如何利用GMX获取不结合配体时的蛋白质结构？

NicoleDH · 发表于 Post on 2021-10-7 20:37:23

本帖最后由 NicoleDH 于 2021-10-7 22:36 编辑

大家好！我的蛋白只有复合物结构，没有不结合配体时的结构，所以我把复合物结构中的配体删除了，想利用GMX模拟，获取不结合配体时蛋白的结构。我用GMX模拟了1 微秒的时间，按照教程，用rms模块计算了骨架的均方根偏差，如下图。
大概320 ~ 450 ns时，这段看上去波动较小；500 ns后，rmsd的波动感觉还是挺大的，请教大家体系跑平衡了吗？如果平衡了，取最后的frame做为目的结构就行了嘛？

MD接触的比较少，还请各位老师多给点建议，谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-7 22:14:48

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“利用GMX获取空蛋白结构”改了，以后务必注意

没有“空蛋白”这种词，不要自己造

500ns之后已经基本平衡了，如果你是指蛋白在孤立状态下的结构，可以用这部分的

NicoleDH · 发表于 Post on 2021-10-7 22:46:49

sobereva 发表于 2021-10-7 22:14
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的，谢谢老师。我已经把不当的表述改过来了。
我想获取的是蛋白在不结合配体时的结构。还有一个问题想请教。500 ns之后基本平衡了的话，那我该取哪个frame作为我的目的结构呢？500 ns-1000 ns之间随意一个frame就行，还是取最后的一个frame？

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-7 23:20:39

NicoleDH 发表于 2021-10-7 22:46
好的，谢谢老师。我已经把不当的表述改过来了。
我想获取的是蛋白在不结合配体时的结构。还有一个问题想 ...

肉眼看看轨迹，或者每隔比如50ns叠加显示一次，如果差异不大，用哪个都可以。也可以做簇分析，取最大的簇里面的结构，相对来说最有代表性

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