计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 8196|回复 Reply: 7
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 如何获得G3/99 set所有分子的SMILES等信息

[复制链接 Copy URL]

48

帖子

0

威望

4932

eV
积分
4980

Level 6 (一方通行)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
请问大家,如何获得G3/99 set中所有分子的SMILES、CAS号、mol文件等信息?谢谢。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125204

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2021-8-21 13:53:59 | 只看该作者 Only view this author
把G3测试集原文里的分子式放pubchem、chemspider上一搜就有
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

48

帖子

0

威望

4932

eV
积分
4980

Level 6 (一方通行)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-21 15:45:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-8-21 13:53
把G3测试集原文里的分子式放pubchem、chemspider上一搜就有

谢谢回复。请问有一次性获取所有分子SMILES的方法吗?是不是只能自己爬取?

1665

帖子

5

威望

4788

eV
积分
6553

Level 6 (一方通行)

喵星人

4#
发表于 Post on 2021-8-21 22:55:57 | 只看该作者 Only view this author
自己爬/找别人爬好的,反正总要有人爬,或者找作者要

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125204

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2021-8-22 01:45:57 | 只看该作者 Only view this author
iuhgnor 发表于 2021-8-21 15:45
谢谢回复。请问有一次性获取所有分子SMILES的方法吗?是不是只能自己爬取?

总共也没多少分子,在你犹豫的时候手动操作都弄完了,也就一个小时的事
你也可以google试图找别人搞好的文件包下载,然后写脚本调用openbabel之类的批量处理,但如果你不熟悉脚本编写和openbabel,这个过程花的时间比你手动一个个操作可能更多
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

48

帖子

0

威望

4932

eV
积分
4980

Level 6 (一方通行)

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-23 08:43:58 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2021-8-21 22:55
自己爬/找别人爬好的,反正总要有人爬,或者找作者要

谢谢回复

48

帖子

0

威望

4932

eV
积分
4980

Level 6 (一方通行)

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-23 08:46:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-8-22 01:45
总共也没多少分子,在你犹豫的时候手动操作都弄完了,也就一个小时的事
你也可以google试图找别人搞好的 ...

我之前没Google到,我再试试

7

帖子

0

威望

1339

eV
积分
1346

Level 4 (黑子)

8#
发表于 Post on 2021-8-24 08:14:54 | 只看该作者 Only view this author

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-27 06:18 , Processed in 0.175852 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list