对NPT系综下integrator= md / md-vv的疑问

冬至112 · 发表于 Post on 2021-9-28 19:09:49

本帖最后由冬至112 于 2021-9-28 19:12 编辑

gromacs manual中提到：“ For pressure control simulations where the fine details ofthe thermodynamics are important, only velocity Verlet allows the true ensemble to be calculated.”
也就是说有 ‘pcoupl’ 时，integrator 不该为 ‘md’.
但gromacs tutoial 的 md.mdp （http://www.mdtutorials.com/gmx/lysozyme/Files/md.mdp）却有 ‘integrator = md’ 和 ‘pcoupl = Parrinello-Rahman ’的组合；
以及gromacs_manual 2021.2里，p618 和 p426-427 也有这种组合出现：

到此我对npt时可否使用 ‘integrator = md ’完全不确定，希望懂的朋友给个解答。

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-29 10:58:14

‘pcoupl’ 时，integrator 不该为 ‘md’ 根本没这回事

冬至112 · 发表于 Post on 2021-9-29 11:15:50

本帖最后由冬至112 于 2021-9-29 11:38 编辑

sobereva 发表于 2021-9-29 10:58
‘pcoupl’ 时，integrator 不该为 ‘md’ 根本没这回事

感谢老师回复，
是说有pcoupl时，也未必是pressure controlled simulation吗？
或者说，同时有 ‘pcoupl ≠ no ’ 和 ‘integrator = md’, 表示一个不严格的npt系综，但也是个合理的模拟体系？只有很强调恒压时，才需要注意 ‘pcoupl ≠ no’ 和 ‘integrator = md-vv’ 吗？

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-29 12:05:11

冬至112 发表于 2021-9-29 11:15
感谢老师回复，
是说有pcoupl时，也未必是pressure controlled simulation吗？
或者说，同时有 ‘pcou ...

pcoupl设了压浴的时候当然是控压的MD
做MD的时候pcoupl ≠ no相当于固定了盒子尺寸，不用控压，显然不是NPT
integrator = md-vv不是主流做法，而且功能上有限制，没有特殊情况没必要用

冬至112 · 发表于 Post on 2021-9-29 14:03:16

sobereva 发表于 2021-9-29 12:05
pcoupl设了压浴的时候当然是控压的MD
做MD的时候pcoupl ≠ no相当于固定了盒子尺寸，不用控压，显然不是 ...

好的，谢谢老师

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 对NPT系综下integrator= md / md-vv的疑问

浏览过的版块