sapt0能量分解计算出问题

呼啦啦boom

OMP: Warning #181: OMP_STACKSIZE: ignored because KMP_STACKSIZE has been defined
OMP: Warning #230: OMP_NUM_THREADS: Invalid symbols found. Check the value "N".
PSIO_ERROR: unit = 193, errval = 12
PSIO_ERROR: 12 (error writing to file)
Traceback (most recent call last):
  File "/root/psi4conda/bin/psi4", line 287, in <module>
    exec(content)
  File "<string>", line 123, in <module>
  File "/root/psi4conda/lib//python3.6/site-packages/psi4/driver/driver.py", line 556, in energy
    wfn = procedures['energy'][lowername](lowername, molecule=molecule, **kwargs)
  File "/root/psi4conda/lib//python3.6/site-packages/psi4/driver/procrouting/proc.py", line 3404, in run_sapt
    e_sapt = core.sapt(dimer_wfn, monomerA_wfn, monomerB_wfn)

RuntimeError:
Fatal Error: PSIO Error
Error occurred in file: /scratch/psilocaluser/conda-builds/psi4-multiout_1557940846948/work/psi4/src/psi4/libpsio/error.cc on line: 128
The most recent 5 function calls were:

psi::PSIO::rw(unsigned long, char*, psi::psio_address, unsigned long, int)
Printing out the relevant lines from the Psithon --> Python processed input file:

    core.set_global_option("SOSCF", "true")
    core.set_global_option("SOSCF_MAX_ITER", 50)
    core.set_global_option("SCF_TYPE", "DF")
    core.set_global_option("FREEZE_CORE", "True")
    core.set_global_option("BASIS", "jun-cc-pVDZ")
--> energy('sapt0')


求教一下,这个错误是什么原因,感谢万分!!!

sobereva

无非是输入文件不合理，或者运行的命令有误

先直接用Multiwfn产生SAPT任务输入文件，严格照着下文把例子跑一遍，弄清楚基本操作和输入文件的规范
使用PSI4做对称匹配微扰理论(SAPT)能量分解计算
http://sobereva.com/526（http://bbs.keinsci.com/thread-15902-1-1.html）

呼啦啦boom

sobereva 发表于 2020-7-8 02:30
无非是输入文件不合理，或者运行的命令有误

先直接用Multiwfn产生SAPT任务输入文件，严格照着下文把例子 ...

老师，您好！我的输入文件应该没有问题，因为我算过水分子，正常结束了，但是这个体系的话一共有92个原子，体系稍大一点，下面是我的输入文件
memory 4 GB

molecule dimer {
0 1
C     -6.24989759   -1.96759409   -0.28941347
C     -4.90203812   -2.38004024   -0.30994420
C     -4.54562465   -3.58263073   -0.90329157
C     -5.54104392   -4.38243904   -1.48102171
C     -6.86814574   -3.97613915   -1.46314110
C     -7.23162383   -2.76128146   -0.86646150
H     -3.50516373   -3.90399145   -0.92437020
H     -5.26012236   -5.32685382   -1.94794664
H     -7.64060868   -4.59807583   -1.91639716
C     -4.15354925    4.91605300   -1.14455273
C     -2.82673753    4.50932894   -1.17144013
C     -2.46008241    3.25059730   -0.67608596
C     -3.43868558    2.41617903   -0.15545002
C     -4.78625384    2.82897994   -0.12552860
C     -5.14504669    4.07490788   -0.62144010
H     -2.05749413    5.16463922   -1.58084021
H     -1.41836876    2.93316270   -0.70416414
C     -1.88653060    0.65609526    0.31574575
C     -1.87831062   -0.71682440    0.98196157
C     -2.63947677   -1.80157674    0.22142125
H     -1.54923781    0.60142350   -0.73199549
H     -2.44245451   -2.76551004    0.71433895
C     -7.04763462    2.21658437    0.41825629
C     -7.79438458   -0.23028542    0.32729635
C     -7.79392869    1.08059127    1.08402383
H     -7.20313145    3.15075296    0.97763800
H     -8.12743630   -0.09168871   -0.71370170
H     -7.40548857    0.92366294    2.10291988
O     -6.46719835   -0.76561118    0.31927909
O     -5.64852368    1.91568502    0.40836257
O     -4.03082015   -1.50731910    0.28271619
O     -3.21451002    1.16618111    0.35381515
H     -4.43748942    5.89448585   -1.53312287
H     -6.18492801    4.39815808   -0.60804053
H     -7.38558674    2.36381628   -0.61989869
H     -8.84145067    1.39686583    1.18733919
H     -8.46227559   -0.95154956    0.82046847
H     -8.27327035   -2.44377173   -0.86038161
H     -2.33082921   -1.86270406   -0.83376344
H     -1.21911126    1.32570723    0.88041708
O     -0.56430143   -1.14435812    1.24384541
H     -2.35679087   -0.60955132    1.96903556
C      0.33634698   -1.26028375    0.14194939
C      1.27442186   -0.06602792    0.02440814
C      1.93835931    0.32793689    1.34623791
C      2.58117963   -0.83479490    2.11162241
C      3.68862230   -1.60350125    1.37531465
C      5.10787275   -1.08051215    1.62117896
C      5.34825211    0.39100259    1.26719007
C      5.08636632    0.79579416   -0.18973173
C      6.22899149    0.55807393   -1.18163663
C      7.80435787   -1.39457544   -0.51646843
C      9.18168354   -1.23123323   -1.16804397
C      6.63632340   -0.91081282   -1.39061919
C      9.55896326    0.19808295   -1.57072426
C      9.74823795    1.17817683   -0.40103755
C     11.19844773    1.33922010    0.06058640
C     11.85988680    0.05144946    0.53814091
H      0.91968517   -2.17558068    0.32322949
H     -0.21322334   -1.41107163   -0.80055812
H      2.03364267   -0.33105951   -0.72967713
H      0.73673210    0.80501605   -0.38170967
H      2.67703145    1.11875319    1.14464919
H      1.17491231    0.78294840    1.99774145
H      2.98546049   -0.45253936    3.06456806
H      1.77845892   -1.53506356    2.39240158
H      3.66707562   -2.65506190    1.70143102
H      3.47547778   -1.62906998    0.29323378
H      5.33764210   -1.21106398    2.69253535
H      5.81706764   -1.72559934    1.08156040
H      4.71022799    1.00419238    1.92441232
H      6.38576633    0.65998241    1.53232062
H      4.17990025    0.28549271   -0.55797271
H      4.84953551    1.87206786   -0.21005093
H      5.92198952    0.98823216   -2.14827972
H      7.10481418    1.14300604   -0.85563962
H      5.75043015   -1.54509889   -1.22016774
H      6.91289519   -1.07036331   -2.44647023
H      7.67203303   -2.46297760   -0.28276798
H      7.78308500   -0.87135536    0.45384060
H      9.94481201   -1.63587031   -0.48449652
H      9.20893241   -1.86507435   -2.07070320
H     12.86975035    0.24708083    0.92740664
H     11.27499771   -0.42103272    1.34315189
H     11.78979637    1.76311051   -0.76864769
H     11.23002670    2.08450739    0.87149210
H      9.36921327    2.17122470   -0.69000682
H      9.13002827    0.86012709    0.45670170
H     10.49034941    0.16744288   -2.16203945
H      8.78790767    0.58037554   -2.25903148
H     11.95848755   -0.67954748   -0.27825659
--
1 1
Li    -4.84892786    0.19242096    0.78277047
}

set {
    soscf true
    soscf_max_iter 50
    scf_type DF
    freeze_core True
    basis jun-cc-pVDZ
}

sobereva

呼啦啦boom 发表于 2020-7-8 08:49
老师，您好！我的输入文件应该没有问题，因为我算过水分子，正常结束了，但是这个体系的话一共有92个原子 ...

直接上传文件，不要把内容贴出来

呼啦啦boom

老师，这是我的输入输出文件，麻烦您指教

sobereva

运行unset OMP_NUM_THREADS把此环境变量撤掉再试。我这里跑你的输入文件没问题。

不要随便把附件设那么高下载权限，本来也没什么隐秘的，更何况输入文件你之前都直接贴出来了。我已经把下载权限给撤了。

呼啦啦boom

sobereva 发表于 2020-7-13 11:55
运行unset OMP_NUM_THREADS把此环境变量撤掉再试。我这里跑你的输入文件没问题。

不要随便把附件设那么 ...

好的,谢谢老师

海人1213

请问你的问题解决了吗，我也和你碰到了一模一样的问题

sobereva

海人1213 发表于 2021-6-16 10:32
请问你的问题解决了吗，我也和你碰到了一模一样的问题

看PSI4临时文件目录的可用空间还够不够

dgwfly

sobereva 发表于 2021-6-16 10:36
看PSI4临时文件目录的可用空间还够不够

我在用sapt0 计算H2O和C54H18之间的能量的时候也遇到了PSIO_ERROR: 12 (error writing to file)这个问题，按照老师的方法改了之后确实解决了，算这样的体系大概需要200G的预留可用空间来写临时文件。
自己的电脑空间不够多，想请教一下，软件能有办法较少写临时文件的大小吗？

sobereva

dgwfly 发表于 2021-10-9 15:59
我在用sapt0 计算H2O和C54H18之间的能量的时候也遇到了PSIO_ERROR: 12 (error writing to file)这个问题 ...

没什么办法。加块几T的硬盘也花不了几个钱。经常做这类计算起码也应该有1T硬盘空间