请问聚合物体系NPT之后，tot-energy为正值，potential energy为负值是否正常

哪有这么脆弱

老师们好，在em这一步，势能为负，在10得3次方数量级，在第一步NPT过程中我设置得压强为100bar,下面是我这一步得NPT文件：
define =
integrator = md
dt         = 0.001   ; ps
nsteps     = 10000000 ; 2ns
comm-grps  = system
energygrps =
;
nstxout = 50000
nstvout = 50000
nstfout = 50000
nstlog  = 10000
nstenergy = 10000
nstxout-compressed = 10000
compressed-x-grps  = system
;
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype   = PME
rcoulomb      = 1.2
vdwtype       = cut-off
rvdw          = 1.2
DispCorr      = no
;
Tcoupl  = V-rescale
tau_t   = 1.0
tc_grps = system
ref_t   = 298.15
;
Pcoupl     = Berendsen
pcoupltype = isotropic
tau_p = 1.0
ref_p = 100.0
compressibility = 4.5e-5
;
gen_vel  = no
gen_temp = 298.15
gen_seed = -1
;
freezegrps  =
freezedim   =
constraints = hbonds

第二次NPT压力设置为1bar，
把上一步中得ref_p设置为1，平衡后，未去除周期性条件时候，最后一帧

发现这一步总能量为正，势能为负  这是正常得吗？
初始构型为

sobereva

标题说 “tot-energy为负值，potential energy为正值”，内容说  “这一步总能量为正，势能为负”，自相矛盾

哪有这么脆弱

sobereva 发表于 2021-8-12 22:20
标题说 “tot-energy为负值，potential energy为正值”，内容说  “这一步总能量为正，势能为负”，自相矛 ...

抱歉抱歉，社长打错勒，是总能量为正，势能为负

sobereva

哪有这么脆弱 发表于 2021-8-13 13:42
抱歉抱歉，社长打错勒，是总能量为正，势能为负

mdp看不出有明显问题
应该正常

k64_cc

如果你跑liquid benzene，你会惊喜地发现总能量和势能全是正的。有机物盒子这样挺正常的，不要慌。

哪有这么脆弱

好的  谢谢各位老师