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[GROMACS] 用不同gro文件做输入得到的测试粒子插入(test particle insertion, tpi)结果不同?

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本帖最后由 Alset 于 2021-9-3 10:50 编辑

各位老师们好,

在使用GROMACS时,用不同gro文件做输入得到的测试粒子插入(test particle insertion, tpi)产生了不同的结果,具体的测试如下图:
(prd = production run, mu = excesss chemical potential, ext = extended)


其中,在对延伸模拟做tpi时我使用了3种gro文件,分别为gro(第一次prd产生的)、ext-gro(延伸模拟产生的)以及gro*(将gro最后一行的盒尺寸改得和ext-gro完全一样)。
不难发现:
一、使用gro与两段连续关系的轨迹(xtc & ext-xtc)做tpi时得到了相近的结果为mu1、mu2
二、使用不同的gro(gro & ext-gro)对同一段轨迹(ext-xtc)做tpi时得到了差别较大的结果mu2、mu3
三、使用盒尺寸相同,但来源不同的gro,对同一段轨迹做tpi时得到了相近的结果mu3、mu4
因此我们很容易将产生上述“二”结果的原因归咎于GROMACS无法正确地使用xtc的体积(盒子尺寸),因为gro文件所扮演的角色仅为表明测试粒子的存在,而并不应该提供坐标、盒尺寸等信息。
为了验证这点,我取用先前所作一测试xvg文件部分数据进行了验算:

其中,最后两列标红的数字分别为用V=Vgro以及V=Vxtc计算的结果,发现其实GROMACS能正确地使用轨迹中的体积来计算mu,所以我想是否可能是GROMACS在计算势能U时错误地使用了gro文件末尾的体积而非轨迹体积的三分之一次方作为盒子尺寸呢?因为这可能会影响到周期性边界条件,进而影响到U与mu。
但这点无从测试验算,因为测试粒子的插入是随机的,
所以我想请问各位老师,是否有遇到过类似的情况?以及上述情况的出现是否可能有别的原因?

谢谢!


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