如何获取TFSI-的OPSLAA拓扑文件？

stuy · 发表于 Post on 2020-11-2 20:18:44

本帖最后由 stuy 于 2020-11-2 20:24 编辑

初学分子动力学，最近想用Mg(TFSI)2的THF溶液体系练习Gromacs的使用。
在ATB上下载了TFSI-和THF的pdb文件，想放到TPPmktop里生成itp文件。THF的itp文件很容易就生成了，但是TFSI-的itp文件不能生成，看TPPmktop的输出说有一些原子识别不出来，请问各位老师这种情况应该怎么办？

TFSI_TPPmktop.txt (411.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

TFSI2.pdb (1.76 KB, 下载次数 Times of downloads: 42)

THF2.rtp (1.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

THF2.itp (6.18 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

THF2.pdb (1.57 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

另外还有几个小问题，小分子的pdb文件里残基名称那一列（第4列）应该怎么填写？从atb上下载的pdb文件第4列感觉是乱的，想用pdb2gmx转成itp文件时总是报错残基拓扑不存在，可以直接修改residuetype.dat文件解决这个问题吗？pdb文件里的第4列和itp文件中[atoms]下的第4列不统一会有问题吗？
请各位老师多多指教，非常感谢！

SherryLiu · 发表于 Post on 2020-11-3 05:06:07

OPLS_AA 用这个网站： http://zarbi.chem.yale.edu/ligpargen/index.html

stuy · 发表于 Post on 2020-11-3 09:45:02

SherryLiu 发表于 2020-11-3 05:06
OPLS_AA 用这个网站： http://zarbi.chem.yale.edu/ligpargen/index.html

这个网站也会报错找不到残基

紫丹渡津 · 发表于 Post on 2020-11-3 12:39:04

本帖最后由紫丹渡津于 2020-11-3 12:53 编辑

从这里下载就可以：https://github.com/orlandoacevedo/IL，多种离子液体的阴阳离子都有。

joker · 发表于 Post on 2021-9-5 10:15:41

你好，请问您得到TFSI的OPLS的top了吗

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