此外,请问,我使用LBFGS方法和以及如下基组赝势进行结构优化 : BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH   ,   POTENTIAL GTH-PBE
得到结构后,为了获得更精确的能量,我是否可以用pop-TZVP进行单点能计算呢?

老师,我尝试这样做了,但是得到的 两者能量分别是:-4750.7521037459 (结构优化)    -35490.99129027304298    (单点计算) ,虽然说比较绝对能量的意义不大,但是这个两个相差太多了,感觉有问题,请问老师您怎么看呢?结构优化

单点计算

此外,是否可以先用LBGS优化,然后用pop-TZVP 进行单点计算获得的波函数,然后利用这个波函数来进行STM分析,如果可以,请问对于这样一个体系在进行STM分析的时候,需要注意什么呢?


202106191533174901..png (18.11 KB, 下载次数 Times of downloads: 27)

202106191533174901..png

538

帖子

2

威望

2592

eV
积分
3170

Level 5 (御坂)

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-19 15:46:09 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 风飞 于 2021-6-20 19:51 编辑
sobereva 发表于 2021-6-19 00:29
直接用LBFGS的结果就行了,没必要再BFGS搞一次

把收敛限设更严然后再对比一次

老师, 您好,为了获得更加精确的能量,我拟打算使用pop-TZVP 进行单点计算,但是计算结果发现,两者能量差异巨大, 虽然比较绝对能量的没有意义,但是感觉差距有些离谱,请问是有什么问题吗?

结构优化时的能量:-4750.7521037459     单点计算得到的能量是:-35490.99129027304298



此外,是否可以先用LBGS优化,然后用pop-TZVP 进行单点计算获得的波函数,然后利用这个波函数来进行STM分析,如果可以,请问对于这样一个体系在进行STM分析的时候,需要注意什么呢?


这两个是一样的,麻烦老师删除其中一个

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125127

管理员

公社社长

9#
发表于 Post on 2021-6-20 17:55:08 | 只看该作者 Only view this author
风飞 发表于 2021-6-19 15:46
老师, 您好,为了获得更加精确的能量,我拟打算使用pop-TZVP 进行单点计算,但是计算结果发现,两者能量 ...

我不知道你说的LBGM是什么

赝势基组和全电子基组的绝对能量数量级必定相差悬殊

STM没什么可注意的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

538

帖子

2

威望

2592

eV
积分
3170

Level 5 (御坂)

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-20 20:02:18 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 风飞 于 2021-6-21 12:39 编辑
sobereva 发表于 2021-6-20 17:55
我不知道你说的LBGM是什么

赝势基组和全电子基组的绝对能量数量级必定相差悬殊

嗯,好的,谢谢老师

我之前说的是使用LBFGS进行结构优化

关于CP2K的计算还有如下疑问

1.老师对于我的体系尺度(252-280个原子), 使用LBGFS方法进行优化, 会不会受到质疑呢? 我看到有些资料显示说BFGS适用于中等体系,而LBFGS适用于大体系


2.如果对于我的体系可以使用LBFGS方法进行优化,对于接下来吸附能的计算,以及接下来的波函数分析,STM分析, 我是使用结构优化索获得的能量和波函数合适呢?还是使用pop-TZVP进行单点能计算所获得能量和波函数进行分析合适呢?








6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125127

管理员

公社社长

11#
发表于 Post on 2021-6-21 00:54:54 | 只看该作者 Only view this author
风飞 发表于 2021-6-20 20:02
嗯,好的,谢谢老师

我之前说的是使用LBGS进行结构优化

注意正确拼写LBFGS

BFGS、LBFGS差异仅在于计算效率,不用对结果质量进行区分。LBFGS本质上是BFGS的省内存的版本

看优化用的什么基组。MOLOPT系列由于带有弥散特征,BSSE问题比pob-TZVP更小,算物理吸附更合适。波函数分析建议用pob-TZVP
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

538

帖子

2

威望

2592

eV
积分
3170

Level 5 (御坂)

12#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-8 21:56:16 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 风飞 于 2021-8-8 21:57 编辑
sobereva 发表于 2021-6-21 00:54
注意正确拼写LBFGS

BFGS、LBFGS差异仅在于计算效率,不用对结果质量进行区分。LBFGS本质上是BFGS的省 ...

老师,您好,
      我现在是MgAl2O4表面加上Ni-Cu团簇,用来评估Cu的引入对甲苯吸附的影响(吸附能,吸附位点,Cu的引入对Ni的电子调节),使用该输入文件如下,跑这样一个体系大概需要16h左右,该输入文件如下,计算结束后,发现也是只有前两个达到收敛限, 请问计算文件的参数设置是否合适?之前您说可以尝试提高收敛限, 目前设置的scf收敛如下: EPS_DEFAULT 1E-12 ;EPS_SCF 1.0E-06  ; CUTOFF 400 ;  REL_CUTOFF 60
MgAl2O4-7Ni2Cu-3T.inp (29.09 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

此外,我尝试用MgAl2O4-Ni8-10H2O 体系跑动力学,其对应动力学输入文件和ener文件如下,尝试了一下,目前每步大概约200s,感觉有些慢(双路8171M),请问该输入文件的参数设置是否合适呢?

MgAl-8Ni-10W-MD.inp (28.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)
MgAl-8Ni-10W-MD-1.ener (77.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125127

管理员

公社社长

13#
发表于 Post on 2021-8-9 19:10:00 | 只看该作者 Only view this author
风飞 发表于 2021-8-8 21:56
老师,您好,
      我现在是MgAl2O4表面加上Ni-Cu团簇,用来评估Cu的引入对甲苯吸附的影响(吸附能,吸 ...

也没什么明显问题。可以把Z方向晶胞尺寸减小些节约时间
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

538

帖子

2

威望

2592

eV
积分
3170

Level 5 (御坂)

14#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-10 15:13:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-8-9 19:10
也没什么明显问题。可以把Z方向晶胞尺寸减小些节约时间

嗯,好的 谢谢老师

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-18 15:16 , Processed in 0.238644 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list