求助：为什么gromacs计算钠离子和钠离子的库伦相互作用是负值？

邱美佳

我模拟了一个氯化钠的水溶液体系，可是提取离子相互作用的时候发现钠离子和钠离子的库伦相互作用竟然是负值，很奇怪，不是应该是正值体现出相互排斥吗？这是什么原因造成的呢？

sobereva

检查一下组的定义是否正确

邱美佳

sobereva 发表于 2021-4-21 16:31
检查一下组的定义是否正确

卢老师，我在energygrps那里是这么定义组的 energygrps = NA CL  ，NA 和CL在索引文件里是有的，感觉没啥问题呀？

白也

试试加上长程的库伦力Coul.-recip.

邱美佳

白也 发表于 2021-4-21 21:19
试试加上长程的库伦力Coul.-recip.

请问在mdp 里如何添加长程的库仑力呢

白也

邱美佳 发表于 2021-4-22 09:26
请问在mdp 里如何添加长程的库仑力呢

可以根据轨迹重算相互作用，

体系中有A, B两种分子, 离子和水, 要计算A, B两种分子之间的相互作用

1. 使用 gmx trjconv将A, B的轨迹提取出来
gmx trjconv -f md.xtc -s md.tpr -n -o AB.xtc
2. 使用GMX的 rerun 方法, 重跑一遍轨迹, 计算AB体系中的相互作用.
首先需要AB体系的 AB.tpr文件, 所以先抽取一帧只含AB分子的构型

gmx trjconv -f md.gro -s md.tpr -n -o AB.gro
编辑拓扑文件, 只留下A和B, 保存为 AB.top, 然后生成tpr文件, 并重跑

gmx grompp -f md.mdp -c AB.gro -p AB.top -o AB.tpr
gmx mdrun -s AB.tpr -rerun AB.xtc -e AB.edr
此外, 要获得只含A和B的tpr文件, 使用gmx convert-tpr -n可能更方便.

3. 将轨迹中A组分和B组分的轨迹分别提取出来, 分别用上述方法重跑一遍轨迹, 分别得到A体系和B体系的能量
4. 使用 gmx energy 分析计算相互作用的能量

wrf666

你好，请问这个问题解决了么？我也遇到了类似的现象。