如何分析气液界面分子取向

MD萌新

1. 想了解气体分子如 SO2 在 H2O 表面的分子取向问题，目前已知可以自己编程 “分子的角平分线与 z 轴的夹角统计平均 ” 得到，可是自己对编程比较陌生，不知道是否有大神能提供脚本供参考学习，或者有其它软件能实现分子取向的分析吗？
2. 想了解 SO2 分子的 O 或 S 原子,是先与 H2O 的 H 接触，还是与 H2O 的 O 接触，是需要在问题 1 的基础上编程修改代码对吗？

不知道有没有什么其它软件可以实现我这两个问题，希望能得到大家的建议，
如能有大神指点，将感激不尽！！

sobereva

没那么多现成的脚本。做MD不会自己写分析脚本寸步难行，这关必须过。北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里全面介绍怎么写VMD脚本做轨迹分析

对于H2O，倒是可以把轨迹转成GROMACS的，借用GROMACS里h2order工具考察水的偶极矩与特定方向的夹角。

MD萌新

sobereva 发表于 2022-11-17 19:01
没那么多现成的脚本。做MD不会自己写分析脚本寸步难行，这关必须过。北京科音分子动力学与GROMACS培训班（h ...

好的，谢谢sob老师