Gromacs并行计算中MPI与OPENMP的问题

tobeant

最近，同事帮忙在linux系统下编译了Gromacs-4.6.7，发现并行计算时存在WARNING，请求各位帮忙解决，谢谢。采用pbs脚本提交单节点并行作业，计算节点共包含12cpu，12线程
命令形式为 mpirun -machinefile $PBS_NODEFILE -np 12 mdrun_mpi -deffnm nvt


输出文件中出现WARNING，但并不影响作业运行：
“
Using 12 MPI processes
Using 12 OpenMP threads per process

WARNING: Oversubscribing the available 12 logical CPU cores with 144 threads.
                  This will cause considerable performance loss!
"
如果不用pbs，直接在管理节点用”mdrun_mpi -deffnm nvt“进行计算，则显示
”
Using 1 MPI processes
Using 24 OpenMP threads per process
“
管理节点没有关闭超线程，所以有24个线程，计算速度是24个线程并行的速度

如果用pbs脚本指定计算节点中一个cpu计算，则输出
”
Using 1 MPI processes
Using 1 threads per process
”
计算速度是一个线程的速度


不知道并行中出现的WARNING是什么原因，对计算速度影响有多大？谢谢各位。

ruanyang

应该是 满负荷 运行 会造成 计算效率的下降。改成 8 CPU 12 线程  试试计算速度是否满足需求！

bluewhale

是什么机器有12cpu，12线程 per CPU？

tobeant

ruanyang 发表于 2015-12-30 19:30
应该是 满负荷 运行 会造成 计算效率的下降。改成 8 CPU 12 线程  试试计算速度是否满足需求！

cpu数可以用mdrun_mpi -np更改，线程数怎么改呢？

tobeant

bluewhale 发表于 2015-12-30 20:26
是什么机器有12cpu，12线程 per CPU？

Gromacs这么输出的，感觉很奇怪， 集群一个计算节点有2个cpu，一个cpu有6个核，一个核有2个线程，这样总共有24个超线程，后来管理员关闭了超线程，每个节点就只能用12个核数并行，我自己也不是很懂，帖子里交代的不是太清楚，见谅。