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[GROMACS] 求助:关于蛋白配体MD的设置问题

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本帖最后由 溪临昭煌 于 2021-8-25 10:18 编辑

各位老师好,我用autodock vina进行了酶和底物的对接,想用gromacs对酶——底物体系进行MD模拟以便进行MMPBSA运算,但是根据看的文献里,这种MD模拟有多种方式:1.固定酶的NPT模拟
2.固定底物的NPT模拟
3.不作任何限制的NPT模拟
请问各位老师:
1.如果我想计算mmpbsa应该用那种方法?

2.如果我想修正对接结果,使得对接更符合现实中的共晶构象,应该用哪种方法?
ps.我使用方法3的时候发现底物和酶的结合方法比初始状态更加不符合预期

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发表于 Post on 2021-8-25 10:26:04 | 只看该作者 Only view this author
都不需要固定。我不知道你说的预期是怎么来的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-25 11:39:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-8-25 10:26
都不需要固定。我不知道你说的预期是怎么来的

谢谢sob老师回复。我的预期是“这类酶的底物的某个部分在解晶体结构后必定在同一位置”,但是MD时发现这一部分会越来越远离这部分。

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发表于 Post on 2021-8-25 11:42:55 | 只看该作者 Only view this author
要么模拟有问题(力场、原子电荷、模拟参数...),要么预期的本来就是错的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-25 21:18:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-8-25 11:42
要么模拟有问题(力场、原子电荷、模拟参数...),要么预期的本来就是错的

谢谢sob老师,我检查一下参数去

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发表于 Post on 2021-8-31 15:29:44 | 只看该作者 Only view this author
溪临昭煌 发表于 2021-8-25 11:39
谢谢sob老师回复。我的预期是“这类酶的底物的某个部分在解晶体结构后必定在同一位置”,但是MD时发现这 ...

可以延长MD时间,或者多跑几个看看

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-31 22:20:34 | 只看该作者 Only view this author
Tonycjlu 发表于 2021-8-31 15:29
可以延长MD时间,或者多跑几个看看

谢谢老师,但是我的状态是随着时间延长,越来越远离,延长时间有可能靠近原来的构象吗?

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