求助，gromacs的轨迹文件读取、坐标处理和输出

pubertystory · 发表于 Post on 2019-12-23 03:25:15

请问各位老师，对gromacs的轨迹文件（如.trr和.xtc）进行处理，如修改轨迹文件中的坐标然后输出新的轨迹文件，主要是靠编写C/C++语言脚本程序进行吗？

现在我想对轨迹文件traj.xtc中的坐标进行如下处理：if(z > Rboxz) z -= Rboxz; if(z < 0) z += Rboxz.
请问应该怎样编写读取轨迹、处理坐标然后进行输出的程序呢？

之前我看了gromacs的轨迹分析框架和早先提供的xdr file，感觉描述的问题不是能很好解决，请问可以参考其他什么资料吗，我想学习一下gromacs的轨迹处理流程，然后对我的输出文件进行其坐标、分子位置上的处理。

sobereva · 发表于 Post on 2019-12-23 04:27:02

用这个，自己写代码处理
http://www.gromacs.org/Developer ... g_Guide/XTC_Library

用Fortran也可以：
https://github.com/kmtu/xdrfort

wuzhiyi · 发表于 Post on 2019-12-23 07:11:41

会写py的话可以用https://www.mdanalysis.org/
最近GSoC找人好好重写了一下文档应该看起来容易多了

liuyuje714 · 发表于 Post on 2019-12-23 08:14:00

这是我以前尝试过的，你可以参考。https://liuyujie714.com/47.html

pubertystory · 发表于 Post on 2020-1-2 15:47:41

谢谢啦，之前好像因为等级限制回不了贴，我最近正在学习尝试相关处理工作。

少年爱吃地三鲜 · 发表于 Post on 2020-1-2 20:54:07

liuyuje714 发表于 2019-12-23 08:14
这是我以前尝试过的，你可以参考。https://liuyujie714.com/47.html

你没给密码兄弟

Daniel_Arndt · 发表于 Post on 2020-1-3 01:53:38

liuyuje714 发表于 2019-12-23 08:14
这是我以前尝试过的，你可以参考。https://liuyujie714.com/47.html

你这篇博文已经加密了，无法查看。

liuyuje714 · 发表于 Post on 2020-1-3 10:04:52

少年爱吃地三鲜发表于 2020-1-2 20:54
你没给密码兄弟

链接放了几天了，感觉楼主应该看完了所以我就关掉了，你们要是觉得有用就看看吧，很久没维护了，可能有些内容有错误，见谅。密码：liuyujie

少年爱吃地三鲜 · 发表于 Post on 2020-1-3 10:41:53

liuyuje714 发表于 2020-1-3 10:04
链接放了几天了，感觉楼主应该看完了所以我就关掉了，你们要是觉得有用就看看吧，很久没维护了，可能有些 ...

非常感谢!

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-3 18:11:37

还有很多别的框架可用，诸如
Pteros：https://github.com/yesint/pteros/
LOOS (Lightweight Object-Oriented Structure library)：https://grossfieldlab.github.io/loos/
MDTraj：http://mdtraj.org

胡说 · 发表于 Post on 2021-10-11 14:49:42

http://www.gromacs.org/Developer ... g_Guide/XTC_Library
这个网址是不是打不开了，哪里能够获取这个文档的内容？

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 求助，gromacs的轨迹文件读取、坐标处理和输出