gmx energy中pV项的能量是怎么计算得到的？

fwan1006 · 发表于 Post on 2021-9-6 17:26:19

老师们好！

最近用gromacs计算体系的焓变，发现和NIST中数据库给的对不上，因此想要研究一下gromacs的计算细节，然后我用gmx energy读取了一次NPT模拟的结果：

然后我又把这个逐帧的数据文件拿出来放到excel看了下：

...

发现gmx energy读的数据都是这些性质列的时间平均，都能对的上。

但是我存在的一个问题就是这个pV项是怎么计算出来的，和前面的这个pressure，volume项有实际的对应关系吗？
请问有人能帮助解答一下吗？万分感谢

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-6 17:33:59

不要自己在标题里写【求助】标签，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。给你去掉了

fwan1006 · 发表于 Post on 2021-9-6 17:36:41

sobereva 发表于 2021-9-6 17:33
不要自己在标题里写【求助】标签，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。给你去掉了

好的，我会注意的。

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-6 17:42:35

mdrun在运行中，会把每一步的数据都考虑得到edr文件里直接记录的平均值。而你手动根据xvg文件里的数据取平均，只是把edr里记录的那些帧的数据取平均，对于诸如压力、pV这种波动很大的量，结果会和gmx energy直接提取的平均值相差很大。你截图里已经体现出对xvg里的数据取平均的压力和gmx energy直接给的平均压力明显不符

fwan1006 · 发表于 Post on 2021-9-6 20:41:06

sobereva 发表于 2021-9-6 17:42
mdrun在运行中，会把每一步的数据都考虑得到edr文件里直接记录的平均值。而你手动根据xvg文件里的数据取平 ...

不好意思老师，我之前那张图片放错了，它们是能对应的上的

各项性质逐帧的时间平均值就是gmx energy给出的值，问题还是在这个pV值不知道怎么和pressure 还有 volume 对应上

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[GROMACS] gmx energy中pV项的能量是怎么计算得到的？

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