批量提交Gaussian任务至pbs队列的脚本

tiandikuoyuan · 发表于 Post on 2021-3-20 09:13:43

最近尝试使用PBS作业管理系统对Gaussian作业进行排队管理，参考论坛的一些脚本，尝试写了个批量提交Gaussian任务的脚本，单节点任务提交没有问题。

脚本会首先创建一个pbs.sh脚本，里面的参数可以按照实际情况自行修改，包括任务名称、核心数、内存、队列名称；注意某些符号需要使用\转义，如$
该脚本会自动读取当前文件夹下的所有gjf文件名称，然后对pbs脚本里面的Gaussian文件名称进行替换操作，通过qsub命令提交至PBS队列
pbs脚本会被自动创建，不需要单独准备，因此只需一个bash g.sh命令即可提交当前文件夹下的所有gjf文件

#!/bin/bash
cat > pbs.sh << EOF
#PBS -N Gaussian
#PBS -o job.log
#PBS -e err.log
#PBS -l nodes=1:ppn=12
#PBS -l mem=24000mb
#PBS -q normal
#PBS -j oe
cd \$PBS_O_WORKDIR
INPUT_NAME=1 ##这里输入文件名，不含拓展名##
g09 \$INPUT_NAME.gjf
wait
formchk \$INPUT_NAME.chk
EOF
for inf in *.gjf
do
name="INPUT_NAME="${inf%.*}
sed -i -r "s/(INPUT_NAME=)[^#]*/$name /" pbs.sh
qsub pbs.sh
echo ${inf} has been submitted
done

复制代码

g.sh (435 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 126)

abin · 发表于 Post on 2021-3-20 09:30:00

本帖最后由 abin 于 2021-3-20 09:34 编辑

我机器上也有一个。

输入文件堆进去，
bash run-me.sh
就搞定了。
啥都不需要修改。

会问一下，当前目录中只有输入，
没有之前的输出吗？

%mem
%cpu
都不用写。
思路和你类似的。
不过用了一个basename 而已。

用一下子提交数百个计算之类的。

tiandikuoyuan · 发表于 Post on 2021-3-20 09:43:15

abin 发表于 2021-3-20 09:30
我机器上也有一个。

输入文件堆进去，

个人会把不同的计算内容是放在不同的文件夹中，因此不会判断当前文件夹中的gjf文件是否已经被计算过，其实也可以添加一个判断条件；
%mem%cpu我是依据Gaussian安装文件夹中的Default.Route来设置的，不需要在gjf里面添加，其实也不需要在pbs里面设置；
同时提交数百个计算只能在集群上了，单机那得算到什么时候。

心向暖阳 · 发表于 Post on 2021-3-20 09:56:31

abin 发表于 2021-3-20 09:30
我机器上也有一个。

输入文件堆进去，

请问一下我们集群的pbs系统有个节点坏了比如说是node2
在pbs脚本中可以怎么指定将任务不投到node2上面呢

abin · 发表于 Post on 2021-3-20 12:29:10

心向暖阳发表于 2021-3-20 09:56
请问一下我们集群的pbs系统有个节点坏了比如说是node2
在pbs脚本中可以怎么指定将任务不投到node2上面 ...

节点故障，
系统就不会派任务呀。

手动屏蔽某个节点，
每个调度系统，语法不同。

心向暖阳 · 发表于 Post on 2021-3-20 17:13:59

abin 发表于 2021-3-20 12:29
节点故障，
系统就不会派任务呀。

这个节点只是不能算高斯，其他都能用，所以一直没修过~~~
PBS的系统呢

abin · 发表于 Post on 2021-3-20 20:04:58

心向暖阳发表于 2021-3-20 17:13
这个节点只是不能算高斯，其他都能用，所以一直没修过~~~
PBS的系统呢

我也是翻手册，
你自己翻吧。

心向暖阳 · 发表于 Post on 2021-3-21 10:10:19

abin 发表于 2021-3-20 20:04
我也是翻手册，
你自己翻吧。

好的谢谢您

123qwertybobo · 发表于 Post on 2021-3-23 22:29:21

你这样会有一个问题，如果有一个输入文件是错误的，你还能敲么？所以要加一个判断，对应名字的log是否存在。若无，则提交。否则pass。你既然用了for inf in *.gjf，inf变量里就是你想要的，再输入名字多此一举。另外，可以搞一个sub命令，然后给单独的gjf添加执行文件。

tiandikuoyuan · 发表于 Post on 2021-3-24 08:26:13

本帖最后由 tiandikuoyuan 于 2021-3-24 08:44 编辑

123qwertybobo 发表于 2021-3-23 22:29
你这样会有一个问题，如果有一个输入文件是错误的，你还能敲么？所以要加一个判断，对应名字的log是否存在 ...

变量名称里面包含了后缀，chk文件转换时有些不方便，因此单独生成了一个变量；后来重新写了判断语句，包括是否提交成功、文件是否已经计算过、计算完成，这些信息会自动写入到log文件。我个人现在是把脚本路径写入到环境变量，这样可以无论在哪个文件夹只要输入脚本名称就可以自动提交任务，不需要每次都复制脚本，并且保存了log信息，包含了时间和文件具体位置。

#!/bin/bash
for inf in *.gjf
do
cat > pbs.sh << "EOF"
#PBS -N Gaussian
#PBS -l nodes=1:ppn=12
#PBS -l mem=24000mb
#PBS -q normal
#PBS -j oe
cd $PBS_O_WORKDIR
INPUT_NAME=1 ##这里输入文件名，不含拓展名##
g09 $INPUT_NAME.gjf
wait
formchk $INPUT_NAME.chk
echo `date +"%Y-%m-%d %H:%M:%S"` job has been completed! >> /home/gaussian/pbs.log
EOF
path=$(cd "$(dirname "$inf")";pwd)
if [ ! -f ${inf//gjf/log} ]; ##判断gjf文件是否存在对应的log文件
then
name="INPUT_NAME="${inf%.*}
filename="$path/$inf"
sed -i -r "s/(INPUT_NAME=)[^#]*/$name /" pbs.sh
sed -i -r "s?job?$filename?" pbs.sh ##替换pbs.sh中文件路径
qsub pbs.sh
echo `date +"%Y-%m-%d %H:%M:%S"` ${path}/${inf} has been submitted! >> /home/gaussian/pbs.log
else
echo `date +"%Y-%m-%d %H:%M:%S"` ${path}/${inf} has been calculated! >> /home/gaussian/pbs.log
fi
done
rm -f pbs.sh

复制代码

123qwertybobo · 发表于 Post on 2021-3-24 22:04:29

tiandikuoyuan 发表于 2021-3-24 08:26
变量名称里面包含了后缀，chk文件转换时有些不方便，因此单独生成了一个变量；后来重新写了判断语句，包 ...

如果你知道“${inf%.gjf}”的话，那么可以简化你的shell。且看我的sh。
#!bin/bash
for inf in *.gjf
do
echo -e "#PBS -N Gaussian\n#PBS -l nodes=1:ppn=12\n#PBS -l mem=24000mb\n#PBS -q normal\n#PBS -j oe\ng09 ${inf}\nwait\nformchk ${inf%.gjf}.chk" >> ${inf%.gjf}.pbs
done

Zhuoran · 发表于 Post on 2021-10-30 23:39:09

请问如果PBS请求核心数与Gaussian 输入文件请求的核心数不一致，是以PBS的为准吗？
比如
#PBS -l nodes=1:ppn=12
gjf里面%nprocshared=20

Zhuoran · 发表于 Post on 2021-10-30 23:45:06

Zhuoran 发表于 2021-10-30 23:39
请问如果PBS请求核心数与Gaussian 输入文件请求的核心数不一致，是以PBS的为准吗？
比如
#PBS -l nodes=1 ...

比如我pbs请求两个8核任务（gjf内部写的请求13核），我提交之后pestat下面显示的是两个8核的任务，

| node | state | ncpu | ngpu | mem | tasks | jobid/user:task |
+-------------+---------+--------+--------+-------+---------|-------------------+
| mgr | free | 112 | 0 | 376Gb | 16 | 33/test:8 34/test:8

但是top里面显示的就是两个1300%的CPU任务。
用PBS请求资源一般应当怎么管理？

abin · 发表于 Post on 2021-10-31 00:12:28

Zhuoran 发表于 2021-10-30 23:45
比如我pbs请求两个8核任务（gjf内部写的请求13核），我提交之后pestat下面显示的是两个8核的任务，

| ...

未开启/未支援cgroup限定,
这种调度系统形同虚设.

工作正常的调度系统是,
申请了4个CPU,
写4个MPI进程, 看到4个进程, 各100%;
写8个MPI进程, 看到8个进程, 各50%.

在正常的调度系统下, 用户实际进程数量和PBS限定不一致的时候,
用户只能在系统分派的资源上, 祸害自己,
不会殃及其他用户.

Zhuoran · 发表于 Post on 2021-10-31 15:42:22

abin 发表于 2021-10-31 00:12
未开启/未支援cgroup限定,
这种调度系统形同虚设.

不好意思请问大神能否指点一下怎么操作这个？我在网上查的云里雾里。我看到我的cproup状态是

[root@mgr]# cat /boot/config-3.10.0-957.el7.x86_64 | grep CGROUP
CONFIG_CGROUPS=y
# CONFIG_CGROUP_DEBUG is not set
CONFIG_CGROUP_FREEZER=y
CONFIG_CGROUP_PIDS=y
CONFIG_CGROUP_DEVICE=y
CONFIG_CGROUP_CPUACCT=y
CONFIG_CGROUP_HUGETLB=y
CONFIG_CGROUP_PERF=y
CONFIG_CGROUP_SCHED=y
CONFIG_BLK_CGROUP=y
# CONFIG_DEBUG_BLK_CGROUP is not set
CONFIG_NETFILTER_XT_MATCH_CGROUP=m
CONFIG_NET_CLS_CGROUP=y
CONFIG_NETPRIO_CGROUP=y

是要创建一个组之类的东西吗？

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[Gaussian/gview] 批量提交Gaussian任务至pbs队列的脚本

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