求助： Schrödinger选择特定氨基酸残基得不到想要构象

HNUST

大佬们，我是本科生自学的Schrödinger，如果哪里不对请多多指教
1.目前已知底物要与口袋里的哪些氨基酸残基相互作用，但是却总是对接出明显错误的结果，即使产生了很多构象也没有接近的。
2.做诱导契合对接（IFD)的前提是必须使用已经对接成功的对接文件吗？
3.有一系列的酶，他的的底物都不是能量最小化（结构中具有较长的烷烃尾吧），而且离能量最小化比较远，我怎样知道他们这些底物的折叠方式？我现在已有一个化合物，怎样让他按照那个折叠方式进行折叠？

sobereva

1 我不用这个程序，不便评论。可尝试改用最主流的autodock Vina，以及结果好且简单易用的Ledock

2 对接过程自然而然就会考虑配体的柔性，采样不同构象