求助，md结果作图有关

5撇到3撇 · 发表于 Post on 2021-9-23 22:42:11

查文献的时候看到这样的图，想问一下老师，这种图是用哪个命令做的？谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-24 08:31:58

没有现成的命令，需要自己算出来图片对应的原始数据，整理后用诸如Origin、matplotlib之类作图

5撇到3撇 · 发表于 Post on 2021-9-24 22:38:27

sobereva 发表于 2021-9-24 08:31
没有现成的命令，需要自己算出来图片对应的原始数据，整理后用诸如Origin、matplotlib之类作图

谢谢老师回复！还想请教一下，gmx怎么统计不同时间的残基接触次数呢？

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-25 07:23:31

5撇到3撇发表于 2021-9-24 22:38
谢谢老师回复！还想请教一下，gmx怎么统计不同时间的残基接触次数呢？

“残基接触次数”我不知道你要怎么定义
gmx mindist有一些相关的分析，你可以看看help

5撇到3撇 · 发表于 Post on 2021-9-25 23:51:22

sobereva 发表于 2021-9-25 07:23
“残基接触次数”我不知道你要怎么定义
gmx mindist有一些相关的分析，你可以看看help

好的，谢谢老师回复！

5撇到3撇 · 发表于 Post on 2021-9-27 10:21:38

5撇到3撇发表于 2021-9-24 22:38
谢谢老师回复！还想请教一下，gmx怎么统计不同时间的残基接触次数呢？

老师，如果是想统计配体与每个残基的氢键接触次数，是要自己写脚本统计吗？gmx_hbond好像不可以(⊙﹏⊙)

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-27 10:33:12

5撇到3撇发表于 2021-9-27 10:21
老师，如果是想统计配体与每个残基的氢键接触次数，是要自己写脚本统计吗？gmx_hbond好像不可以(⊙﹏⊙)

是
考察接触次数没多大实际意义，通常考察的是氢键存在的百分比（满足氢键判据的帧数除以模拟总帧数）

5撇到3撇 · 发表于 Post on 2021-9-27 14:24:35

sobereva 发表于 2021-9-27 10:33
是
考察接触次数没多大实际意义，通常考察的是氢键存在的百分比（满足氢键判据的帧数除以模拟总帧数）

好的谢谢老师，我再研究研究

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