公社群聊Q&A整理：2015.12.21 16 ~ 2015.12.27 21

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2015-12-30 13:16:16

相关概况请阅读：http://bbs.keinsci.com/thread-2022-1-1.html

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2015.12.21 16:25:33
Q:
求教，I元素是不是用6-311g**基组做wfx做不了呢？
A:
y
Q:
我试了很多次都算不了。也不知道哪里的问题
A:
6-311G**没有那么重的元素的定义
Q:
我用lanl2dz算了一下可以算出来，就想着6-311g**基组是不是有问题
那就是说我得换个基组算才可以是吗？
A:
显然
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2015.12.21 16:47:37
Q:
请问老师：VMD中，绘制分子表面静电势图时，怎么修改ESP轴以及原子符号的字体的类型呢？
谢谢老师
A:
那个没法改，除非自行改那个插件的代码，会比较麻烦。自行ps一下就行了
Q:
是ps自己做个ESP轴吗？
A:
还用那个轴，自行标一下文字
Q:
嗯呢好的，怎么让那个轴上的文字不显示呢？
A:
ps抹了就完了
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2015.12.21 16:50:30
Q:
请问我的体系里面有三个一样的分子，要对这三个分子做一个限制，gmx genrestr -f jz4.gro -o posre_jz4.itp -fc 1000 1000 1000
假如使用这个命令的话是用三个jz4分子产生的gro文件还是用一个jz4产生的文件啊？？？
A:
如果你把三个jz4作为一个[molecule]在拓扑文件里定义的，就用三个jz4的gro，否则就用一个jz4的gro
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2015.12.21 16:55:19
Q:
老师您关于nosymm关键词的一文我拿它的内容claim了一下组里的另一人他给我这么回复的，想问问您的意见
[图片]
[图片]
A:
其意见明显不成熟
比如计算个C60，你看开对称性和不开速度差多大。大分子无所谓，小分子，特别是团簇，对称性加速太明显了。
至于坐标轴改变那个，解决方法极简单，读取input orientation就完了
观看Gaussian优化轨迹时避免结构跳变的方法
http://sobereva.com/289
至于妨碍优化极小点，那个也根本不对。初始结构有对称性，即便nosymm往往还是会维持住对称性到不了真正低对称性的极小点。如果初猜刻意去破坏对称性以确保能跑到低对称性极小点，那么开对称性也没坏处，本身不会判断成高对称性
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2015.12.21 17:01:14
Q:
nosymm一文中说到开对称性的两个好处一个是节省时间，一个是不可约表示
如果这俩都无所谓是不是用nosymm也无妨？
嗯，就是有没有坏处的问题
又有这样一段：“Importantly, for example, in H2O, if you really take advantage of SYMM, you need to change the input. The current input XYZ does not have any c2v symmetry, and using SYMM does not do any good.“
A:
不用nosymm才是默认情况
没有要用的理由就不要用
Q:
gaussian默认不是会转换到内坐标来计算吗
A:
怎么可能嘛，根本不需要动输入文件
Q:
嗯我也奇怪这句
A:
几何优化默认在冗余内坐标下优化，单点计算内部是在笛卡尔下实现的
不要理他
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2015.12.21 17:06:34
Q:
[图片]
[图片]
这些狗屁的公司，又在忽悠人
忽悠钱
A:
费用够黑的
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2015.12.21 17:14:17
Q:
请问高斯09做振动分辨的电子光谱时怎样确定某个峰是从哪个电子态向哪个电子态转变呢？例如[图片]
A:
做的时候激发态算的是哪个态自己清楚
Q:
谢谢Sob老师，老师我做的是电离过程的振动分辨的电子光谱，要怎么确定呢？
A:
电离态计算时会输出电子态的不可约表示，和你期望的一致就说明是那个态，如果不一致就调整初猜轨道的对称性
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2015.12.21 17:27:31
Q:
那位大侠，可介绍个搞量化研究的，而且现在还需要招博士的博导不？私聊！先谢谢了！
复旦的徐昕
A:
看兴趣之所在
Q:
我也挺想做纯理论
做纯理论那就是坑爹的节奏
除非你做得很牛。
我不那么认为
我觉得有兴趣就要去做
人只活一次
不要过多在乎别人的看法
毕竟黄泉路上，你是孤独的，学术路上，你也是孤独的
想做纯理论就做吧
我支持你，娃娃
是的，你是你的生活，想怎么做就怎么做，你的世界你做主，我相信同样拥有梦想的人是会支持你的
只有那些自己被世俗腐蚀的人才会讽刺你的追求
谢谢老师
墨老师，别太愤青[表情]
没有愤青，说句实话罢了
我最讨厌看那些所谓的过来人装逼
A:
+1
Q:
其实中国正是这种腐儒才会导致科技退步
每个时代，都是要创新的，没有过来人，未来是不可预测的，所以需要梦想
A:
这符合思想家公社这个名字的初衷
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2015.12.21 17:33:24
Q:
老师，关于《观看Gaussian优化轨迹时避免结构跳变的方法》一文中的内容，您的意思是 gaussian移动到标准坐标进行计算并得到新坐标之后，也同时会对输入坐标也进行相同的变化？
Gaussian每次都在标准坐标上计算，然而同时会输出相应的输入坐标?
A:
对
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2015.12.21 18:14:39
Q:
[图片]对不起sob老师，刚才有点事情，我按你的方法改，发现还是出现L1的问题
A:
　ミン重启
Q:
ok
重启了还是不行
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2015.12.22 03:46:59
Q:
各位有画过NO图的吗？这个一般用什么画呀？
A:
Multiwfn画
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2015.12.22 03:46:59
Q:
各位大神，分子模拟软件是不是只能使用指定的势能？导师让我使用他做的一个势能来跑模拟，不知道哪款分子模拟软件可以实现啊
各位大神，分子模拟软件是不是只能使用指定的势能？导师让我使用他做的一个势能来跑模拟，不知道哪款分子模拟软件可以实现啊[表情][表情]，像平时的MS，DL-POLY,LAMMPS可以实现么
[表情]
A:
那叫势函数不叫势能。有些程序诸如gromacs允许用列表势，把你自己弄的势函数写进去就完了。程序若不支持就得自己改代码
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2015.12.22 03:49:52
Q:
各位大神，计算分子亲和势和电离势时时直接用LUMO和HOMO的负值代替吗？还是垂直电子亲合势：在中性几何构型下阴离子和分子的能量差？哪种方法
高斯软件中
各位大神，高斯软件中
计算分子亲和势和电离势时时直接用LUMO和HOMO的负值代替吗？还是垂直电子亲合势：在中性几何构型下阴离子和分子的能量差？用哪种方法
如果是精确的理论如Full-CI，或者DFT里采用精确泛函，那么你说的前一种方法是准确的。但是我们做不到精确泛函或full-ci，因此homo能量和电离势总会有偏差。这个时候用垂直电离势更合理。
话说当年打cs我也喜欢用你头像这把枪....
A:
Full-CI的时候已经没有轨道的概念了。
用垂直还是绝热电离能，取决于你自己想算什么，跟什么比较
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2015.12.22 03:51:56
Q:
我用molpro进行sapt能量分解，但是开壳层的无法计算。，是需要设置嘛？还是就不适用于开壳层？@Sobereva
A:
不支持开壳层
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2015.12.21 16:36:18
Q:
sob老师，你好。我刚才试用你的molclus软件，已经用genmer生成四个水的traj.xyz,然后运行molclus，但是计算不了isomer.xyz.,是我操作错了吗
[图片]
A:
路径要设g09.exe而非g09w.exe
Q:
我是03的
我试试
好像还是不行
[图片]
A:
设GAUSS_EXEDIR环境变量
[图片]
Q:
[图片]sob老师，昨天我重启后还是L1错误，是不是我哪里设错了
A:
写系统变量里再试
Q:
怎么试呢？
A:
也没准儿g03w本身就不支持这个环境变量，用g09再试
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2015.12.22 08:24:12
Q:
老师，高斯软件中
计算分子亲和势和电离势时时直接用LUMO和HOMO的负值代替吗？@Sobereva
A:
直接计算不就完了，干嘛非要用近似
这是很烂的近似
Q:
好的谢谢老师
是不是算一个中性分子然后再改电荷和多重度再算即可
A:
y
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2015.12.22 08:50:21
Q:
用parafit生成小分子的力场参数，要对小分子的各种构象进行单点量化计算，计算方法和基组最少应该采用什么级别以上的？
教程上是b3lyp/6-31G*
A:
这个级别是最小可接受级别
如果计算能力充裕，鼓励用M062X/TZVP
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2015.12.22 09:01:14
Q:
在linux下可以直接读取里面的数据吧
A:
[图片]
Q:
freqchk xxx.chk
A:
freqchk是计算不同温度、压力、同位素设定下的热力学量的
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2015.12.22 09:02:07
Q:
请问老师，multiwfn能不能预测晶胞结构和相关参数？
A:
如果是有机分子晶体，可以通过定量分子表面分析计算基于静电势的分子表面描述符，根据一定经验公式（politzer他们提出过不少）来预测晶体密度
Q:
空间点群之类的能不能预测啊？
A:
不能
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2015.12.22 09:19:36
Q:
sob老师，用formchk功能转换的chk文件才可以作为multiwfn的输入文件算电荷密度对吗？@Sobereva
A:
否
支持的格式多的是
fch,wfn,wfx,molden等等
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
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2015.12.22 09:20:28
Q:
各位老师哦哈哟~我做了三戊胺和氟代三戊胺的电性比较。charge方面，三戊胺和氟代三戊胺中N的原子电荷都是最负的。但是potential方面三戊胺的minima在N附近，而氟代三戊胺的maxima在N附近。这两个结果是矛盾么？该怎么理解啊。
能否理解为三戊胺的是亲核试剂，而氟代三戊胺就变成了亲电试剂了呢
A:
Woo 不要光看是极大还是极小点，要看数值。很负的区域也会有极大点
要结合静电势图一起分析
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2015.12.22 09:21:52
Q:
one more question。。用HF/STO-3G算出来的结构能够作为参考标准么，文章中能用么~
A:
一定会被喷
秒拒
放30年前可以用
所以搞量化研究的不要干那种拼计算量的事
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2015.12.22 09:37:19
Q:
请问下各位大神，什么软件可以计算质谱？
A:
http://occam.chemres.hu/programs/
这里有个MNDO-MS可以看看
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2015.12.22 09:46:50
Q:
做个单点计算，还没结束，log文件尾部出现这样的消息，
EnCoef did 100 forward-backward iterations
Rare condition: small coef for last iteration: 0.116D-14
EnCoef did 100 forward-backward iterations
Restarting incremental Fock formation.
EnCoef did 17 forward-backward iterations
这表示啥？
A:
用#P监控迭代过程
这些不好判断
但肯定已经好几十圈了，碰上难收敛状况
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2015.12.22 10:29:33
Q:
Cycle 23 Pass 0 IDiag 1:
RMSU= 1.18D-03 CP: 9.97D-01 3.84D-02 1.96D-01
E= -4133.94324205206 Delta-E= -3.230198440981 Rises=F Damp=F
DIIS: error= 2.23D-02 at cycle 4 NSaved= 4.
NSaved= 4 IEnMin= 1 EnMin= -4134.77908393016 IErMin= 1 ErrMin= 4.31D-03
ErrMax= 2.23D-02 EMaxC= 1.00D-01 BMatC= 3.80D-01 BMatP= 1.75D-02
IDIUse=2 WtCom= 0.00D+00 WtEn= 1.00D+00
Coeff-En: 0.812D+00 0.000D+00 0.000D+00 0.188D+00
Coeff: 0.812D+00 0.000D+00 0.000D+00 0.188D+00
Gap= 0.028 Goal= None Shift= 0.000
RMSDP=7.92D-04 MaxDP=9.99D-02 DE=-3.23D+00 OVMax= 2.25D-01
==================
log文件的最后，这象是不收敛的样子吗？
A:
收敛无望
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2015.12.22 10:30:38
Q:
请问各位老师高斯09计算振动分辨的电子光谱时计算[图片]，使用的是[图片]图中的那个数据呢？
A:
不一码事
Q:
Sob老师，图中的J K不是[图片]公式中的J K是这样吗？
A:
你这算的是非谐振吧？
Q:
咨询一下老师，这个exciplex的计算，比如说优化，计算UV谱，还有荧光发射谱，一般用什么样的泛函比较好？我看了sob老师的激发态的计算方法：cam-b3lyp，m062x，wb97xd？谢谢老师指点
A:
后两个都可以
Q:
Sob老师是的
A:
不是同一个问题，毫无直接联系，此J非彼J
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2015.12.22 10:34:22
Q:
sob老师，请教一下通过分子模拟可以获取溶液体系的弛豫时间吗？
A:
应该可以
Q:
那用哪个软件可以实现呢？
A:
动力学部分用哪个跑都行
诸如gmx、NAMD、amber
Q:
我用gromacs跑了，但是不知道怎么入手计算弛豫时间
A:
先找公式，没现成的工具就自己写脚本
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2015.12.22 10:35:16
Q:
[表情]Gaussian 客服回复我关于频繁的在优化后出现虚频的问题了，说是D3-BJ的Hessian不准的Bug导致的，应当换用D3！
竟然是这个问题。。。
A:
记得以前讨论过啊
D3(BJ)本身没有精确二阶导数
Q:
[表情]
freq不宜用D3BJ，所以一般的opt+freq都使用D3，算单点性质的任务时再用D3BJ吗？
A:
可
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2015.12.22 10:38:45
Q:
求ChemBioDraw14 Ultra
[表情]真是Ultra Large
A:
以后干脆把大字号也记违规
Q:
记个半次。。
A:
求scihub两次踢
说好吧三次踢
大字号4次踢
Q:
群里规定多大的字号呀
A:
看群共享群规！！！！！！！！！！！！！！11
或者12分吧，scihub一次6分，好吧一次4分，大字号一次3分
Q:
[图片] 【传说】Sobereva 分享文件 10:47:17
"思想家公社群规章制度（2015-Dec-22）.txt" 下载
A:
更新了群规，现实行记分制度
Q:
老师应该把群规放在申请问题里
要他们看看
A:
得拉，不会是自发的
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2015.12.22 10:46:46
Q:
sob老师，您好，有没有基于gview和gauss计算ECD的例子，谢谢哈
A:
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
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2015.12.22 11:01:41
Q:
请问我在用TD-B3LYP优化S1构型时，加对称性出现虚频不加对称性的时候优化中老出错有什么好的解决办法没
[图片]这是命令
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
----------------------------------------------------
2015.12.22 11:07:55
Q:
请教各位，我计算单点能，[图片]，出现了这样的错误，[图片]，是什么原因？谢谢各位。
A:
对95号原子D3校正没有定义
scf后面那坨完全是多余的
Q:
多谢老师
那我要怎样对95号原子D3校正进行定义呢？
A:
没法弄
甭用D3就完了，非要考虑色散作用改用M062X
或者MP2之类，虽然不划算
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2015.12.22 11:11:47
Q:
sob老师，谢谢，我现在还不会用gauss计算ECD，想从一个例子算起，有什么例子参考吗
A:
Sobereva(190258442) 10:46:47
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
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2015.12.22 11:13:36
Q:
请问老师，SDD基组对Eu配合物优化合适么？
A:
合适
----------------------------------------------------
2015.12.22 11:14:09
Q:
sob老师，刚才在g09的机子上试了下，显示 running gaussian.... 是不是说它已经正常工作，在计算中了啊？
A:
y
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2015.12.22 11:30:51
Q:
sob老师，我如何从Multiwfn读取gaussian09的log文件，来看红外那些光谱呢@Sobereva
[图片]看您的这个贴子，说是可以直接读取
A:
对啊
一开始载入out/log文件就完了，follow例子
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2015.12.22 11:39:59
Q:
Sobereva老师，在服务器上提交任务时，chk文件的路径应该怎么写呢，如果只写%chk=XX.chk就能正常计算，但如果把详细路径比如%chk=D:\xx\xx\3im.chk这种形式就提示输入有错，那chk文件的路径应该怎么输呢
A:
这是windows下路径啊[图片]
----------------------------------------------------
2015.12.22 12:15:08
Q:
老师我是一个博一新手我有个问题想请教一下大家[图片][图片]这是我的NBO轨道分析的out文件以及在搞死中打开的结果，用开壳层算的，后一张图是alpha Mo的94号轨道的构成，前一张左边和右边分别是alpha和beta Mo的电子占据情况，我想问一下开壳层算的话是不是可以单独看alpha Mo或者Beta Mo的94号轨道构成，但是从我的out文件上看的话貌似只看一个轨道结果并未成键，因为我这个NBO轨道分析的目的就是想看HOMO轨道上的电子来自体系的哪个原子的哪个轨道，并且HOMO轨道是两个成对自旋方向相反的电子占据的
A:
你第一张图输出的是对应孤对电子的NBO的信息，跟你讨论MO根本联系不到一起去
怎么计算MO的各个原子轨道的贡献看此文，用Multiwfn算
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
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2015.12.22 12:24:44
Q:
请教sob老师看氧原子的lone pair对 O-H反键轨道的贡献在NBO应该怎么看？
A:
如果是指对它对反键MO贡献，就是按博文里的方法
如果是指对反键NBO的贡献，没法考察，因为LP本身就是NBO之一，NBO彼此是正交的
----------------------------------------------------
2015.12.22 12:31:32
Q:
[图片]老师，计算出现这个警告是怎么回事@Sobereva
A:
无视
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2015.12.22 12:39:48
Q:
Gaussian里四个Yes的那个均方根位移和受力，应该是取最后几次优化的位移和受力做的吧？默认是取了几个点呢？
唔
优化过程收敛判断
我再想想
是一个点上所有原子受力/位移的均方根？
A:
是的
Q:
嗯一开始想成了判断最后几个点之间差值的均方根
不过再一想freq在单点也有四个yes的输出嘛（。
A:
freq也会计算受力，显然有
freq之后的位移是根据精确Hessian按照牛顿法得到的
Q:
精确Hessian的计算很耗时，这个耗时比单点能计算一般能多几倍？
A:
跟体系、方法有关系。越高级后HF方法越恐怖，哪怕是解析Hessian
----------------------------------------------------
2015.12.22 14:13:39
Q:
在g09可以直接用wB97XD关键词使用之
请问，适用于各个版本的Gaussian 09吗？
A:
印象中是
----------------------------------------------------
2015.12.22 14:25:03
Q:
嗯嗯，那应该如何客观明确的把HF和DFT区分？
WFT和DFT嘛
What is WFT？波函数泛函？
A:
wavefunction theory
----------------------------------------------------
2015.12.22 14:33:45
Q:
什么计算中最好考虑标量的相对论效应，也就是用int=DKH2？？？
以及搭配这种基组
Sapporo-DKH3-DZP-2012 for Au/Ag, cc-pVDZ-DK for S/C/N/H without diffuse
A:
一般用赝势就够了
如果非要表现内层电子，或者想结果更精确，就这么考虑标量相对论
Q:
好像在L302待了很久才进入L502
不过使用了全电子基组，那原则上可以讨论很内层的占据轨道吧
A:
对
----------------------------------------------------
2015.12.22 15:36:15
Q:
各位老师，请教一下，如何能模拟或计算配合物与DNA的相互作用，autodock可以，不过说服力好像不够吧，万分感谢[表情]
A:
做动力学
----------------------------------------------------
2015.12.22 15:44:07
Q:
“如果搜索的过渡态出现多个负本征值，可根据适当的虚频（高斯中以负数频率表示）振动方向调整结构以降低能量，直至剩下一个虚频，再重新优化。”请问这个能不能对两个或三个虚频的结果来做，以获得只剩一个虚频的结果？
这方法没用
（很大比例的情况下）
[表情]那句话在老师博文“过渡态、反应路径的计算方法及相关问题”里碰巧看到，想着要不要试一下。。
http://sobereva.com/44
[图片]
A:
无视掉
只是列举一下，并不推荐用
Q:
好的~
A:
int=ultrafine
Q:
请问calcall所谓的耗时长，除了计算一次的时间长，会不会也包括要计算的次数比较多？因为我用calcall解决两个虚频的时，陆续算了四次的结果都是两个虚频，而且total energy 和 RMS gradient norm震荡得很厉害。收敛判断标准前两项早已YES，后两项的数值变化不大。
A:
只会比不用calcall收敛所需步数更少，若有反例也是巧合
----------------------------------------------------
2015.12.22 16:00:07
Q:
请问，aimall 怎么计算原子的体积？
A:
使用Multiwfn做电子密度、ELF、静电势、密度差等函数的盆分析
http://sobereva.com/179
[图片]
----------------------------------------------------
2015.12.22 16:22:54
Q:
Opt(ts,noeigentest,internal,maxcyc=100,calcall)，没有用verytight
蛤？internal是干啥的，没见过
我也没见过internal的解释耶。。囧。
不要用不知道啥意思的关键词
A:
不知道干嘛的关键词别乱加
----------------------------------------------------
2015.12.22 16:34:58
Q:
我以前安装gromacs遇到过，libc.so.6版本不够问题
A:
就是系统太老
----------------------------------------------------
2015.12.22 16:54:03
Q:
群里的MD大神们？我想知道OPLS力场是专门给蛋白质准备的么
烃类的有么？
A:
蛋白质、烷烃、有机小分子都有
----------------------------------------------------
2015.12.22 17:27:17
Q:
各位大神，为什么我在用DFT/B3LYP/6-31G（d）计算CO2的opt+freq时，总是出现错误#2070，我先用小机组优化过了构型，还是不行呢
诚心请教
以前是B版，换成A版就好很多了，刚刚算CO2又出现了
输入?输出？
然后怎么办
%chk=D:\gussinsoftware\case\1\CO2-15-5.chk
-----------------------------
# opt freq b3lyp/6-31g nosymm
-----------------------------
1/14=-1,18=20,19=15,26=3,38=1/1,3;
2/9=110,12=2,15=1,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=1,6=6,11=2,16=1,25=1,30=1,71=1,74=-5/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
7/30=1/1,2,3,16;
1/14=-1,18=20,19=15/3(2);
2/9=110,15=1/2;
99//99;
2/9=110,15=1/2;
3/5=1,6=6,11=2,16=1,25=1,30=1,71=1,74=-5/1,2,3;
4/5=5,16=3/1;
5/5=2,38=5/2;
7/30=1/1,2,3,16;
1/14=-1,18=20,19=15/3(-5);
2/9=110,15=1/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,19=2,28=1/1;
99/9=1/99;
---
[图片]
再上面没了
输入很简单的
A:
[图片]
Q:
[图片]
输入
就是初学者嘛
[表情]
A:
把初始结构弯曲一定角度再优化
Q:
[图片]
CO2不是线性分子吗
老师
A:
你这是阴离子！
Q:
对哦
是阴离子
A:
用这个，什么毛病都没有
# opt freq b3lyp/6-31g(d)
[略]
C -1.41744600 -0.22471900 0.35569200
O -0.15904600 -0.22471900 0.05569200
O -2.67584600 -0.22471900 0.05569200
[图片]
Q:
对对对
跪了
老师好厉害
老师，你在改变角度时一定要在输入文件里写坐标吗？还是可以在GV界面改
A:
随便搞搞就完了
破坏直线即可
----------------------------------------------------
2015.12.22 19:46:47
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
M062X/6-311G** opt freq就足够了
其它关键词都是垃圾
----------------------------------------------------
2015.12.22 19:47:14
Q:
哦原来这样
我也有问题要问
[图片]为什么我算的结构最后总是这个样子死掉，就是优化结束了，开始算频率就这样子死掉了，各位老师问帮忙看下谢谢。
那是怎么回事？？
对啊
但服务器上就弹出来了，不算了
优化完事了，开始算频率就不算了
那是什么问题呢？我要怎么办？谢谢
有的
但是时间还没有到，他就停止了
那我就是没有办法是吗
但是我又采用别的服务器，还是这样子停掉了
[图片]
这个样子
不用也试过了，也这样，
A:
其它关键词都是垃圾
Q:
我现在是用各种方法，各种基组计算，希望做个比较，
其实这样的情况有时候是可以一直正常结束，感觉像凭运气一样
A:
根本就没比的必要，aug-cc-pVDZ明显不适合DFT
Q:
你的意思是我在我得命令里加
A:
明确地告诉你，频率计算，用6-311G**就已经饱和了
加一坨弥散函数纯属白浪费时间
----------------------------------------------------
2015.12.23 07:52:16
A:
exploring有第三版了，貌似增加了不少东西，ONIOM、ROA/VCD谱、非谐振等等都加进去了
Q:
赞赞赞．．．
A:
[图片]
Q:
盼电子版
同盼....
A:
但没有周期性、极化率、从头算动力学
居然有构象搜索，不知道想怎么搞，估计9成就是做个多维柔性扫描
Q:
那是不是只能在半经验水平或者力场？
A:
肯定局限性很大。肯定灵活程度、便利性会比用gentor+molclus差得多
半经验有时候会漏掉一些微妙的极小点，该用DFT搜索还得用DFT
----------------------------------------------------
2015.12.23 08:44:27
Q:
Spartan里的构象搜索不用预先选择二面角，原理上是如何做到的[表情]
A:
我没试过，应该是自动判断哪些二面角是可旋转的
不过还是自己指定好，否则不放心
而且多一个耗时就增加一个数量级
----------------------------------------------------
2015.12.23 08:54:52
Q:
G09 Rev E.01 is released. See www.gaussian.com
what's new？
哈，我正在看呢
正准备往论坛上贴
十分有限
[图片]
[图片]
[图片]
A:
没什么有用的改进，唯一有意义的也就是支持了AVX指令集，计算能快点
有两点bug fix有意义
Opt=MaxCyc=N now works correctly when N was larger than the default limit of 6 x number-of-atoms.
Frequencies using GD3BJ dispersion are now correct. Frequencies for other variants of Grimme D3 dispersion were correct in
D.01 unless atoms having coordination numbers of 8 or more were involved.
Q:
[图片]昨天刚明确知道这回事今天就被改过来了
GD3BJ
A:
没什么新功能，看来都憋着到G16才放出来
Q:
opt=maxcyc=N 原来有什么问题？
A:
原先是如果把maxcyc设得很大，那么不是你实际设的值，而是限制在6*原子数
虽然一般不是问题，但是优化一些原子数很少的，最终结构偏离其实结构较远的体系，这个就不太好了
----------------------------------------------------
2015.12.23 09:11:55
Q:
[图片]
sob老师，图片的横坐标表示什么呀
A:
原子序号
Q:
我看了一下，好像不是对应的
A:
就是对应的
氢没算在里面
Q:
哦哦
老师，那个分子结构怎么在图片里显示
A:
ps
Q:
[图片]
[图片]
这个图怎么看哪个片段的贡献，老师
A:
这么点分子用那个图没意义
Q:
只适合大分子分析呀
谁是明明
[表情]
A:
对照编号和图形一看就知道了涉及的是哪个原子了
----------------------------------------------------
2015.12.23 09:59:41
Q:
老师 BLA值体现的分子的离域程度，那么 BLA值能反映分子的共轭程度吗？
A:
电子在某个环上离域越充分、均匀，就说这个环共轭程度越高
----------------------------------------------------
2015.12.23 10:11:44
Q:
各位大神，如果要查分子的电离能和亲和能，到哪个数据库查比较好
A:
NIST
----------------------------------------------------
2015.12.23 10:15:32
Q:
查！
不行我要去翻一下Sob那张动图存起来
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.12.23 10:22:07
Q:
请问下大家，我照着sob大神的绘制RDG的帖子教程学习的时候，自己计算两个水分子的弱相互作用RDG时候绘制ρ(r) vs. RDG的散点图时候总是无法出现spike 但是在RDG图中能看到RDG的等值面图，可是显示的是绿色感觉不是氢键作用了。我自己尝试把网格扩展数减少使用高质量网格并且在3,4号原子之间的中心距离为原点建立，力求最精细的网格覆盖弱相互作用区，但还是不行，请求大家的帮助谢谢啦附上自己做的图
[图片]
A:
必须用VMD才能正确显示等值面颜色。
multiwfn里只能显示等值面
Q:
[图片]
嗯嗯，谢谢sob大神
还想问下这个图没有spike
我可能还错在什么地方了么？
A:
横坐标必须选sign(lambda2)rho，不能选rho
选择函数时候选15,13
Q:
[图片]
嗯嗯，我还想问下，教程这个1,13 不是做出来这个spike了么？
还是说以后昨天要出现spike都要用15,13的函数
谢谢sob大神
A:
要把文章度完整
这只是帮助你了解原理才说那些
问之前必须读完整
图省事就直接看手册4.100.1节的例子
----------------------------------------------------
2015.12.23 10:55:19
Q:
请教各位老师，gromacs里要怎么把一个组分的分子质心作为索引啊
A:
索引只能是原子
Q:
谢谢老师，那是应该在top文件里就把想索引的原子改成一个不一样的名字，然后再去索引？
A:
索引文件里你指定的是原子序号，不是原子类型或原子名
----------------------------------------------------
2015.12.23 11:09:04
Q:
能不能用Multiwfn做UV-Vis图的时候左侧坐标显示振子强度呢？
A:
不能。只能在右侧显示。除非导出数据再用origin作图
----------------------------------------------------
2015.12.23 11:11:07
Q:
我说个她的例子。
有一次，我去倒开水，开水机在她的座位旁边。我不小心把倒了一点水在她衣服上。你猜她怎么说？
她说，师兄，你把人家搞湿了，你可要娶人家哦。
A:
二次元台词
----------------------------------------------------
2015.12.23 11:13:21
Q:
请问实验文章中说跃迁属于1A1g到1T1g的跃迁在量化计算光谱中怎样看对称性啊
A:
输出文件里就有
----------------------------------------------------
2015.12.23 11:16:43
Q:
对于自由基的优化，频率计算的话也要没有虚频么
A:
y
----------------------------------------------------
2015.12.23 11:21:45
Q:
[图片] 请问波函数这个单词应该怎么写？
A:
wavefunction
Q:
哈哈哈我刚刚也在郁闷别人给我的改稿
A:
无所谓
[图片]
Q:
把我的in contrast全改成by contrast 把affinity to 全改成了affinity for....看着密密麻麻挺热闹其实都不能用哈哈哈
A:
都对，不同期刊会看到两种都有
----------------------------------------------------
2015.12.23 11:25:14
Q:
老师，我想算一个分子氘代后的频率。怎么写输入文件？
A:
那个氢写H(iso=2)
----------------------------------------------------
2015.12.23 11:28:53
Q:
麻烦问一下：我在找一个TS出现了很多虚频，但第一个是我想要的，大家怎么处理？
[图片]
谢谢了
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
----------------------------------------------------
2015.12.23 11:37:26
Q:
请问，液相下的nbo命令和气相的是一样的吗？
A:
一样
Q:
scrf能显著影响nbo分析的结果？
能不能？
A:
甚微
但强极性溶剂下差异是可以察觉的，尤其是NPA电荷分布上
Q:
那这样的话用气相下的nbo命令直接复制到液相下的结构中，进行计算就行了？
A:
这类问题自己一试就知道
----------------------------------------------------
2015.12.23 11:43:44
Q:
[图片]请问图中的A和T是哪个对称性下的表示，还有就是1g和2g怎么判断，用TDDFT算光谱输出文件能看出这样的归属吗
我自己优化的结构是C1对称性的态的归属不都是A吗 T从何而来
A:
本来就没T
Q:
老师文献中的T指的啥意思啊不太明白
A:
哪个T？先确认和文献有可比性
Q:
[图片]这实验文献归属的有T
A:
人家有对称性
你用的结构没对称性当然不可能有这些玩意儿
Q:
我以为是分子不可约表示里面的找了半天资料也没找到T表示的激发态这里的T不应该是三态吧
A:
几重态是标在左上角那个
----------------------------------------------------
2015.12.23 12:27:29
Q:
群主是在北理工（中关村）？
A:
否
----------------------------------------------------
2015.12.23 12:40:55
Q:
[图片] 请教sob老师，这样的参数设置，优化多少步还没有找到最低点就会停止？
A:
输出文件中直接就看到xx of out yyy，yyy就是默认的步数上限
Q:
好的，谢谢各位老师
A:
原子数越多默认的步数上限就越大
Q:
好，那优化到108步就不算多了？我之前算的差不多的结构基本都是60多步就完了
A:
个别情况calcall还是会震荡，结合maxstep能解决
Q:
[图片]这个趋势，末尾是这样的趋势[图片]，sob老师，这个看起来是不是还要优化很久
[表情]
谢谢这位老师指教[表情]
A:
没出现震荡就别把步长上限改得那么小
震荡后改成3~5
Q:
好的，那我现在是不是可以停掉，这平稳的构型基础上把步长改大一些再重新算
明白了
谢谢大家
A:
不用改大，就用默认
----------------------------------------------------
2015.12.23 13:03:18
Q:
我用的就是默认值，没改，直接回车的
isostat出错
A:
什么乱七八糟
完全没有信息量
Q:
[图片]
A:
文件传上来
传图干嘛？输入文件
isomer.xyz文件必须是molclus产生的，要从里面注释部分读能量。你直接提供一个VMD产生的xyz文件，能量信息都没有，isostat当然不能分析
----------------------------------------------------
2015.12.23 14:19:04
Q:
请问，今年寒假有培训班吗，培训的内容是什么？？
A:
没有
----------------------------------------------------
2015.12.23 14:52:02
Q:
[图片]各位老师~请问我想算EPR的话我的命令行该怎么写，
是：# m062x/aug-cc-pvdz Density EPR这样吗？
A:
density是多余的
EPR也不需要写，开壳层体系默认就输出那些东西
Q:
多谢老师~直接在out文件中就能查看是吧？
A:
对
----------------------------------------------------
2015.12.23 15:05:47
Q:
sob老师，扫面9个二面角，20度为间隔，为啥是1296个异构体呢[图片]
A:
实际优化出来就是这么多个唯一的结构
实际算完了才知道，事先不知道
Q:
20度一扫面。一个二面角不是可以优化出来18个结构吗
1286是再怎么计算出来的呢
A:
这些初猜结构当中有大量优化完了收敛到相同结构
----------------------------------------------------
2015.12.23 15:10:58
Q:
sob老师，multiwfn能设置生成某些特定原子间的临界点吗
A:
可以
初猜点设定在两个原子之间，或者批量搜索完再把多余的临界点删掉
----------------------------------------------------
2015.12.23 15:11:19
Q:
[图片]Sob老师这是Q' = JQ″ + K，中的K值,为什么是负数呢？
A:
本来就没要求必须正值
----------------------------------------------------
2015.12.23 16:26:15
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
Q:
大家好，我现在根据Multiwfn计算mayer键级，请问那组数据是我应该要的呢[图片][图片]
[图片]，我想看两个原子之间的键级的主要轨道成分，这是输出结果，请问这个轨道可以从哪里看
有哪位大神可以解释我的困惑吗，第一次接触键级，谢谢啦
A:
显然是第一张图最右面的
你先把手册里的例子好好看了，仔细领会
轨道在主功能0里看
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
Q:
谢谢老师的解答，请问老师没有成键的两个原子是不是就不能计算他们的键级，因为我想研究弱相互作用
A:
弱相互作用没法靠键级来考察，能用的方法都在这里
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
数值太小的，低于默认阈值的没显示出来而已
Q:
老师，我看的就是您的这篇文章，我看到[图片]，所以我以为可以
因为我研究的是卤素
A:
真是那么强的相互作用，有明显共价性，就自然高于阈值而显示出来了
PS：阈值是自己设的，设0就都会显示
Q:
好的，请问在手册里面有关于设置阈值的介绍吗
A:
阈值标得很明确
[图片]
改settings.ini
[图片]
----------------------------------------------------
2015.12.23 16:26:15
Q:
[图片]sob老师，这个x,y,z从哪里找到
A:
根据两个原子坐标，估出中点坐标
----------------------------------------------------
2015.12.23 16:26:44
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
不懂的先去看手册，Multiwfn手册超级详细，凝聚了开发者无数心血
----------------------------------------------------
2015.12.23 16:37:50
Q:
请问老师，Multiwfn能画EPR图吗
A:
不能
----------------------------------------------------
2015.12.23 17:23:53
Q:
老师老师怎么把[图片]这些数据以X和Y的形式导入到origin里面？@乖娃娃恶意卖萌
A:
把multiwfn产生的文本文件直接往origin里一拖就完了
----------------------------------------------------
2015.12.23 17:56:17
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
Q:
老师我弱弱的问一下，我想看最高占据轨道上的原子轨道构成，我在multiwfn结果中分析发现[图片][图片]第94号alpha和第188号beta轨道能量最高可看做HOMO轨道么？如果是这样的话我之后想看那个原子轨道对其贡献是不是通过8号calculate atom and fragment contributions by Hirshfeld method就可以了呢？可是我看您这篇帖子上这段[图片]假设按照帖子中说的选中O1想看看氧原子对某个轨道的贡献为什么这里要选1-5号MO呢？是因为氧原子轨道完全被占满时是5个轨道么？那么对于我的这个情况来说，我想看第94号轨道的原子贡献我该怎么看呢？
麻烦大家了，我的问题可能会有点弱智因为刚开始做这部分分析，不好意思
A:
Hirshfeld只能考察原子的贡献，没法考察原子轨道的贡献
这里选1-5当然只是为了示例
举一反三
Q:
Dear Prof. Ilaria Ciofini & Prof. Carlo Adamo:
这样写可以吗？
[图片]哦，老师那我这个结果是不是只是说明在94号轨道上我选的这个原子占45.909%如果想看具体原子轨道信息是不是我去看我的out文件中原子轨道成键构成就行呢？
A:
可
Q:
谢谢Sob！
A:
看原子轨道的贡献用NAO方法，或者Mulliken、SCPA方法
从out文件里没法看
博文里都有说明
手册4.8节也有一堆例子
----------------------------------------------------
2015.12.23 17:56:34
Q:
请问：给审稿意见的编辑名字是：Ilaria Ciofini & Carlo Adamo，是不是两个人的名字呀？
写修改稿的Coverletter时，开头怎么写呀？
是Dear Prof. Ilaria Ciofini & Prof. Carlo Adamo:
还是Dear Prof. Ilaria Ciofini & Carlo Adamo:？
请问：给审稿意见的编辑名字是：Ilaria Ciofini & Carlo Adamo，是不是两个人的名字呀？
写修改稿的Coverletter时，开头怎么写呀？
是Dear Prof. Ilaria Ciofini & Prof. Carlo Adamo:
还是Dear Prof. Ilaria Ciofini & Carlo Adamo:？
A:
显然是两个人
纠结这个无意义，无所谓
----------------------------------------------------
2015.12.23 18:13:16
Q:
请教一下 TZVP基组带弥散和极化吗相当于6-311系列中的哪个基组谢谢
A:
带极化不带弥散
[图片]
Q:
多谢
请问对于花菁体系做基态构型优化的时候需要加弥散吗
[图片]像这样的结构
A:
不需要
----------------------------------------------------
2015.12.23 18:26:29
Q:
那cc-pVnz-DK又是否带极化？
A:
带
dunning系列没有不带极化的
因为初衷就是给电子相关计算考虑的，电子相关计算没极化函数等于白算
----------------------------------------------------
2015.12.23 18:35:31
Q:
.fch 和.fchk multiwfn 都认的把？有些分析需要.out 那么在linux下 .log是不是不需要改拓展名直接上也可以呢？
A:
y
y
Q:
老师一般量化计算比较异构体的能量相对高低用
[图片] 下面那个E(thermal0
吗？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.12.23 19:11:22
Q:
sob老师，请问Charge Displacement analysis是不是可以用Multiwfn做？
A:
是
Q:
[图片]
A:
手册4.13.6节
----------------------------------------------------
2015.12.23 19:20:18
Q:
mopac2012优化卡宾和二价铜配位的结构，铜远离了有机部分，这是为什么？
A:
方法不合适
RM1和PM7也都不灵就别指望半经验了
Q:
我用的是PM6-D3H4
难道就没有合适的方法？？
A:
Sobereva(190258442) 19:21:38
RM1和PM7也都不灵就别指望半经验了
----------------------------------------------------
2015.12.24 05:23:37
Q:
老师：您好！在您的帖子“通过Multiwfn绘制等化学屏蔽表面(ICSS)研究芳香性”中，您说“G09 D.01对于研究ICSS几乎没法用，需要用G09 B.01“，请问在哪里可以下载到”G09 B.01“我刚刚百度了一下，都是最新版的D.01 谢谢！
A:
G09 D.01也可以用，但必须加上guess=huckel。手册里提了
----------------------------------------------------
2015.12.24 05:23:37
Q:
请问Gaussian 09 A.02能否直接调用LanL2Tz？？？
A:
都不能直接用lanl2TZ
----------------------------------------------------
2015.12.24 07:48:05
Q:
老师，有范德瓦尔斯力的分子，计算结合能的时候是不是要考虑什么修正呢？
A:
完全无法表现（如B3LYP）或无法很好表现（如mPWPW91、PBE）色散作用的泛函此时必须加色散校正
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
----------------------------------------------------
2015.12.24 09:47:34
Q:
请问multiwfn可以进行energy decomposition analysis么？
http://sobereva.com/252
A:
看此文第10节
----------------------------------------------------
2015.12.24 10:04:06
Q:
elsevier的期刊收版面费么，怎么在官网上查看呢？
请教大家一个问题，
求解答
A:
仔细看网页，没写收费就不收
----------------------------------------------------
2015.12.24 10:12:59
Q:
请教各位，epub文件大家都用什么软件打开？我用adobe digital edtions打开有两个问题，1翻页有问题，一点下一页直接转到下一节了。2，公式显示错误math processing error。怎么解决？
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2416
----------------------------------------------------
2015.12.24 10:14:39
Q:
请教一下，在gromacs里做rdf时，如果选择gromacs按分子类型自动分的组，那它分析的时候距离是用什么做标准？
是各个分子的中心吗还是？
A:
若计算B在A附近的rdf，会计算所有B在每个A附近的rdf然后取平均
----------------------------------------------------
2015.12.24 10:45:21
Q:
[图片]想问大神们一个问题，这个关于BSSE矫正问题的地方，为什么在填写总电荷和总自旋那个地方片段1 的电荷+片段2的电荷不等于总电荷？
谢谢大家了
网上看了一些帖子也有人不明白这点，希望不吝赐教啊
A:
甭管那个例子，实际该怎么写就怎么写，那只是示意可以那么写
此例是水二聚体，都应当为0 1
Q:
嗯嗯，其实如果我做一个带一个负电荷的阴离子和一个带一个正电荷的阳离子之间的BSSE矫正时候那一行应该还是写成 0,1,-1,2,1,1这样就是对的吧？@Sobereva
非常感谢sob老师
A:
不对
自旋多重度不匹配
----------------------------------------------------
2015.12.24 10:51:33
Q:
scf=(maxconventionalcycles=157,xqc)老师老师，当出现收敛失败时，我就加了这个关键词，可是还是不太明白这个关键词的具体含义，，老师您能帮我解答一下么@Sobereva
A:
不明白含义的关键词绝对不许加
此文是正途：
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
Q:
我就是看说收敛失败时可以尝试
恩呢，，老师我看了这篇文章了
就是还是有点地方不太明白
所以就请教您
A:
此文没提maxconventionalcycles，所以不许加
让你加这个的人是在坑你
Q:
因为输出文件中出现了OPtimization stopped number of steps exceeded,Nstep=159这个错误
A:
在计算化学公社和公社blog以外的地方看到的解决不收敛的做法，99%都是坑人的
Q:
哦哦，，，，
A:
根本都不是一码事
几何优化看这个
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
Q:
好哒好哒
那老师出现这种错误一般要怎么改呢？
A:
看博文
并且
看优化轨迹
看能量曲线
Q:
这篇博文我之前看过呢，，嘿嘿，，可是我还是很菜，，不知道具体该怎么办，，
恩恩，我继续加油kan
老师，您所说的能量曲线就是指的是gaussview中的那个曲线么
A:
y
Q:
[图片]
就是这个么
老师老师，这种曲线一般走势是不是像上面这个就是正确的@Sobereva
A:
结合轨迹看，如果震荡了，用博文里的关键词解决
怎么做博文最后部分写得极为明确
Q:
老师，轨迹在哪里看呢？因为没有人教我，，都是我自己弄得，，所以有的时候如果问到了让老师生气的问题，，不要见怪哈
A:
显示结构的窗口左上角点绿色圆圈
----------------------------------------------------
2015.12.24 11:01:40
Q:
[图片]
sob老师，请问Multiwfn能够用Merz-Kollman方法做这种自定义面的静电势图吗
A:
这根MK方法毛关系也没有，那是基于静电势拟合原子电荷的
算出静电势格点数据后，用chemcraft或VMD可以作
----------------------------------------------------
2015.12.24 11:49:18
Q:
sob老师，请问要中断运行中的molclus是直接关闭运行窗口吗
A:
是
但是量化程序可能还在跑着，到任务管理器关掉量化程序
----------------------------------------------------
2015.12.24 13:08:50
Q:
请问高斯输出里这个是不是就是基态的偶极矩
Dipole moment (field-independent basis, Debye):
X= -6.4483 Y= 0.7631 Z= 0.9440 Tot= 6.5615
为什么和Multiwfn算出来的差很多呢，我用的关键字是
#p td=(triplets,nstates=10,root=1) ub3lyp/genecp scrf=(solvent=dichloromethane) geom=connectivity int=ultrafine scf=(novaracc,noincfock,tight) density IOp(9/40=4)
已经考虑了au和Debye的转换
A:
写了density，当然是激发态偶极矩
Multiwfn给出的激发态偶极矩是基于非弛豫密度的，高斯默认给出的是激发态的弛豫的密度，若想与multiwfn的有可比性需要些density=rhoci
Q:
哦哦所以是第一激发态的偶极矩是吗，那对应的应该是Multiwfn输出里的这个吗
Transition dipole moment between excited states (a.u.):
i j X Y Z Diff.(eV) Oscil.str
1 1 145.2385040 -31.1807971 -23.8626864 0.00000 0.00000
哦好的
A:
这是跃迁偶极矩，和激发态偶极矩是两码事
Q:
哦所以跃迁偶极矩的对角项不是激发态的偶极矩吗？
A:
是，看错了
----------------------------------------------------
2015.12.24 13:15:29
Q:
好的，那有没有弛豫数值差好多，sob老师知道用Generalized Mulliken Hush算diabatic coupling用哪个比较合理吗
A:
没听说过Generalized Mulliken Hush
----------------------------------------------------
2015.12.24 13:15:29
Q:
老师您好，我对C-C键断裂做relax-scan,出现了这种情况，请问会是哪里出问题了呢[图片]
A:
一些点有波函数不稳定性
----------------------------------------------------
2015.12.24 13:16:02
Q:
sob老师，单点能纠正是指优化后的能量加上[图片]*纠正因子吗
A:
这是零点能校正
没有什么确切的叫做“单点能校正”的东西
Q:
是的，我说错了
A:
ZPE是热力学校正量中的一种
----------------------------------------------------
2015.12.24 13:32:38
Q:
sob老师，由于分子中原子数目有80+，我先用了一般精度的基组优化了结构，算了频率，为了得到更精确的能量，单点能用了高精度基组，做零点能校正的时候是不是用单点能和一般精度算的零点能计算最后的总能量？这两个不在同一个基础上的能做加减吗？
A:
是
能
----------------------------------------------------
2015.12.24 13:20:55
Q:
老师，那这个结果要怎么处理或者解释呢，我想得到的是C-C键断裂过程中体系的能量[图片]@Sobereva
A:
用非限制性计算，并加上nosymm guess(mix,always)
Q:
nosymm在此处是什么目的？
A:
保证破坏波函数对称性
如果不加，高斯可能还在一些细节上保持着对称性，得不到真正稳定波函数
虽然不加往往也没事，但加了保险
Q:
nosymm 好像高斯在几何优化中不会自动调整到标准朝向
A:
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297
Q:
[图片]sob老师我加了nosymm，还是这样，该怎么办呢
A:
你扫描二面角，和nosymm毫无关系
Q:
是不是得出什么样的就是什么样的
A:
如果是柔性扫描，越过过渡态之前的点和越过过渡态之后的点会优化到不同极小点去，能量有个突跃很正常
结合柔性扫描的轨迹来考察
----------------------------------------------------
2015.12.24 13:39:43
Q:
density=current(弛豫密度)和density=rhoci(非弛豫密度) 使用rhoci时的密度是如何得来的？这里的弛豫过程又是怎样弛豫的（是不是有额外的自洽场计算过程）？
A:
以前给别人的回复：
density必须要写，这样在激发态计算时才能得到激发态的密度。
直接写density时，高斯计算的是弛豫的激发态密度。如果写density=rhoci，则计算的非弛豫的激发态密度，也就是直接根据输出的组态系数和轨道跃迁方式来计算的。弛豫的激发态密度更接近于真实的激发态密度，但是这样得到的与基态的密度差有很多节点，正负值区域交错得比较厉害，分析时往往不方便。非弛豫的激发态密度虽然和真实的激发态密度有一定偏离，但是得到的密度差没那么多节点，便于分析。
对于直接分析激发态与基态密度，density=rhoci时分析起来更方便。但对于Multiwfn手册4.18.3节的分析来说，由于会对密度差进行变换而抹平那些节点，所以直接写density就行了，不建议用density=rhoci。
----------------------------------------------------
2015.12.24 13:40:43
Q:
问一下各位有没有遇到过或者在文献中看到过用TDDFT计算激发态的时候有好几个态只相差几个nm的情况谢谢
A:
通过组态系数直接得到的是弛豫密度，如果要更真实的密度，需要通过Z-vector方法得到弛豫密度，是density默认的。
----------------------------------------------------
2015.12.24 13:49:19
Q:
老师我按照NAO的方法看轨道成分分析，这是我的in文件不知道哪路出现错误了，[图片]用large g09算完输出的wfn文件放到multiwfn中输入8再输入7就提示这个结果[图片]不知道问题出现在那里，可是打开out文件确实有NAO Mo结果[图片]老师我的in文件问题在哪里呢？麻烦老师了
A:
别用freq任务
Q:
[图片][图片]老师我刚才去掉频率分析了可是还是在multiwfn里面不显示呢
A:
输出文件传上来
Q:
老师这是out文件
A:
能分析啊，用最新版
[图片]
Q:
老师我用的是Multiwfn_3.3.8(dev)_bin_Win
A:
反正我这里载入没任何问题
用的官网上的3.3.9(dev)
----------------------------------------------------
2015.12.24 13:58:42
A:
得一个个
Q:
老师，在高斯09中用赝势基组算动力学BOMD始终不计算，该怎么写输入呢？
A:
[图片]
Q:
Ba -0.94322342 0.03663004 0.00000000
B 1.08974356 0.01831502 0.00000000
B 0
6-311+G(d)
****
Ba 0
S 3 1.00
0.8699000 -2.2549747
0.6676000 2.5145786
0.1982000 0.5775184
S 4 1.00
0.8699000 2.0391383
0.6676000 -2.3717712
0.1982000 -1.2758006
0.0823000 1.1703346
S 1 1.00
0.0231000 1.0000000
P 3 1.00
1.6050000 -0.1626403
0.4790000 0.6971289
0.1818000 0.4505107
P 2 1.00
0.1804000 -0.2642537
0.0476000 1.1347212
P 1 1.00
0.0192000 1.0000000
****
Ba 0
BA-ECP 3 46
f-ul potential
6
0 620.9690488 -0.0834652
1 146.3648826 -33.3257671
2 42.3207114 -190.8607232
2 11.2135151 -55.1984172
2 3.6963891 -18.0236340
2 1.3169502 -2.1978281
s-ul potential
4
0 140.3669200 2.8131160
1 39.1436547 55.3050626
2 12.9553493 149.5513402
2 2.4308751 50.5078553
p-ul potential
5
0 99.4922261 4.9191812
1 68.2711309 39.3872075
2 36.1518181 335.0753584
2 10.1051537 131.2535153
2 2.0232648 36.3175025
d-ul potential
5
0 95.2752536 2.9764140
1 34.6604608 46.0571141
2 15.4891040 117.1658588
2 5.0015895 54.0130815
2 1.3236266 15.5784906
老师，写成这样不行吗@Sobereva
这是关键词部分#p PBE1PBE/genecp BOMD(update=5 Maxpoints=5000 Stepsize=5000 RTemp=1000 ReadStop)@Sobereva
A:
例子都给了，照着写就完了
----------------------------------------------------
2015.12.24 14:13:15
Q:
求助文献一篇：http://www.tandfonline.com/doi/abs/10.1080/15421406.2015.1095450
求助文献第二篇：http://www.tandfonline.com/doi/abs/10.1080/15421406.2015.1095443
息怒，今天sci-hub好像暂时休克了
A:
[图片]
我不亲自验证岂会警告？
[图片]
这两篇sci-hub都能下
违规一次，已记录，扣6分。详情看群规
----------------------------------------------------
2015.12.24 14:23:00
A:
刚知道有个国人写的基于python的量化程序pyscf
http://chemists.princeton.edu/chan/software/pyscf/
Q:
原来看过PyQuante
A:
pyscf的作者是孙启明，以前是刘文剑组的，现在在garnet chan，看起来程序很强，他之前还写过电子积分库libcint
Q:
群主，请教这个软件的强项在什么方面。
A:
号称是容易扩展，结构清晰简单，容易把自己的新方法添加进去
我也没深入仔细看
----------------------------------------------------
2015.12.24 15:10:14
Q:
请问激发态偶极矩用松弛还是非松弛密度算的哪个比较合理呢
A:
弛豫的
Q:
那Multiwfn有办法给出弛豫的吗，tddft激发态之间的跃迁偶极矩
还是跃迁偶极矩就没有什么弛豫不弛豫的？
A:
没有
----------------------------------------------------
2015.12.24 15:15:24
Q:
请问cube文件中有分子轨道的能量信息吗，
A:
无
Q:
谢谢sob老师！那要看homo能级的能量只能通过看输出文件里最后一个 Alpha occ. eigenvalues 的值和edit-MOs 看图里的数值这两个方法吗？
A:
用multiwfn载入fch文件进主功能0里直接就能看到
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
----------------------------------------------------
2015.12.24 15:15:42
Q:
[图片]老师，请教一下，这种情况是不是就算是能量震荡？
A:
再跑20步
Q:
老师您的意思是把最后的结构拿出来继续优化么？@Sobereva
谢谢老师！
老师老师，，看这种图时，是不是一般就要到那个最低点才算是结构优化完了呢@乖娃娃恶意卖萌
还有就是所谓能量震荡是不是就是指的是曲线上下摇摆不定，，
哦哦
老师从哪里看那个四项的收敛？输出文件中找哪个关键词呢？[表情]
[图片]
谢谢@@虎王
那老师是不是四项都是 yes才对呢？
但有的时候就是虽然四项中有一项不是yes，单最终的输出文件中还是会显示正确结束，，这样其实也还是没优化完吧？？
A:
[图片]
Q:
也就是说每次优化完都要在输出文件中查看一下这个四项么？必须都是yes才可以继续下一步啊，
A:
择情而定，你的目的，以及你当前的收敛限，以及距离收敛限差多少
不要从输出文件的现象上考虑，要从原理上考虑
Q:
哦哦，好哒，，我觉得依我的智商从原理上考虑可能有些难。。。不过谢谢老师哈@Sobereva
A:
不是智商的问题，是愿不愿意学和思考的问题
----------------------------------------------------
2015.12.24 15:39:10
Q:
sob老师，multiwfn软件能分析能级吗
A:
什么叫分析能级？
Q:
就是转动能级
A:
不能
Q:
振动能级
A:
这有什么好分析的
Q:
考察吸收峰时，是有基态哪个振动能级跃迁到激发态的哪个振动能级，我用分子轨道跃迁解释，他不满意
A:
分子轨道和振动能级哪有关系
Q:
吸收峰应该用哪个来解释呀
A:
你都没弄清楚基本原理
----------------------------------------------------
2015.12.24 16:13:46
Q:
[图片]做这样的穿透半径，我先在gaussian里做两个水分子的优化之后删去其中一个分子留下一个，用nosysm固定位置做频率计算，之后对另一个分子也做同样的处理，将生成的fch文件在Multiwfn处理分别生成两个水分子的静电势和极值点的数值的surfanalysis.pdb和vtx.pdb文件一起导入到VMD中作图，生成了类似的图像，但是不知道是不是对的？希望能帮我看下我的这个想法对不对。
A:
对。
你可以先重复文中的水二聚体例子，重复出来了就没错了
Q:
重复出来了，自己量的那个距离是1.14，您那篇博文中是1.12 所以我不是很确定，万一我做我自己的体系量的时候量了一个值怎么保证这个值比较正确，自己也试着算了用范德华半径之和减去两个原子的距离，结果只有0.8多，差别挺大的。
A:
范德华半径那种和这个没有可比性，文中这种是最严格的。
差0.02无所谓，不会影响结论
----------------------------------------------------
2015.12.24 16:36:50
Q:
双自由基轨道能级具有什么特点？
A:
HOMO-LUMO gap很小
Q:
我还是不是很明白，为什么会是这样的结果啊，是不是意思是像氢气，如果是没解离的话就是闭壳层体系，是单重态，如果解离后为三重态，最低三重态的能量低于或略高于最低单重态的能量，因此HOMO-LUMOgap很小？
A:
CASSCF计算双自由基以及双自由基特征的计算
http://sobereva.com/264
----------------------------------------------------
2015.12.24 16:42:34
Q:
老师老师 [图片]像这种二面角有问题的结构，是不是就只能重新再找最初的构型呢？
A:
opt=cartesian
----------------------------------------------------
2015.12.24 16:54:38
Q:
老师，就是您刚刚说的这个采用笛卡尔坐标的方法opt=cartesian
用这个关键词的时候是不是必须得看分子跑散了没？如果跑散了就证明初始构型不太合适，所以要用使用这个关键词还是得在分子没有跑散的情况下是么？ [表情]
A:
哪可能跑散
----------------------------------------------------
2015.12.24 16:55:21
Q:
北大清华的博后真的可以找个211么？现在都是老板关系进吧。要不然国外回来洋博后一堆。
A:
没那么容易
----------------------------------------------------
2015.12.24 17:55:44
Q:
1）请问用multiwfn进行的范德华表面静电势的绘制以及极大小点的获得，默认是基于mulliken电荷吗？看上去似乎不是啊。2）范德华表面静电势的极值点与原子电荷在分析氢键方面各有什么利弊？
谢谢！
A:
1 显然不是。mulliken电荷算出来的静电势烂得一塌糊涂。但是在Multiwfn里也可以通过原子电荷来算静电势，你愿意的话。
2 原子电荷方便，静电势分析更准确但复杂点
----------------------------------------------------
2015.12.24 18:02:10
Q:
老师，就是我看了您的博文，然后在gaussview中选择了固定键长，GIF文件中有这个[图片]。但有的是B 15 16 F,这个里面的F是固定的意思，但是B是什么意思啊？又麻烦老师您了
A:
本来就应该是F
Q:
哦哦，，谢谢老师，，那个B是什么意思啊？
A:
bond
不写也行
RTFM
----------------------------------------------------
2015.12.24 20:05:02
Q:
请问一下用multiwfn怎么做EDDM图啊谢谢
A:
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
----------------------------------------------------
2015.12.24 20:05:35
Q:
，请问下在G09软件下采用CCSD(T)／def2TZVP水平下对苯分子优化，一直报错，说是变量数的原因，不知道哪里出错了～
A:
这是白耽误时间
B3LYP/TZVP足矣
[图片]
----------------------------------------------------
2015.12.24 20:22:07
Q:
我对这个红色标注的地方不他理解。[图片]公式（1）的变量在数学里是X，它的鞍点条件里的dE/dh是什么意思呢？鞍点是该点处导数为0，假设鞍点是x0处，应该是dE/dX （x=x0)，dE/dh=0能说明什么呢？
A:
X0是你当前步的位置，不在鞍点上
通过dE/dh=0，解出变量h，使得从当前位置X0按照h方向走恰好走到鞍点
----------------------------------------------------
2015.12.25 07:22:08
Q:
请教大家一个问题：用orca计算A和B之间的相互用能，使用“AB单点能-A单点能-B单点能”这个公式，其中的单点能应该用色散和gCP修正后的能量吧？[图片]是不是就是蓝色标注的这个能量？
A:
是
----------------------------------------------------
2015.12.25 07:22:08
Q:
老师，[图片]使用multiwfn导出的这个数据，横坐标指的是波数，但是纵坐标呢？是吸光度还是透射比呀@乖娃娃恶意卖萌
应该是吸光度我觉得
哦哦，老师，[图片]使用multiwfn导出的这个数据，横坐标指的是波数，但是纵坐标呢？是吸光度还是透射比呀
我觉得是吸光度呢
A:
同一个问题不要连续问两遍
----------------------------------------------------
2015.12.25 07:25:02
Q:
文献中光谱的能量常用cm-1表示，计算中是eV, 这个是通过E=hv转化的吧。
A:
1eV=96.485354KJ/mol=23.058731765kcal/mol=1.602176462E-19J=8065.5447cm^-1
Q:
明白，谢谢。
文献中计算TDDFT计算激发态时，常有这样的描述（[图片]），计算激发态时，可以得到这样类似这样的信息（[图片]），根据计算得到的能量值eV，然后通过跟实验光谱信息比对，指定光谱峰是由电子从什么轨道跃迁到什么轨道。 [图片]小括号中是跃迁的主要贡献轨道。不知道我这样的理解是否有错误。
A:
小写就是轨道的不可约表示
Q:
这是因为计算的时候，在DFT前加了U的原因。
A:
alpha,beta
开壳层计算时alpha,beta不匹配，所以单独输出
Q:
谢谢，明白。 [图片]小括号中的写法是根据什么来写呢？（是根据跃迁的主要贡献轨道来写吗？）
A:
虽然电子态激发往往涉及多个轨道跃迁，但只有跃迁轨道对儿的不可约表示的直积相同的情况才会出现在同一个电子激发中，否则得到的激发态不可约表示不一样不可能混合在一起。
如你说的找贡献最大的轨道对儿，看它们的不可约表示，这本身也是没错的
----------------------------------------------------
2015.12.25 07:18:24
Q:
http://www.eurekaselect.com/61589/article/transition-metal-catalyzed-reactions-carbon-dioxide-and-other-heterocumulenes#求一篇文献，这个在Sci-Hub上下载不了
好吧
A:
求sci-hub能下的文献一次，扣6分，已记录。你在2015-Nov-25时已经求过一次sci-hub能下的文献，看在是圣诞节的份上，姑且扣5分，所以没有下次了。
还有，发言不许用“好吧”开头
----------------------------------------------------
2015.12.25 07:19:27
Q:
用TDDFT 计算的激发态输出文件，有解释文件吗？
是用Gaussian计算的
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
----------------------------------------------------
2015.12.25 07:21:19
Q:
请教sob老师 GAMESS或者ORCA支持赝势基组SDD吗？
A:
支持
----------------------------------------------------
2015.12.25 07:21:19
Q:
非常感谢老师！
@sob，谢谢
sob老师，我用linux版的Multiwfn画DOS图，怎样能把data保存下来，linux下无法显示图
[图片]
老师请问linux下怎样保存数据
画DOS图的数据
A:
画完图的界面里面有选项，仔细看所有选项
----------------------------------------------------
2015.12.25 07:21:19
Q:
在multiwfn中做出的红外图怎么样导出来呢@乖娃娃恶意卖萌
[图片]
导出来是这个样子的，，不能查看数据，，我想做成那种再origin里面的呢。。。[表情]
哦哦，我看看，，刚刚没有找到呀
老师老师哪一个是导出图像的选项@乖娃娃恶意卖萌
[图片]
是不是2呀
1是保存图像，，我需要数据
哦哦
那就选2 ？是么
恩恩，好哒，，谢谢哈，，
我看了那篇文章了，，还是有些地方不太会，所以才来请教的，嘿嘿
老师老师，，数据导出来是这样子的，，[图片] [图片]
哪个是横坐标啊，，那个是纵坐标啊
谢谢老师[表情]但是是一个谱图，为什么会有两个记事本文件呢
一个是line一个是curve
我真的看了。。。
谢谢老师！！！[表情][表情]
我发现我们说的不是同一片文章啊
你把链接发我啦啦啦，，
谢谢[表情]
[图片]好哒好哒！！
哈哈，，是的呀
哦哦哦，我试试哈老师
成功了诶！！[表情]老师太厉害了@@Sobereva
老师您的意思就是看有没有跑散，是么？
这个我知道，我会看呀，，嘿嘿[表情]
谢谢 @乖娃娃恶意卖萌
哦哦，[表情]谢谢老师@乖娃娃恶意卖萌
[表情]
我觉得你们都是大师呀，嘿嘿，谢谢两位老师[表情]
老师，今天[图片]对应的能量曲线是这个样子的，是不是说明还是有点对的，，我的最初构型@Sobereva
[图片]就是右上角的那个羟基自由基跑掉了，，是不是就不对了，我希望他和氢原子作用，，
恩，谢谢老师
A:
Multiwfn所有输出的信息一定在屏幕上有详细说明，手册里也有说明，一定要仔细看
----------------------------------------------------
2015.12.25 10:28:35
Q:
老师，是物理吸附一般都会出现整体高于片段之和的情况吗
应该是配位键强于色散力吧
A:
不会。假设真有那种情况优化的时候自发就跑掉了
----------------------------------------------------
2015.12.25 10:29:33
Q:
娃娃，考虑BSSE了没有？？
A:
配位作用能数量级很大，BSSE可忽略不计，而且配位键距离很短，近距离下BSSE问题也较小。
----------------------------------------------------
2015.12.25 10:29:43
Q:
也就是说，一旦出现这种情况，一定是有什么没有考虑到，比如色散作用没有考虑，是吧
A:
对
Q:
老师，那计算整体需要加上色散校正，各个片段的优化也需要吗
A:
要
----------------------------------------------------
2015.12.26 07:13:18
Q:
对于电子吸收光谱，是否有数据库可以查询？
A:
chemspider上能查到一些
----------------------------------------------------
2015.12.26 07:14:47
Q:
[图片]
这部分是什么意思呢特别是attractive tail
A:
就是1/r^6那项在远程部分的作用，有一定吸引效果，体现由电子动态相关产生的色散作用
----------------------------------------------------
2015.12.25 08:49:43
Q:
圣诞节的面子才值一分啊
我还以为今天大赦呢...
A:
“好吧”都已经赦免了
所以都免了5分了
----------------------------------------------------
2015.12.24 16:55:50
Q:
老师，金准则CCSD(T)算两个镁原子的键长和实验值怎么查那么多～
A:
确保数据有可比性，且基组够大
Q:
实验值3.891.我算的4.539
A:
用CCSD(T)/cc-pVQZ优化了一下，结果3.975，in good agreement
所以说，CCSD(T)从cc-pVTZ起步
要么def2-TZVPP
CCSD(T)/cc-pVDZ优化4.945埃
CCSD(T)/def2-TZVP优化4.453埃
CCSD(T)/cc-pVTZ优化4.058埃
CCSD(T)/cc-pVQZ优化3.975埃
发现一个TZVP对于Mg的重大问题，对Mg2
B3LYP/TZVP优化出来是9.44346412，完全离谱，势能面扫描居然没有极小点。而小得多的B3LYP/TZVP优化出来是4.15119913，基本合理，有个很浅的势阱。
仔细对照基组，发现TZVP最外层P函数弥散程度严重不足，指数最小的是0.189，最外层S函数指数是0.037。而6-31G指数最小的S和P都是0.042。可见，TZVP的S弥散程度够了，但是P的弥散程度太低。
于是尝试将6-31G最外层P加到TZVP上，即
Mg 0
TZVP
P 1 1.00 0.000000000000
0.4210610000D-01 0.1000000000D+01
****
结果为4.25734179埃，基本合理了！可见就是TZVP的P的指数不合理。
这还是第一次被TZVP坑，以后可不敢轻易用这个搞碱土金属了。def2TZVP倒是没这个问题，结果为3.95371264。
Q:
啊？上面第二个TZVP是想说6-31G(d)
是么？
A:
应该是6-31G
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2015.12.24 18:04:37
Q:
在 TURBOMOLE basis set library 和 EMSL 上的 TZVP 似乎都没有Mg的定义
A:
EMSL有啊
只不过是写成ahlrich TZV
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2015.12.25 08:51:01
Q:
如果一个分子用A level 进行优化，然后用更高的B level计算吸收光谱，那么如果还想考察该分子的 HOMO LUMO，是不是用 B level 的好呢？还是 A level 也可以参考
此外 TD 做完后的 chk 也是包含轨道信息的吗？
A:
B level
包含
----------------------------------------------------
2015.12.25 08:56:57
Q:
老师，请教一个问题，态求和方法能算含频超极化率吗?
A:
能
Q:
那关键词怎么设置啊
A:
使用Multiwfn基于完全态求和(SOS)方法计算极化率和超极化率
http://sobereva.com/232
Q:
这个我看了，我在坐标下面加上频率之后，td老是跑不过去啊
A:
哪看了？文中说让你这么做了？
文中一开头就说，高斯的SOS只能算极化率
没特殊必要甭用SOS，用导数方法算
使用Multiwfn分析Gaussian09的极化率、第一超极化率的输出
http://sobereva.com/231
例子都给得很清楚
导数又快又准还不用考虑态数的收敛性问题
Q:
如果可以频率怎么加上啊
A:
看博文
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2015.12.25 09:08:45
Q:
Sob老师请教一个问题,gromacs能否计算水分子通过蛋白质孔道的速度，得出类似这样的图：[图片]，或者是水分子在蛋白孔道中的速度分布！@Sobereva
A:
速度分布那只能写脚本，统计指定坐标范围内的水的速度
Q:
需要做矢量计算吗？还有就是gromacs在保存速度信息的时候，是只保存每一时刻的原子XYZ的速度？
还是对之前的速度进行平均在保存，lammps好像是这样处理的
A:
矢量运算不用。
就是trr里包含每一帧的原子xyz速度分量
不是平均的，就是那一时刻的
----------------------------------------------------
2015.12.25 09:14:42
Q:
[图片]
sob老师，我做nbo分析时，有下面错误，您给看一下吧
查看你的输入文件
A:
换更新的NBO版本
尝试不同基组
检测波函数稳定性
Q:
我是在基态优化好的基础上，做的nbo的
[图片]
这个是输入文件
又算td又算NBO，最好分开做
我想偷个懒就一起弄了，不可以一起算吗
你分开试试
A:
可以一起
但这种做法很无聊
Q:
好的，谢谢老师，我分开算一下[表情]
A:
根本不是这个的事
怎么解决都已经告你了
默认情况TD完了传给L607的就是基态波函数
----------------------------------------------------
2015.12.25 09:30:32
Q:
那个 Explore 电子结构的高斯配套书第三版电子版有了吗？
A:
显然不可能这么快
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2015.12.25 09:31:42
Q:
请假个问题。如果说明含钌配合物三重态和五重态之间的能量差大于铁配合物呢？multiwfn能算吗？不同金属之间比较轨道能量差有意义吗？
A:
这个没法用multiwfn分析
可以比，但能不能说出有什么意义就看具体情况了
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2015.12.25 10:03:53
Q:
自旋电子密度用multiwfn怎么分析的
A:
作自旋密度图，或者计算原子/原子轨道/基函数的自旋布居数
Q:
做自旋密度图的具体步骤呢
cubegen
A:
[图片]
不要用cubegen，麻烦得多，速度还慢得多
cubegen除了静电势计算速度比较快以外，有了Multiwfn后就没有存在价值了
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2015.12.25 10:15:39
Q:
请教，计算极化率、第一超极化率等时，是可以直接计算基态情况下的极化率吧。不是一定要计算激发态的极化率的吧
A:
本来就是计算基态的
做激发态计算得到跃迁偶极矩、激发态能量信息也是为了用SOS方法计算基态的（超）极化率用的
----------------------------------------------------
2015.12.25 10:20:02
Q:
老师，一个分子的能量要高于其中片段的能量之和，这说明这个分子不稳定吗？
就是E(ab)>E(a)+E(b)
A:
考虑计算方法是否合理，且是否已充分优化
Q:
我是理论上预测，比如一个碳纳米管吸附个分子，结果发现总体的能量，比片段能量和大
片段和整体都是在一个水平下优化的
都是收敛的
没有弱相互作用，需要校正吗
A:
物理吸附还是化学吸附？
Q:
我们老板说，如果整体减去片段是负值就是稳定的
物理吸附，因为高斯判断不成键
A:
既然是物理吸附就必须考虑弱相互作用
Q:
那我加上counterpoise试一试
A:
不是这个的事，用的方法必须先能考虑好色散作用，cp都是相对次要的
----------------------------------------------------
2015.12.25 10:26:55
Q:
配位化合物的結合能需要考慮bsse嗎
A:
B3LYP-D3(BJ)/6-311+G**，不考虑CP也足矣得到一个定性正确的结果
不用考虑
----------------------------------------------------
2015.12.25 10:55:20
A:
继昨日发现TZVP对Mg2极差之后，又测试了碱金属和其它碱土金属
Ca2实验值4.2773，B3LYP/TZVP结果：4.7818，6-31G*结果：4.6637，6-311G*结果：4.4193
K2实验值3.9051 ，B3LYP/TZVP结果：3.9773，6-31G*结果：3.9721，6-311G*结果：3.9693
Na2实验值3.0788 ，B3LYP/TZVP结果：3.0718，6-31G*结果：3.0378，6-311G*结果：3.0516
Li2实验值2.6729 ，B3LYP/TZVP结果：2.708，6-31G*结果：2.7228，6-311G*结果：2.7047
发现碱金属都不错，但是Ca2也是不理想，虽然没有Mg2那么离谱。所以TZVP不应用在碱土金属上。
Q:
看来优化几何波普尔基组就足够了
6-311G (d,p)靠谱
学习了，之前看文献发现相关一致极化价基组 aug-cc-PVQZ-DK 对计算碱金属和碱土金属精细能级还可以
A:
这么大基组肯定没问题
除了碱土金属外，TZVP都比6-311G**性价比高
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2015.12.25 10:58:02
Q:
请问：使用[图片]方程计算反应速率常数时，有没有对研究体系的限制呢？谢谢
A:
不适合无势垒、低压、动态效应强的反应
另外不考虑隧道效应校正对于氢转移这类问题也是没法用的
Q:
那么这个方程对于醛基与水分子反应生成醇羟基适用吗？这个反应过程也涉及到了氢原子的转移。
A:
你算个校正系数就完了，最简单的wigner方法代入虚频直接就得到了校正值，参考
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
http://sobereva.com/310
Q:
老师，表格中的“反应路径简并度”怎么确定呢？怎么看计算G的时候是否考虑了转动对称数呢？
A:
这里谈及了
使用KiSThelP结合Gaussian基于过渡态理论计算反应速率常数
http://sobereva.com/246
Q:
这里的数值是1的话就没有考虑，是这样的吗？
A:
对。
高斯计算G的时候是否考虑了转动对称数你就看诸如这一行
Rotational symmetry number 6
你用的结构如果本身是严格符合对称性的，会根据点群来判断转动对称数并在这里显示。但如果结构有对称性，但输入文件里的坐标不是很精确，这里可能也没正确判断出来，
如果体系结构本身就没对称性，那这里肯定就是1。
Q:
老师，如果体系结构本身没有对称性，那么“反应路径简并度”是否可以近似为1了？
A:
如果整个反应，无论反应物还是过渡态都没对称性，反应路径简并度就是确切的1
大体系一般没对称性，所以大体系反应都是1
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2015.12.25 11:06:51
Q:
老师，要比较两个结构的稳定性，除了从能量计较以外，还可以通过什么途径比较
A:
Sobereva(190258442) 13:01:56
关于稳定性参考这些帖子和回帖
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=600
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1137
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1207
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1272
----------------------------------------------------
2015.12.25 11:15:34
Q:
M05-2X，SMD计算溶剂化能，在包括第一行过渡金属时，仍然用6-31G(d)是否合适？还是要用赝势？（计算量可以接受）
A:
合适
不过由于SMD没专门考虑过渡金属，所以6-31G*的结果也不一定比赝势基组好
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2015.12.25 11:58:24
Q:
请问高斯能计算一个基团的电负性吗
A:
[图片]
算一个体系电离能和电子亲和能就能得到体系电负性
Q:
垂直电离能吗
A:
y
----------------------------------------------------
2015.12.25 11:58:24
Q:
氢原子应先优化一下，固定重原子，晶体测的氢的位置不准
关键词可以，nstates这么大应考虑是否算得动
请问利用Gaussian优化结构，只优化氢原子，怎样固定其它原子？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.12.25 13:13:46
Q:
请问用高斯计算一个分子的垂直电子亲和势，结果算出来是负的，这是正确的吗？垂直电子亲和势会是负的吗？
A:
可正可负
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2015.12.25 13:23:11
Q:
老师，看别人文献，讨论两个结构稳定性高低，可以从s,p,d轨道的电子占据多少，或者从ELF讨论。您觉得可以吗
A:
没那么简单，看具体情况
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2015.12.25 13:33:12
Q:
[图片]老师，计算td出现这个错误是怎么回事呢
A:
硬盘不够
maxdisk给得太小
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2015.12.25 13:44:27
Q:
老师：您好！我正在按照您的“通过Multiwfn绘制等化学屏蔽表面(ICSS)研究芳香性”帖子运行例子文件，可是到这一步的时候总是出现闪退，请问是什么原因呢？[图片][图片]。由于电脑配置原因，我把您说的NICSnptlim设定为3000，由于高斯版本的原因，我在gjf文件中加上了guess=huckel,请问这些有影响吗？谢谢老师！[表情]
[图片]
试了一下其他选项，也出现了闪退
A:
分析这些文件时用的格点设定必须和当初产生这些文件时的格点设定严格一致
当初NICSnptlim多少现在NICSnptlim就得多少
否则不可能正确载入
如果不清楚，先把此文开头的示例文件处理一遍
Q:
嗯，好的，我再试试，谢谢老师[表情]
老师:可以弱弱的问一句吗？怎样用您写的那个批量处理程序？[表情]
A:
哪个批处理？
Q:
[图片]
A:
runall.bat双击就完了
Q:
我双击了一下，那个界面一闪而过，我是不是也需要在电脑的环境变量中去设置？
老师：您好！我困惑了！我在想我把这里产生的输入文件[图片]，直接用高斯的分步任务进行计算，和{调用您说的runall.bat程序（双击出现闪退）再用高斯的分布任务}，这个有区别在哪呢？老师：还是我理解错了？
A:
runall.bat是依次执行当前目录下的gjf文件，比起进入批量设定界面挨个选省事
Q:
就是把NICSXXXX.gjf所有的文件要计算一下了，runall.bat可以直接提交任务
A:
不了解批处理文件看这个
从高斯windows下的批量执行谈dos批处理文件
http://sobereva.com/6
闪退是因为出错，想知道因什么出错就先进入DOS再在里面执行runall.bat
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2015.12.25 13:47:42
Q:
各位老师，我计算时老出现如下错误，在网上查了也没找到好的解决方法，请问这怎么解决？
[图片]
命令语句是 #p freq=raman rb3lyp/6-311++g(d,p) int=ultrafine
A:
内存不够
要么把++给去掉（opt时也去掉），振动分析用不着弥撒函数
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2015.12.25 14:50:08
Q:
有用过TheRate program 算速率的吗？
请问在哪里可以下载这个
A:
给作者发邮件
Journal of Computational Chemistry, Vol. 19, No. 9, 1039-1052 (1998)
Q:
谢谢sob老师，也就是说网上是没有，是自己编译的？
A:
自己怎么编译，源码都没有
程序找作者要
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2015.12.25 15:31:14
Q:
老师，看您的《解决SCF不收敛问题的方法》帖子中"温度展宽可以结合DIIS、阻尼、能级移动一起使用以得到更好效果。"温度展宽的目的是加强占据轨道和虚轨道的混合，而能级移动（如果是指上文的“能级提升”的话）是为了减小这种混合。这两个方法结合不等于效应抵消了吗？还是指SCF初期用温度展宽，后期用能级提升？如果是这样如何在gaussian中操作呢？
A:
温度展宽一般不用
阻尼默认就是开启的
能级移动酌情使用
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2015.12.25 15:44:38
Q:
谁有molpro 2015共享一下？
molpro好像破解很难 key什么的很多
对，2015更没有了
http://www.molpro.net/info/products.php?portal=visitor&choice=Licence+types 看了一下好像也不贵
比如买了单机的，是不是确定就是一台机子用啊？
换个机子就用不了？
sob有个编译版本的molpro2012,先编译不要lic。挺麻烦你试试吧。可搜到。
A:
那个是2010
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2015.12.25 16:59:34
Q:
sob老师，在Linux中运行molclus，出现了-bash: ./molclus: Permission denied，应该怎么解决啊？
A:
加可执行权限
Q:
我用的是学校的服务器，是改不了呢？
A:
能改自己的
chmod =x
chmod +x
Q:
输入chmod =x
和chmod +x 就行了吗
不好意思我Linux 不大懂
A:
[图片]
google学
Q:
好的我去看看
chmod 777 molclus 这个可以吗？输入了出现这个错误；./molclus: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
A:
装gcc包
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2015.12.25 17:09:45
Q:
TeraChem这个量化软件怎么样？
同文
GPU加速的？
A:
首个完全基于GPU的量化软件-TeraChem杂谈及真实性能测试
http://sobereva.com/137
Q:
恩 GPU
A:
不怎么样，功能很少很弱，速度也就那么回事
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2015.12.25 20:13:28
Q:
请问大家，mp2（full）/6-311+g(d,p)中，那个full代表什么意思？
A:
不冻芯，考虑内核电子的相关
Q:
哦，这样啊。
老师，有具体的参考地方吗？
A:
[图片]
[图片]
----------------------------------------------------
2015.12.25 20:31:16
Q:
请问Sob老师Duschinsky公式中的[图片]说明模混合效应是否显著？
A:
有一点混合。对角元偏离1越大，非对角元偏离0越大混合越强
----------------------------------------------------
2015.12.26 11:14:47
Q:
M06-2X/6-311G**算NICS比M06-2X/def2-TZVP差一些吗？
A:
恩，后者基组比前者大很多
Q:
但前者也够用吧？
A:
凑合
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2015.12.26 12:23:14
Q:
老师，请问用DFT方法B3LYP计算单点任务来作CDA分析时，选用什么基组比较实惠？
A:
def2SVP
群共享广义化的电荷分解分析(GCDA)方法有讨论
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2015.12.26 12:24:11
Q:
請教sob老師現在哪些程序可以做random phase approximation
A:
TD物理上就算RPA，能算TDHF、TDDFT的程序都算
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2015.12.26 14:13:50
Q:
老板让你们搭装置，你们应该要考虑到必要的安全措施啥，把那些防护措施也一并买了啥。给老板省什么钱嘛，他没有了，会想办法弄到的
[图片]
是啊，都知道危害，所以师弟整体说自己还想生孩子呢，不能读博了
树莓派！！
强，我也曾这么想过，用网线连接就好
弄一个交换机
没机箱辐射不小吧
机箱能挡辐射？？？
大神都是不用机箱的。。。
主机背后的辐射最大，最权威的辐射评测报告
实行五分制，凡是被评为五分的，都属于严重超标，可要引起您重视了；三星以上也属
机箱盖子一直就没怎么合上过
A:
机箱对于防辐射是必要的
暴露着运行偶尔无妨，不要长期
Q:
机箱是有一定防辐射能力的，而且裸着万一被谁不小心泼溅液体了也很麻烦
A:
机箱还能降低一部分噪音
Q:
主机侧面0.29μT，机箱左侧面中央，距离0.03米，0.23μT。后面0.46μT，但我们一般离主机后面都有一定距离，所以影响不大。还有开机瞬间、待机状态都是0.17μT。另外还要说说的是台式电脑电源接线如果再接通状态下的辐射是0.47μT，所以再使用台式电脑时也要保持距离。
台式电脑的主机的辐射指数：★★★☆☆
显示器可以用视频切换器，多买个电源也没多少成本
刚刚本来躺在沙发上准备卧槽的...看到这句垂死病中惊坐起....改坐槽了....
就怕一辐射弄出个超级神通出来就麻烦了
A:
大部分显示器都有两个接口，接两个机子，直接按显示器上的信号切换按钮就行了，很方便
Q:
视频切换器，kvm，。。。。
两个接口好像类型不一样
关键是他实验室墙上挂满了主板
A:
显卡都有那两种
Q:
- * / 这与主板的放置位置有关吧，有些主板是树着放，有些躺着放
A:
挂主板适合收藏主板的人展示用，不适合使用
----------------------------------------------------
2015.12.26 15:12:13
Q:
[图片]请问如何解决啊，老师
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2015.12.26 15:49:35
Q:
谁可以帮忙在ccdc上下个CH3NH3PbI3的cif文件谢谢了
这个东东根本不必从警惕出发，自己建就完了
[图片]先算
用PBE1PBE
为什么不用b3lyp empiricaldispersion=gd3bj ？
PBE1PBE 不错的
tpss, b97d3, mpw1b95都不错啊。。@SET
A:
没必要纠结方法
这种体系B3LYP妥妥的
PBE0半斤八两
乱七八糟的泛函不用考虑
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2015.12.26 20:05:30
Q:
大家好，请问有高斯入门的实例教程么？谢谢各位不吝赐教
A:
看Exploring Chemistry With Electronic Structure Methods 2ed
Q:
有中文版本木有？
A:
不要看中文版，有一些翻译版，都只是摘了一小部分而已
Q:
好的Sobereva老师，哪里有下载？
A:
群专用邮箱里就有
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2015.12.26 20:30:30
Q:
哪位老师知道如何把 mol2 文件转化成高斯可输入的 gjf 文件？谢谢！
A:
gv打开-保存
Q:
试了，但是不行，我再试试
A:
如果打不开是你mol2文件问题
chem3D也可以干这事
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2015.12.26 20:35:00
Q:
sob老师，我用SDD基组优化6个Eu团簇，没有指定内存大小，总是提示 Insufficient memory for PRISM at phase 3 ，该怎么办呢？
A:
分配大点啊
Q:
npro=4, 这样的体系，要分配多大内存呢？
A:
看你物理内存、windows还是linux的高斯
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2015.12.26 20:39:48
Q:
老师，一般不指定的话， gaussian默认的内存是多少呢？
A:
256MB
对于目前的版本来说
老版本还有默认48MB的
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2015.12.26 21:25:58
Q:
高斯计算错误，不知是什么原因？
Error: segmentation violation
rax 0000000000000000, rbx ffffffffffffffff, rcx ffffffffffffffff
rdx 000000000000646f, rsp 00007fffab1a5aa8, rbp 00007fffab1a6080
rsi 000000000000000b, rdi 000000000000646f, r8 00002adbc151f4e0
r9 0000000000000000, r10 0000000000000000, r11 0000000000000202
r12 0000000000000000, r13 0000000000000000, r14 00007fffab1a60c8
r15 0000000000000000
--- traceback not available
哪位帮忙看一下，谢谢！
看输出去，这信息没用
这就是输出啊
这是输入就有问题
刚扔终端里就死了
A:
人能看懂这些东东？
Q:
估计是输入信息里有东西填错
是，刚扔进去就这样了
输入信息感觉没错
把输入信息给出来
不知道错在哪儿
输入文件吗？
截个图看看
恩
好的
看不懂这输出是啥
[图片][图片]
输入文件对这没？
没看出错误
好像内从的关键词写错了吧
不过32个核可够大的
没错
nprocshared
核心数
这个肯定没错
内存太小了
[表情]
你是如何输入的？
别瞎说，严肃点，帮我分析下是哪儿的原因
应该是关键词哪里出错了吧
关键词没错
那就不知道了，我出现这种情况的时候把关键词重新输入一遍就没问题了
那个out文件看一下
结果文件最后 20行
看一看
好的
1 错了
？？？
0 1
错了
恩
找到就好
[图片]
谢谢 coffee&人生
报错里写得很清楚，多重度不对
[图片]
嗯
另外，Sob 老师肯定还会说 opt 里面的 maxcyc=200 这个完全没必要写
以后多多注意
A:
然
可耻的关键词
----------------------------------------------------
2015.12.27 08:43:07
Q:
求文献，先谢过！[表情]http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1074552115000599
A:
求sci-hub能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分直接踢，详见群共享群规
----------------------------------------------------
2015.12.27 08:44:35
Q:
请问如何把这些文件打包下载，而不要一个一个文件下载？
[图片]
A:
如果是纯网页，用webzip批量下载。如果是FTP，直接用FTP程序下载
----------------------------------------------------
2015.12.27 09:56:02
Q:
老师，请问怎样用Multiwfn将fchk文件转换成cubegen文件
A:
这话完全不对。没有所谓的cubegen文件这么一说
应当是通过Multiwfn，基于fchk里的信息计算格点数据，再导出为cube文件
做法在手册4.5节有大量例子
cubegen本身也是依赖于fchk文件计算格点数据产生cube文件的工具，但是除了静电势外速度比Multiwfn慢得多，操作不便，支持的实空间函数不到Multiwfn的1/10。
----------------------------------------------------
2015.12.27 10:16:49
Q:
sob老师，一个大分子片段由一根键断裂成两个片段的过渡态要怎么搜寻呢？
A:
断裂共价键一般是没有过渡态的
如果觉得有，拉长一点，然后做过渡态初猜
或者做拉长键的势能面扫描，但对大分子很耗时
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2015.12.27 10:18:47
Q:
sob老师，multiwfn 未来有没有计划支持win10 呢？
A:
早晚会
什么时候我用win10了就会支持
但没有令我意识到升到win10有任何意义之前我是不会升的
----------------------------------------------------
2015.12.27 10:21:32
Q:
做势能面扫描只有那一个原子会动，那个原子所在的环不会整体动，反而导致环上的键断裂
拉长一点优化那根键又结合了就是说那根键很难断
A:
柔性扫描会整体动的，scan才会有你说的情况，刚性扫描对这个问题是没意义的
----------------------------------------------------
2015.12.27 10:36:35
Q:
win10 不能用？
我win10也可以用啊
A:
据悉图形界面好像有点兼容问题
文本界面的操作肯定没事
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2015.12.27 11:04:50
Q:
sob老师好，有个疑惑：用过渡态做IRC时，reverse的结果显示跑了三个点而出现“maximum number of corrector steps exceded, l123”错误[图片]，在网上找了应对方法“maxcyc=400”，重做reverse正常结束了，但还是三个点[图片]。问题是，我拿这两个reverse结果做opt，得到两个不一样结果，一个是产物，一个是反应物。请问maxcyc=400这个在里面起了影响吗？谢谢~
A:
网上的信息真害人
Q:
请问那篇博文关键词是？老师的博文好多，难找[表情]
A:
这个出错没写过博文，但是在计算化学公社和本群里加起来至少回答过15遍
Q:
酱紫，那我先去找找求助记录，谢谢老师。谢谢，我试试lqa
对了，那请问我加了maxcyc=400后，reverse显示正常结束了，那这个结果可取吗？
A:
你跑出来的根本就不是有意义的IRC
[图片]
这图贴了也不下10遍了
[图片]
[图片]
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2015.12.27 11:07:11
Q:
老师 chem3d调用gaussian不能调用显示如下咋回事[图片]
A:
不要用chem3D调用
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2015.12.27 11:13:11
Q:
请问如何计算一个分子的密度？
A:
最准确做法：跑动力学
最粗略做法，计算体积换算成密度
谈谈分子体积的计算
http://sobereva.com/10
中等精度做法：对于某些体系有现成的QSPR关系，用Multiwfn计算分子表面基于静电势的描述符，代进去预测
----------------------------------------------------
2015.12.27 11:18:56
Q:
[图片]请问各位老师这个图怎么做出来呢？
A:
powerpoint足矣
Q:
老师，这个蛋白的结构一个一个的画上去么？
A:
y
用复制粘贴很快的
Q:
那请问有没有专门画这种结构的软件呢？
A:
折腾软件那会儿功夫你用ppt都花完了
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2015.12.27 11:29:54
Q:
老师，吸收光谱是，电子由基态的分子轨道跃迁到激发态的分子轨道，对吧
A:
是电子态的跃迁，不是轨道的跃迁
Q:
看论文里有好多人说的有homo跃迁到lumo
A:
只有很少数情况可以高度近似为HOMO->LUMO的跃迁
Q:
老师能具体解释一下吗，防止以后再出错
A:
跃迁密度分析方法-自然跃迁轨道(NTO)简介
http://sobereva.com/91
图解电子激发的分类
http://sobereva.com/284
此文有一些涉及
Q:
谢谢老师
还有老师，吸收峰是与垂直激发能有关对吧，与绝热激发能无关对吧，算垂直激发能，基态与激发态几何结构一样吧
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
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2015.12.27 11:39:42
Q:
请教sob老师，在进行gaussian计算时，出现[图片] 计算停止了，是怎么回事，该怎么处理呢？
A:
看输出文件，别贴这个
从最后找有意义的信息
说不清楚就把文件传上来
Q:
这个就是输出文件的最后几行
A:
传群共享，别直接传给我
去掉弥散函数再试
out=wfn别和这种计算搅在一起
这种体系几何优化和频率计算加弥散完全多余，只会白耽误时间
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2015.12.27 11:46:01
Q:
去掉弥散是收敛的，我是用去掉弥散之后的结构进行重新优化的
恩恩，但是我想获取的是他们的偶极矩，那是不是不用重新加弥散进行几何优化，直接算单点能得到
A:
是
而且计算偶极矩用这种基组懒得一塌糊涂
要精确就用def2-TZVPD
Q:
恩恩，就是说在不加弥散的基础上用062X/def2-TZVPD直接算单点能获取偶极矩
A:
y
Q:
嗯嗯，那我要是想要同时获取热力学量，是不是直接用不加弥散时得到的热力学量？
A:
y
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2015.12.27 13:17:15
Q:
sob老师我在公社上发帖添加了4张图片为啥只显示了一张呢
A:
我把帖子给你改了
你的帖子代码有问题
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2015.12.27 14:15:47
Q:
sob老师，我做了一个5原子团簇的AIM拓扑，最上面的绿色位置是一个金属原子，应该为紫色球(3,-3)才对，可是是绿色的(3,+3)，这好像明显不对。
[图片]
A:
用了赝势吧
Q:
对，用的6-311+G*和LanL2DZ
混合基组
是不是不能用赝势呢，那用def-svp小基组行不
或者def这个系列的行不
A:
在赝势下做波函数分析的一些说明
http://sobereva.com/156
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2015.12.27 14:50:12
Q:
sob老师，我刚才把基组换成了def-svp。
这样得到的AIM拓扑比刚才的好些，刚才上面个金属原子被认为是笼中心，而不是原子核。
可是我现在做出来的最上面金属与下面C之间没有键径，是不是因为他们是离子键，而没有键径呢，
[图片]
而且，也没有搜到（3，+1）（3，+3）点
A:
那是什么元素？
Q:
是Nb元素
A:
你用的肯定是def2-TZVP，这对Nb是赝势基组
def-TZVP对Nb是没有定义的
Q:
我用的是def-svp
A:
要么用wfx文件，要么用全电子基组，否则不可能找到键径
Q:
这个好像有
A:
关键词怎么写的？
Q:
我没有用高斯里面的基组，是用的
# B3LYP/gen Pseudo=Read out=wfn symm=loose
A:
分明没有Nb
[图片]
Q:
是从其他turbomole网上上导过来的
A:
如果有那也绝对是赝势基组
Q:
那您意思是，现在只能用wfx的格式代替wfn，对吧。
wfx是不是和wfn产生方式一样呢
A:
是
要么就用全电子基组，前面说了
内核没有电子，键径自然走不到(3,-3)去
----------------------------------------------------
2015.12.27 15:01:30
Q:
麻烦再问下，在Multiwfn输出的AIM数据里面，Density of all electrons是不是就是[图片]
A:
是
----------------------------------------------------
2015.12.27 15:41:47
Q:
老师，COSMO-RS这是个什么东西，看了半天没明白，只是知道是和物质在溶剂中溶解相关@Elaine
A:
一种溶剂模型
Q:
[图片]老师这个人我如果简写为Gonzalez-Miquel et.al 是否正确？
A:
可
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2015.12.27 15:48:33
A:
接下来三天将Sob极少出没，请相互转告
Q:
怀念你
A:
机密
Q:
难道是结婚？
还是参加什么动漫展？
A:
さあ、谁知道呢
Q:
肯定是……结婚
A:
娃娃不要想搞个大新闻
Q:
老师肯定和一个二次元人物结婚
娃娃也是单身
没错
[图片]最喜欢老师
A:
[表情]
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2015.12.27 18:26:32
Q:
@Elaine，谢谢回复，我需要优化，然后计算频率，阳离子态，阴离子态，激发态等等，我觉得既然分子是存在于溶剂中，为什么要优化气态分子，溶剂分子不会改变结构吗？
A:
溶剂对结构影响通常很小
如果实际是在溶剂情况中，就在溶剂下做
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2015.12.27 19:45:51
Q:
各位老师好，请问用高斯计算分子密度的时候，在做修正时，下面公式里面的参数是不是对所有分子都适用？也就是说算素偶有分子时参数都保持不变？[图片]
A:
*10 有前提，只是对于某一类分子。看原文。
有的参数只能是CHON分子，多看看相关计算文章、引的文献。特别是politzer他们的
Q:
好的，谢谢老师！
A:
*10 这篇综述专门讨论了分子性质预测，也有和密度预测方法相关的可以看看
DOI: 10.1021/acs.chemrev.5b00215
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2015.12.27 19:50:35
Q:
sob老师，麻烦问下以下的ELF图中，2-5键应该是共价键，2-1是不是离子键呢，颜色多大值算共价呢，谢谢
[图片]
[图片]
A:
什么元素得说清楚
是不是共价键应结合能量密度来判断，此文有涉及
AIM键临界点处电子密度拉普拉斯值符号判断相互作用类型失败原因的图形分析
http://sobereva.com/161
Q:
sob老师，1-Nb,2,3为Si，5为Ge
用的B3LYP/def-svp基组
A:
只能说Ge-Nb共价性可能比Ge-Si强一点
结合能量密度图判断
Q:
您说的是不是Si-Nb比Ge-Si共价强一点，1-Nb，2,3-Si，5-Ge
A:
y
Q:
我咋感觉是低下那个图的5-2，也就是Ge-Si比上面那个图的1-2(Nb-Si)共价多呢，但是他们都没有Si-Si共价性强
A:
就是下面的共价性强
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2015.12.27 21:10:37
Q:
[图片]老师，我想问一下当我确定了每个分子轨道的原子轨道的贡献后，[图片]我能通过什么方法确定每个原子轨道的能量吗？
A:
做NBO分析，会给出NAO的能量，NAO的极小集部分对应原子轨道
Q:
[图片]老师我这个in文件可以算出结果么
A:
可
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2015.12.27 21:32:50
Q:
求问大神，衡量重金属原子的芳香性用赝势基组可以吗？
A:
可以
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2015.12.27 21:43:39
Q:
各位老师好，请问用经验公式计算升华热时，公式里的各参数在哪查找？是不是不同体系各参数的值是不一样的啊？[图片]
A:
文献里找。
提出参数的文献肯定会说能用在什么体系
Q:
可是有的文献我下载不到[表情]只能看见别人引用的，自己检索的时候就找不见
A:
都是标准期刊里的啊
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[群聊Q&A整理] 公社群聊Q&A整理：2015.12.21 16 ~ 2015.12.27 21

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