千兆网集群无法满足Gaussian 16单节点并行？

djjj148

自搭的小集群，登录节点24核E5-2678 v3 * 1，计算节点56核Platinum 8173M *1(暂时只弄一个)，NIS + NFS + PBS调度。其中登录节点用的硬盘是1个500G和1个4T的SATA

1. [root@master ~]# lsblk
   
2. NAME            MAJ:MIN RM   SIZE RO TYPE MOUNTPOINT
   
3. sda               8:0    0 465.8G  0 disk
   
4. ├─sda1            8:1    0     1G  0 part /boot
   
5. └─sda2            8:2    0 464.8G  0 part
   
6.   ├─centos-root 253:0    0    50G  0 lvm  /
   
7.   ├─centos-swap 253:1    0     4G  0 lvm  [SWAP]
   
8.   └─centos-home 253:2    0 410.8G  0 lvm  
   
9. sdb               8:16   0   3.7T  0 disk /home

复制代码

计算节点的系统盘用的是PM981 1TB固态(之前买这机子还没想装集群，装集群时忘记换到登录节点上了)

开始时用百兆网，测试Gaussian 16普通DFT单点(70原子有机体系)，56核机子单机跑3min，用PBS调度却耗时高达44min。
更换到千兆网后(通过scp测试确实传输速率达到了110M/s左右)，原本44min降低到了4min，但还是比单机慢了不少。于是使用190原子的体系并提高基组，方法，单机算单点需要240min，换用PBS单节点并行后竟然需要440min才能跑完，而且在使用集群测试190原子的单点期间，在登录节点上使用vi， mkdir等基本命令都明显感到卡顿。另外，还测试了VASP和CP2K，发现它们在百兆网下的单节点并行的计算速度和单机差不太大，只有Gaussian换了千兆网还差那么多，而且这还只是一台计算节点，如果多台计算节点一起在单节点内跑Gaussian，千兆网的传输速率就那么多，平分后应该更慢吧。这和我之前看到的经验贴不太一样，引用一下论坛内大神的原话：

单节点多核心并行计算，磁盘读写不敏感，比如Gaussian16 DFT计算。千兆网络+每台机器普通机械硬盘。这种计算，主要写内存。

当然，我这绝不是质疑大神的话的正确性，只是我作为一个集群新手，用了千兆网络+普通机械硬盘后发现效率没达到预期，觉得自己的配置出现了问题，故来求助下各位：我这种情况是哪个地方出现了问题？


补充一下：登录节点的网口1和计算节点通过千兆交换机连接局域网。登录节点的网口2通过百兆交换机连接互联网，登录节点的BMC也是连接这个百兆交换机。


真诚求助，谢谢各位！

hebrewsnabla

Gaussian的单节点并行并不需要用到网络

abin

单节点多核心并行计算，磁盘读写不敏感，比如Gaussian16 DFT计算。千兆网络+每台机器普通机械硬盘。这种计算，主要写内存。
这应该是我本人讲的.

你集群配置不当.
看书、看教程自己捣鼓吧.
鄙人的一些在其他科研平台的讲座视频也可以仔细做一下听读理解.

楼上说的对, 单节点做高斯多核心并行计算, 和网络没有关系.

如果并行计算用到网络了, 那么只要是以太网, 无论是千兆, 万兆, 都不行.
推荐用IB, 否则就别太期望有理想的并行效率了.

biogon

你这是计算的临时文件都在登录节点上放着？

djjj148

biogon 发表于 2021-8-19 08:37
你这是计算的临时文件都在登录节点上放着？

应该是的。
Gaussian的临时文件目录被设置为$HOME/opt/g16/scratch,而登陆节点的/home是NIS的共享目录。或许是因为这样才导致了单节点计算使用网络了吧。可能把Gaussian的临时文件目录改成计算节点的本地目录就可以？

pwzhou

单节点并行原则上和网络速率无关，除非你把Gaussian的临时文件和输出文件都写在了通过NFS共享的主节点的硬盘上了，尤其是临时文件。

biogon

djjj148 发表于 2021-8-19 09:23
应该是的。
Gaussian的临时文件目录被设置为$HOME/opt/g16/scratch,而登陆节点的/home是NIS的共享目录。 ...

频繁读写的数据当然要放在本机上

djjj148

谢谢各位的解答，我照着这思路去修改一下。