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[GROMACS] CP2K跑出来的pdb轨迹文件能否在GROMACS里进行后分析处理

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是这样的,我的老师让我学GROMACS,然后交给我了一个他用cp2k跑出来的pdb轨迹文件,让我用GROMACS做一些分析,具体这个轨迹文件是络合物SnFOH3在溶剂中的轨迹,那我假如说想得到Sn-F间距离随时间的变化关系,那么只用这一个pdb文件可以做到吗?具体又应该怎么写呢?
轨迹文件太大了,我截图了最后一步的一部分,一共是30000步

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发表于 Post on 2024-8-22 10:29:02 | 只看该作者 Only view this author
把pdb轨迹文件载入VMD,参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)讲VMD的这页ppt得到特定的原子间距离随时间的变化

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-22 15:24:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-8-22 10:29
把pdb轨迹文件载入VMD,参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_co ...

好的,谢谢sob老师,那我想问一下如果不用VMD,只用GROMACS可以办到吗?

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发表于 Post on 2024-8-23 09:07:10 | 只看该作者 Only view this author
ZQing 发表于 2024-8-22 15:24
好的,谢谢sob老师,那我想问一下如果不用VMD,只用GROMACS可以办到吗?

可以
用VMD省事得多
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-23 10:48:40 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,那用GROMACS里的distance语句的话,怎么把想测量的两个原子表示出来呢
我看到手册上有两个命令-selrpos和-seltype ,这两个命令怎么用呢,或者是用-select命令吗,那select又怎么用呢

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