五十万左右原子的体系g_mmpbsa计算结合能出现错误

朱莉 · 发表于 Post on 2021-4-21 21:27:36

大家好，我在计算五十万左右原子的体系的结合能的时候产生图中所示错误。已经在虚拟机上，和两台GPU加速的服务器上试过，服务器之前也算过差不多大体系的结合能，是没有问题的。请问这种情况还可能是什么原因导致的呢？

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-21 21:44:43

如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“分子动力学模拟——结合能计算”改了，以后务必注意

pwzhou · 发表于 Post on 2021-4-21 22:21:55

错误提示是：你要做一个并行的mg-para的计算，但是你的程序APBS是没有用mpi编译的，所以无法并行运行。

朱莉 · 发表于 Post on 2021-4-24 12:08:45

本帖最后由朱莉于 2021-4-24 12:13 编辑

pwzhou 发表于 2021-4-21 22:21
错误提示是：你要做一个并行的mg-para的计算，但是你的程序APBS是没有用mpi编译的，所以无法并行运行。

好的，感谢。虽然听不太懂的样子，我去查一下看看能不能解决。

蓝沐轩_lemshine · 发表于 Post on 2021-4-24 17:53:57

你好我想问一下你的体系50w原子，怎么选择的力场呢？用gpu加速的话大概一天能跑多少ns呢，如果mpi并行的话一天能跑多少呢？因为我的体系也很大，特来请教一下您！谢谢

朱莉 · 发表于 Post on 2021-8-26 13:00:35

蓝沐轩_lemshine 发表于 2021-4-24 17:53
你好我想问一下你的体系50w原子，怎么选择的力场呢？用gpu加速的话大概一天能跑多少ns呢，如果mpi并行的 ...

您好，力场选的是AMBER99SB-ILDN,centos系统上并行一天跑13ns左右，而ubantu系统上一天在18ns。

蓝沐轩_lemshine · 发表于 Post on 2021-9-4 15:12:27

朱莉发表于 2021-8-26 13:00
您好，力场选的是AMBER99SB-ILDN,centos系统上并行一天跑13ns左右，而ubantu系统上一天在18ns。

您好因为我体系跟你差不多，算mmpbsa的时候跟您出现一样的报错，请问您最后解决了嘛

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[GROMACS] 五十万左右原子的体系g_mmpbsa计算结合能出现错误